虽然说两郑内战并没有造成太多的兵力损失，但是其影响却是极其恶劣的，这场内战实际上加速了明郑政权的瓦解。
在平叛之战后，郑经突然将自己的叔父郑泰逮捕，主要是因为郑泰手里掌握着一支庞大的水师，大约在万余人左右，在郑经继承王位之后，郑经得到了郑泰私通黄昭的证据，于是将其逮捕，不久郑泰自杀身亡，其亲信蔡璋、弟弟郑鸣俊、儿子郑缵绪带领战船100余艘，士兵7000多人到福建向清廷投降，随后，恐慌在郑军中蔓延，右武卫杨富、左武卫何义、礼官都 事陈彭、参知军政事蔡雷鸣、侍郎蔡协吉、通政蔡源、忠靖伯陈辉、统领挂宁南将军印左都督陈舜穆率辖下总兵二员、副总兵六员、参将二十员、游击十九员、都司三员、守备一员、兵部主事一员、工部郎中一员、监纪推官二员向清方投降，前后降清的郑军战兵超过一万人，处于风雨飘摇之中的明郑政权遭到了沉重的打击。
屋漏偏逢连夜雨，此时，荷兰人又回来了。康熙二年八月，清廷颁圣旨于荷兰舰队司令波特：“荷兰国夹板船十七只，携带火药、兵器等，驶抵闽安镇。伊等恪守诺言，前来助剿海贼，殊甚可嘉。”双方的勾结实际上始于康熙元年的七月，但直到康熙二年的十月，双方才达成协议。这份协议，总共十一条，因为篇幅原因，就说一下七、八、九条吧：“荷兰东印度公司创中国与一切华人得享有贸易之自由，不受任何干涉；克复金厦两岛后，两国共驻军队，以防海贼攻击；克复金厦两岛后，联军应驶往台湾，攻取此岛后，清军应将该岛以及一切城堡物件交与荷兰人，以供其居住”。
所以不能不说，和很多人想的不同，清统治者的眼中只有这几个关键词：朱氏、大明、延平王、招讨大将军，至于其他的东西，对于清王朝来说真的没那么重要，大清的头头脑脑们根本就不在乎。
十月，清朝与荷兰两方共同举兵，清廷陆师提督马得功带领杨富、郑鸣俊等郑军叛徒自泉州港出海，水师提督施琅以及另一个郑军叛徒黄梧从海澄港出兵，耿继茂以及荷兰海军司令波特从同安的刘五店出海，三路大军气势汹汹地杀向金厦，厦门高崎守将陈升带兵出海投降清军。到初五日，明清两军在浔尾海域开战。
两军先是炮战，到初六日，郑军主动登岸偷袭清军，但是被清都统王大用、游击史定国部击溃，清军缴获完整盔甲11副，喷火筒20余副，郑军退回高崎。
一直到十月十九日，杨富等郑军叛徒到齐，清荷联军才于金门外港一带的海域向郑军水师发动进攻。杨富、陈辉、郑鸣俊这些叛徒也算是没有辜负新主子的期望一下子就把自己的老同事黄廷打得落花流水“郑鸣骏、陈辉、陈一 明等犁沉贼舟三，夺获大舟二，斩首三百，生擒四十余，炮伤溺死无算。杨富炮击伪总兵谢福船，折其桅，过船杀贼二百人，生擒十八人。闽安水师游击郑洪、中军守备孔应贤获鸟船一，赶缯船二，水底熕二，杀贼八十余，余皆跳水死”仅仅杨富指挥的战船就消灭郑军218人，郑鸣俊、陈辉、陈一明三人总共击沉郑军战船三艘，俘获两艘，击毙郑军300人，俘虏40人。
波特荷兰舰队于当月二十日向郑军发动进攻，荷舰的炮火打得郑军抬不起头来，很快，郑军战船便纷纷从金门周围逃跑躲进厦门港，周全斌的13艘战船却未能及时突围。面对清军和荷军的围攻，按理说周全斌是死定了，但接下来发生的一幕，真是令人瞠目结舌，周全斌的13艘战船巧妙地绕开了荷兰舰队，直扑马得功本阵，荷军对这十几艘战船连连开炮，却没有一炮打中“往来奋击，剽疾如马”，马得功部大约有200多艘帆船，这些帆船和周全斌的船队一经交锋，便如同羊群见了狼一样四散奔逃，有些战船直接逃向荷军阵中，把荷兰人的大炮都给挡住了，马得功本人也被跳帮的郑军击杀，当年荻港水战，这个叛徒和田雄直接出卖了自己的主将黄得功和弘光皇帝，今天终于也被自己的部下卖掉了，本来应该保护主帅的其他船只一接敌便四散逃跑，这也算是一种出卖吧。
关于马大提督的阵亡，还有一个比较有趣的小细节，那就是在开战之前，马得功看上了郑鸣俊的坐船，郑鸣俊的座船十分高大，颇为拉风，马得功于是与郑鸣俊调换。周全斌冲阵时，一边击沉挡路的清军战船，同时拼命寻找叛徒郑鸣俊，因为郑鸣俊毕竟在郑军之中呆了这么多年，他的座船很多人都认识，所以很快就找到了，然后，明军战船上的士兵纷纷跳到那艘“颇为熟悉”的船上厮杀，但此时这艘船的主人已经换成了马得功“马得功坐鸣骏中军船，全斌误以为鸣骏也，直前攻入。黄廷中军将吴朝宰，郑经亲军将萧乘龙前后夹攻，挥兵过船，得功亲随铁甲精兵三百人皆被杀下水，得功顿足自投水而死”马得功被干掉之后，又一个倒霉蛋靠了上来，杨富见马得功的船被围攻，于是命座船靠上去准备营救，结果，全船士卒死得一个都不剩，杨富本人被扔进了海里，被清军小艇搭救，这才保全性命。
此战之后，由于马大提督死得太过于搞笑，清廷为了搞清马得功阵亡的真相查了很久，马得功部下有十几名将领都被逮捕接受审问，这事儿折腾了好久。
但不管怎样，海战以郑军的败北而告终，郑军退回厦门之后，耿继茂把大营扎在浔尾嵩屿，然后令王大用、徐成功、夏有功、徐文耀、王蟒、张元德、田养民、王梅、朱怀德、吴效忠、马化麒、郭文可、史定国等人趁着夜色登陆厦门。李率泰令游击谢四、黄梧副将吴淑、游击戴亮、总兵蔡禄、郭义等人一同冲上厦门岛，郑军不能抵挡。二十一日，清军翻过中安山，居高临下如同潮水一般地冲下来，施琅、蔡禄、郭义、柯义、林祖等郑军叛徒移兵鼓浪屿，领战船50艘发炮轰击中左所城，在多方夹击之下，郑军在厦门已经全线崩溃，郑经先退往金门，后又遭到杨富部清军以及荷兰舰队的追击，金门没有守住，郑经只能带领六七百艘战船向东撤退，而黄廷、周全斌等人则退往其他未失守的沿海诸岛，不久，二人也投降清朝。至此，明郑军坚守了十几年的金厦落入清方之手。
上岛的清军以没有来得及逃走的郑军败兵躲藏在岛上为名，四处烧杀掠抢，不少投诚兵其实可能在几个月之前还是郑军，所以一些清军实际上对金厦颇为熟悉，掳掠起来可真是如同蝗虫一般，金厦二岛数十万生灵，多遭兵刃，被俘虏的平民男妇幼童成群结队，长索系颈，清军驱之若驱犬羊一般，岛上的坟墓都遭到发掘，连已经死了12年的大倒霉蛋郑彩先生也被刨了出来，坟墓被彻底破坏“而投诚兵所至搜掠财物，发掘家墓，至剖建国公郑彩之棺而残其尸”《靖海志》
厦门失守标志着明郑势力在福建的彻底崩溃，但南明的历史并未结束，明郑政权一直坚持到1683年，但是我认为厦门之战以及1664年的茅麓山之战后，虽然在理论上南明政权依然存在，但1664年到1683年这20年可以被认为是一个“后南明时代”因此时明朝皇帝已经不存在了，但是，在弘光隆武永历三朝活动的枭雄们，在这20年间依旧颇为活跃，比如上文所提到的杨富，此人在三藩之乱中准备响应吴三桂，但最终失败被杀。