圣祖即位后，河患有增无减。据统计，从康熙元年到十五年，黄河决口达69次，平均每年高达4.6次！
康熙六年，连续在桃园烟墩、萧县石将军庙决口，继之，桃园黄家嘴已塞复决，其下游州县，“悉受水患”，尤其是连接运河的清河全被洪水冲没。黄河下流被阻，洪水尽注洪泽湖，高邮水高几达二丈，“城门堵塞，乡民溺毙数万。”
九年五月，一场暴风雨，黄河与淮河并涨，形成数千里奔悍而来的洪峰，撞击高堰石堤六十余段，冲决五丈余，高邮、射阳等湖受黄、淮洪水合力灌注，高堰几乎塌毁。正值西风鼓浪，洪水行若疾雷飞电，一泻万顷，江都、高邮、宝应、泰州田地尽没，兴化以北，汪洋一片，看不见城郭室庐，洪水漫流。
康熙十五年夏，大雨连绵，久下不停。黄河暴涨，洪水冲人洪泽湖，防湖的高堰堤坝抵不住洪水的冲击，决口34处。漕堤崩溃，高邮的清水潭、陆漫沟大泽湾，共决口三百余丈，扬州地区都被淹没在浩大的洪水中，“漂溺无算”，同年，宿迁的白洋河、于家冈、清河的张家庄、王家营；安东的刑家口、二铺口，以及山阴的罗家口等地皆决口。
从顺治到康熙十五年，33年间，黄河几乎年年决口，甚至一年中决口数次。从受灾记录看，其决口多集中在洪泽湖以东，黄河、淮河、运河的交汇处，具体说，就是扬州、淮安和徐州三府及其所属的高邮、宝应等七州县地区。因此，“黄河南行，淮先受病，淮病而运亦病。”其“病”在“借黄济运”的180里水段不能通行，而临近黄、淮的运河段则被洪水吞没，运河堤被冲垮；洪水退后，留下大量泥沙，把运河淤浅，船不能行。黄河对漕运的危害至深。
清初有识之士，如水利专家靳辅充分认识到：“漕之患莫大于河。”清廷也看出：“漕之通塞，视乎河，河安则漕安，河变则漕危，重漕故重河。”面对黄河年年泛滥，一年比一年严重的灾情，圣祖深为忧虑，多次制订修治计划，却不能实施，主要原因还是资金不足，百姓贫困，治河夫役难以征发。
自明崇祯末以来，数十年间黄河年年决口，原有的水利设施差不多破坏殆尽，欲重新修治，工程浩大，费用甚巨。康熙十六年二月，据工部尚书冀如锡报告，经他查验，因“钱粮不足”，前订修治计划均字工。他证实，黄河南岸自白洋河至云梯关、北岸自清河至云梯关，及高家堰、周家桥、翟家坝、古沟诸快日处，其余溃坏单薄之垣，都应修筑：清口一带，运河被黄河呢沙淤塞，亟须疏通。
朝廷诸臣在讨论了他的报告后，一致认为：“黄运两河，关系运道民生，自应修治。”但一落实修治计划时，都感叹：“所费浩繁，一时难以并举！”最后，量财而出，“酌量要紧处先行修筑。”
同年七月，新任命的河道总督靳辅对修治黄河、运河提出了调查报告：“河道敝坏已极，修治刻不容缓！”他分为八疏，条奏治理措施，请示圣祖批准。圣祖以事关重大，命议政王大臣、九卿、詹事、科道、掌印不掌印各官一起“周详”而深入地加以讨论。几乎动员了朝中所有大小官员、各机构会同讨论靳辅的治河报告，规模之大，人数之多，以往并不多见。可见，修治黄河及运河已到了何等严重的地步！
正如他们一致认识：“黄河关系运道民生，固应急为修理。”然而，他们又为经费所困扰：“目今需饷维殷”，按靳辅的计划，每天需夫役12万有余，负担不起这笔浩大的经费开支。如从山东、河南等省招募民夫，这些穷困贫民远道而来，途中食用无资，还担心一些贪官污吏“借端扰民”，危害更大。他们提出：“应先将紧要之处，酌量修筑，俟事平之日，再照该督所题，大为修治。”圣祖即指示：“河道关系重大，应否缓修”，再由总督靳辅重新考虑，拿出切实可行的计划。
诸臣提到“需饷维殷”、“事平之日”大修，指的是吴三桂发动叛乱，朝廷平叛，正是用军饷的紧张时刻，所谓“事平”即指平息三藩之乱。进人康熙十七年，平叛的军事形势逐渐朝着有利于清军的方向发展，开始变被动为主动，在西北和东南二翼战线都取得了胜利，只剩湖南中路吴三桂叛军，势单力孤，已经陷入困境。随着形势的好转，全面治河也从这年正月开始。以新任命的河道总督靳辅为总指挥，实施治河的最新计划，圣祖批准拨经费250万两白银，作为治河的费用。
靳辅是著名的水利专家，顺治九年出仕为官，考授翰林院编修，历任内阁中书等多种职务，最高职务做到安徽巡抚，再升任河道总督。他治河的指导思想，亦如他所说：黄河与运河应为一体治理。运河漕运受阻，大多都是河道变迁造成的后果。他批评历代治河的人，多尽力于漕运船经行之地，其他决口，则认为无关运道而加以忽视，以致黄河河道日坏，运河河道日梗。因此，黄、运相关之处，断不容忽视。他的治黄思想，概括起来就是治河、导淮、济运三策，也是清廷的基本目标。
在靳辅主持治河，“各工并举”之时，清军平叛节节胜利，自康熙十八年展开总反攻，至二十年冬攻占昆明，八年内战宣告结束。紧接着，二十二年，进军台湾，郑克爽降清。圣祖对此十分欣慰，对朝廷诸臣说：“今四海太平，最重者治河一事。”遂展开了大规模的治河。二十三年九月，圣祖离京首次南巡，亲临治黄工地，阅视河工。
以平叛胜利、收降台湾为标志，自明末以来的全国大乱至此告终，正式开始了由大乱转为大治的历史进得两大战争的相继胜利，为“盛世”的到来举行了一次威武，壮观的炎基礼，而圣祖首次南巡，旨在向全国臣民宜布，自此全面转入经济建设，大治天下，即从“治黄导运”入手，兴利除害，确保中原及江南重点农业区风调雨顺，免受黄河之害，漕运畅通，所赖南方财富源源北上，以足国家财赋的收人。这一战略的实施，实质也就是治国的开始，为实现“盛世”打下雄厚的物质基础。
继首次南巡之后，圣祖分别于康熙三十八年、四十一年、四十二年、四十四年、四十六年南巡。他一生中六次南巡，都为巡视堤工，亲临工地指导治河而来。他首次南巡，途次郯城，即向漕运总督邵甘、河道总督靳辅阐明此意：“黄河屡次冲决，久为民害，朕欲亲至其地，相度形势，察视堤工。”几天后，到达桃源县众兴集，巡视黄河北岸诸险工。看来运道之患在黄河，防御河患全凭堤岸，一定要有南北岸两堤，修筑坚固，可免决口。
今诸处堤防，虽经整治，还需加厚增高，以防未然。他又说，如宿迁、桃源、清河上下，旧设减水坝，意欲分流，泄其水势，使堤岸免被冲决，又使下游疏泄，不改淮弱黄强，清河喷沙的忧虑。但需筹划精详，措置得当，“使黄河之水顺势东下，水行沙涮，就永远不会雍塞决口，一劳永逸，河工可告成也。”
他继续南行，经天妃阁、高邮湖、准安等，直抵南京。沿途有河工处，圣祖必亲自视察，经高邮湖，看到民间田庐多在水中，即登岸，沿堤畔步行十余里，召见当地贫民，询问受灾的原因，掌握第一手资料。
北返时，舟泊江都县邵伯镇，命吏部尚书伊桑阿、工部尚书萨穆哈“往视海口”。他指示道：高宝等处，湖水下流，原有海口，因年久沙淤，以致壅塞。今将人海故道疏通，可免水患。又经天妃闸时，于黎明时舍舟登岸，视察高家堰堤工。他看了看地形，对靳辅道：此段地势高于宝应、高邮诸河数倍，前人已于此筑石堤拦水外溢，关系最为重要，须年年防护，不可轻视。经清口、桃源县北关、宿迁等处，圣祖必亲自阅视，提出他的建议，嘱以应做之事。