3万多年前中国人祖先来到缅甸，这些居民当中的一部分人大概在三万年前从缅甸出发沿海进入中国，他们当中的部分人一直沿海迁徙分布在中国东南沿海地区，其中还有一部分到达了东北、朝鲜半岛和日本地区。这支居民中有一部分走到山东、苏北地区就定居下来形成了所谓的东夷族，商王朝的建立者应该就是这个族群的一支。
三万年前沿海进入中国那一支居民中有一些走到了今天的珠江流域就定居在了那里，这部分人中的一部分在距今1万5千年前又开始踏上冒险的旅途，他们到达到了今天福建、浙江、苏南地区形成了百越族，百越民族就是周代时期越人的主体民族，之后建立东欧国的人也是这些人的后代。
除了上面那一支三万年前进入中国的冒险者以外，还有一支居民大概在两万多年前进入中国，他们在进入中国前在缅甸居住了上万年时间，这一群人是今天中国人最主要的祖先，尤其是对汉人来说。这些人在距今两万年前从缅甸开始进入中国，他们首先到达了云南，然后从云南沿着云贵高原往北继续迁徙，部分人进入四川，进入四川定居下来的居民可能和后来的古巴蜀居民有不小的关系。进入四川的居民又分成两支，一支从川东进入湖北、湖南形成了苗瑶族，还有部分人从川西平原、川西高原继续往北进入黄土高原，这些人形成了古羌族，传说中的炎帝、大禹、周王室的祖先以及秦人的祖先应该都是出自这个族群，这两支冒险者都是在1万5千年前左右达到目的地。古羌当中分出一支往东达到黄河中下游，这大概是8000多年前的事情，这些人形成了后来的华夏族。
黄帝部落应该就是这支达到中原地区的古羌族后代，据传说是黄帝统一了中原的华夏族，时间大概是5000多年前，黄帝部落还打败了属于古羌人后代的炎帝部落，此时古羌族和华夏族分开已经三千多年了，这两支大部落的融合奠定了华夏族的基础，过了一千多年，一个叫大禹的人或者部落当了炎黄部落的联盟长，据说大禹的部落来自今天汶川地区（一说北川），大禹也是古羌人，他的部落跟炎帝部落一样属于后来的，这支部落来到中原战胜了其他竞争者，控制了中原诸部，统一了华夏族，建立了夏朝，这是我们认为我们中国文明的开端。
启建立夏朝的几百年后，夏被东边属于东夷族的商人所灭，他们建立了商朝，又过了几百年，西北地区属于古羌的周部落联合多路诸侯又灭了商，他们入主了中原，成为华夏族新的代表。
秦人也是来自西北的古羌人，至少从周代开始北方的居民因为各种原因陆陆续续往南方迁移，例如周代分封诸侯到南方，吴国也是周人的宗室在南方建立的，还比如东汉末年到魏晋南北朝、唐末到五代、北宋末和南宋末的大移民等等，这些历史给我们造成了错觉，以为中国人的祖先是北方人，其实中国人的家乡实实在在的是在南方，准确的说是在中西部地区。当然三万年前进入中国的那一支也是我们重要的祖先，虽然这一支不如2万多年前从云南进入中国的那一支对我们的影响更大，但他们也是我们的祖先之一这是没有疑问的，尤其是对于沿海地区的人来说，他们跟这一支居民的关系比内陆地区的人更大。澳洲土著的Y染色体大多属于C型，其年代非常古老，这一类型从中东的沿海地区出现，沿着印度的沿海地区扩展，一直到东南亚和东亚沿海，甚至延伸至美洲沿海，也延伸到澳洲，这批人约在六万年前抵达，称为“早期亚洲人”。
考古发现也已经证实了东南非的人类在10几万年前就开始在海边居住，并且依靠海洋资源生存。所以这条最早的沿着印度洋海岸顺时针方向的迁徙，可能始于10多万年前的南非。 亚太地区的Y染色体类型中还有一种D型，虽然他们的携带者可能与C型的携带者并不同，但是到达东亚的时间差不多。这种类型出现在一些更神秘的人群中——亚洲小黑人。 亚洲的小黑人也叫做尼格利陀人，分布在菲律宾吕宋岛中部、马来半岛北部以及缅甸东南面的安达曼群岛，他们的Y染色体大多是年代非常古老的D型。另外，分布于日本本州岛北部、北海道以及俄国库页岛南部虾夷人的Y染色体主要是D型，中国青藏高原的羌族、藏族系统民族中也有一定比例的D型Y染色体，川甘交界地区的白马氐人，Y染色体也全部都是D型。
这些D型Y染色体的人群现在的外形特征差异很大，南亚、东南亚的“小黑人”往往被认为是亚洲地区的“黑种人”，而日本北海道的虾夷人曾经被认为属于“白种人”的一支，白马氐人则与其他典型的“黄种人”没有什么差别，或许他们都与“棕种人”更接近，属于“早亚洲人”的后代。我们跟“早期亚洲人”有一定血缘关系，但是今天中国人真正的祖先是“晚亚洲人”，他们构成了我们现代东亚和太平洋地区人群的主体，在Y染色体类型上主要为O型。晚亚洲人大约三、四万年前才到达东南亚地区，他们其中一支在缅甸地区生活了上万年时间，两万年前的冰河盛期开始从南往北进入中国。在这个过程中，他们可能与早亚洲人争夺生存空间。最终由于技术和体力略占优势，在大部份地区胜出，早亚洲人只留下很少的比例融合入各地的人群中。
晚亚洲人从南向北扩散 晚亚洲人进入中国以后，迅速地扩散开来，并分化成各个民族，我们可以用“九州”来说明当时人群散居与迁徙的区域。最初九州的文化都是相对独立的起源，并长期保持各自的特色。以分子人类学方法对九州各地的古代和现代人群做了详细分析，发现从新石器时代开始（大约在一万年前），九州各地的人群渐渐在体质上发生了细微的差别，当时几个不同区域人群的遗传结构，已经有了明显的差异。O型Y染色体有若干亚型，在扬州良渚文化的遗骨中，我们发现了O1亚型，在荆州的大溪文化遗址中则发现了O3a4亚型，并州的陶寺遗址中发现了O3a5亚型。这些不同的亚型在各个文化之间形成了明显的遗传分界。在现代民族中，O1亚型主要分布在侗傣民族和南岛民族中，有些台湾原住民族几乎只有这种亚型，这些民族都是古代百越民族的后代，所以扬州就和百越民族、良渚文化、O1亚型Y染色体联系在一起了。O3a4亚型出现在现在的苗瑶族群和孟高棉族群中，荆州是苗瑶民族的故土，大溪文化必然是苗瑶的祖先留下的。
既然九州的居民都有同一起源，又如何在各地变成不同的民族呢？这可能要追溯到三万多年前，我们的祖先在东南亚的丛林中探索的时候，常迷失在东南亚的丛林、山岭和谷地。遥远的村落渐渐失去联系，随着扩散的距离越来越远，一个个小小的瓶颈效应发生了，人群的遗传结构和体质特征开始出现差异。今天，族群不断的迁徙和融合，使得大部份人有着来自不同区域的遗传成份，特别是部份汉族和藏缅民族从北方回到了南方，他们的主要Y染色体是O3亚型，融入了南方的本地民族中，因此我们很难再分析人群最初在东南亚向东亚扩散时，是如何群体分化的。瓶颈效应渐次发生 在我们的祖先进入九州时他们分成了两大支，一支从缅甸进入梁州地区（四川、重庆、云南、贵州，陕南），另外一支是从越南进入扬州（苏南、浙江、上海、福建），由于冰河时期海平面降低，海南岛周围的大陆棚露在海面之上，这群先民就借由这一条捷径来到了扬州，他们与从缅甸进入梁州地区、携带着O3和O2型Y染色体的群体不同，他们的Y染色体以O1和O2为主。隔离这两路人的地理障碍很可能是中南半岛的长山山脉。
Y染色体O2型在两路人群中都出现了，是非常古老的亚型，可以追溯到印度半岛的孟高棉族群祖先门达族群。孟高棉族群可能是整个东亚人群的起源，目前分布于广西云南贵州交界地区的倈人就是孟高棉族群，这些人所在的地区属于梁州。孟高棉族群在古代的分布可能更广泛，包括云南和贵州大部份地区，现在这一地区常见的Y染色体O2亚型很可能是他们留下的。从云贵高原北上的人群在穿过云贵高原来到四川盆地后，群体的遗传和文化特征都发生变化，在四川盆地上留下了营盘山文化、宝墩文化、三星堆文化，很可能是缅彝语支罗罗族群的祖先。大约一万年前，人群从四川北上，抵达甘青一带的羌塘高原，古羌人在这里孕育成长。蜀道难，人群通过蜀道的过程必然产生瓶颈效应，雍州人群的遗传类型只是梁州的一小部份，Y染色体O2型就不再出现。所以在以后的羌、藏、汉诸族中，几乎没有O2的踪影。
约7000~8000年前，从云贵高原、四川盆地进入甘青地区的部分人群又开始沿着渭河与黄河往东，来到雍州东部和豫州，发展出粟米农业。有人群陆陆续续加入这些农业社群，最终发展成华夏族。5000~6000年前，华夏族与古羌族分道扬镳，之后几千年华夏族发展壮大，形成了现在世界人口最多的民族汉族。在父系染色体方面，汉族还是保留着华夏族原初的Y染色体遗传结构，只有南方少数分支受到其他民族融入。这一条沿着青藏高原东部边缘从南向北的迁徙，成为东亚人群的主干，而在当时人类大迁徙途中，这可能只是很小的分支。
三、四万年前跨过长山的人数并不多，否则也不会形成东西如此大的差异。只是到达长山以东的东亚沿海地区，由于物产丰饶，人口增加，新的Y染色体突变也产生了。在两、三万年中，百越族群的人口持续增长，扩张到整个扬州地区。良渚文化是百越发展的巅峰，留下了大量精美的玉器。有些人群一直向北进入徐州、青州乃至东北的幽州。
地理不再阻绝民族融合 商朝灭亡以后，东夷族渐渐被华夏族同化，现在很难从人群中追寻东夷族的踪迹。但是百越的O1型在东北幽州的民族中发现，南方的O2型在朝鲜出现，这都是百越族群等南方族群通过青州的证据。 百越民族特有的O1型Y染色体普遍出现在东南亚岛屿上的马来民族中，根据分子生物学的研究结果推测，马来民族起源于中国南部沿海，也就是百越分布的扬州地区，经由越南沿海散布到了整个东南亚岛屿和大部份的太平洋地区。
进入梁州地区的孟高棉族群祖先除了继续向北到达雍州，另一批人向东越过巫山进入云梦大泽所在的荆州。这群人是苗瑶民族的祖先，苗瑶民族除了带有O2和O3亚型的Y染色体，还有一种比较特殊的O3a4小亚型，这种类型也出现在东南亚的某些孟高棉民族中，STR的多样性分析也证明苗瑶民族确实起源于孟高棉族群。传说中苗族曾经往北方扩展过，但是我们并没有发现任何证据。
冀州是南方来的两批人群交汇处，西路和东路人群带来的许多遗传特征在这里融合，并向幽州扩散。人群的交融带来文化的碰撞，9000多年前在辽河流域迸发出了文明的火花，玉器制作技术的发展和宗教思想的产生，是这个地区对九州文明最重要的贡献。并州地区的居民主要源自雍州，在瓶颈效应的影响下，他们的遗传结构继续发生变化，原本从梁州到雍州迁徙人群非常罕见的N型，在这里越来越多，并扩张到西伯利亚西部以及欧洲。
从虞夏时期开始，随着文明的发展，地理的阻隔已经不能阻碍族群的交流，4000多年前的龙山文化超越了一州的区域，在各地发展出了各种分支文化，并且影响了边远地区，各地的文化交流融合，成为中华文明的基础。经过4000多年的发展和交流，九州大地的人群已经你中有我、我中有你，难分彼此.
汉藏同源，吴越不同 汉人和藏人本出同源，分子人类学家根据研究DNA得到了这一结论。而且，汉人与藏人的关系比苗人、越人的关系都要更接近。汉人和藏人的分开不过是5000年前的事情。最早提出汉藏同源的是中国的一些语言学家。原本语言学界认为南方的侗傣语和汉语最接近，后来发现与汉语最接近的是藏语。藏语中大多数字的发音在中国东南部的方言中都能找到，而且字义相同。藏语和汉语之间存在的不是一般意义的对应关系，而是系统性的一一对应。
在语言学上，汉族和藏族表露出非同一般的关系。中科院昆明动物研究所研究员宿兵于1996年在DNA中找到了汉藏同源的证据。他发现汉人和藏人在M122以及在其分支M134上都有相同的突变。而且宿兵通过对Y染色体主成分进行分析，发现藏族的突变频率与汉人最接近，这意味着在藏缅语系的诸多民族中，藏族和汉族最接近。他们分化的年代约在5000年前。
汉藏语系的祖先也被后人称之为先羌，他们也就是汉族与藏族人的祖先。这一支南亚人在出发时头颅还很圆，带有大鼻子、厚嘴唇等特征。但在他们行进过程中，人体形态发生变化。而到了高原之后，不再受疟疾影响，加上缺氧，存活下来的人基因变化了，脸都变得很长，线条、棱角变得刚硬，如同刀削。经过这1万多年的迁徙，这样一直到5000～6000年前，人体内部的DNA又开始不安分了，那时，由于粟谷农业的出现，新石器文化开始在这个地区发展。
人口的增长使群体必须扩增新的居住地。汉阿藏语系的两个语族开始分野。其中一个亚群在M134的基础上又发生了M117的突变。他们带着这个突变向东行走，一直到渭河流域才停留下来。他们掌握了农业文明，开始以农耕为生。这个群体就是华族，也就是后来所称的汉人的前身。“M117是汉人身上很古老的一个遗传突变。”李辉说。另一个亚群被称为藏缅语族群体。他们或是战败、或是寻找食物离开黄河流域，向西向南迁移，最后在喜马拉雅山脉南北居住下来。在迁徙的过程中，这个群体就像细胞在不断裂变，分化出了藏、彝、景颇。
至今，这些民族的送魂歌中都要把亡灵送回北方。“藏族在形成中吸取了中亚的许多因素。” 华族扩张很厉害，他们向四面掠夺土地和粮食，羌族这时候不再被他们认做是同类，称其为“西戎”，当然也包括东部的广泛地区，但这一地区已经被“三苗”占领，这是和汉藏同一祖先而更早迁移到此的族类，部族的争斗产生了民族英雄，“黄帝”就是这样的人物。而后，华族和东夷、南蛮在夏商阶段一直在争斗中。“
楚人是荆蛮的后代，从荆蛮里面分化出三苗，所以，现在分子遗传学可以看出，很多湖北人DNA和苗人的关系接近，胜过与汉人的关系。”李辉说。百越先于汉藏进入两广地区，穿越南岭的变为北越，也就是后来越国的祖先，南方的越人自秦汉以来一直往广西山区迁移，南宋时候又发生迁移，后来形成侗族。所以，现在浙江一带越人的语言和侗族语言有相同之处。
而吴国人则有不同的起源，吴越两国根本不同源，统一使用华语后才接近。历史学的猜测再次失败。当初南亚先民从云贵高原西侧进入中国后，一支人群与汉藏民族分开而行，他们沿着长江往下走，这个人群在洞庭一带形成了苗瑶语系。“吴人就是苗瑶人东进和南下的汉人同化后形成的，所以他们遗传结构的变化多而复杂。” 在渭河流域华族逐渐磨砺出一支骁勇善战的秦人，他们盘踞在关中，积聚着统一中国的实力，秦汉时期，四分五裂的中国被统一，从语言、文字到货币、计量单位等文化层面上，汉族的整体意识真正形成。加上强有力的中央集权统治，之后汉族就没有再出现分化。而且，各地的汉族基本没有带上外来的成分。他们通过先进生产力而不断地扩张，占据了大部分土地。
“历史学家说的汉人扩张中不断融合当地人是不对的，当地人基本被驱逐了，福建人是最好的证明:根据分子人类学分析，他们基本上是北方汉人的后代，语言上保留古代汉语尤其多。” 金力教授的实验室助理钱吉说，其实中国在利用DNA分析自己祖先的迁徙路线上已经相对比较成熟了，就目前的研究成果来看，华夏56个民族和东亚东南亚各民族都是由南亚语系的先民分化出来的，因为他们身上都带有M122的突变。弄清祖先迁移路线 李辉着重研究的是在中国南方的各个民族群体间的关系，“因为人类是从东南亚地区进入中国的，所以在中国南方他们生活的时间长，分化的人群也就多。而且那么多人群聚集在一起，不停地在进行分化、同化，千万年后的我们根本就不知道自己所属哪个人群”。
李辉在注册登记时，民族栏里填写的是汉族，但是他从小时候就发现自己虽然居住在上海奉贤，但和周围的汉族人在文化习惯上有很大差异。他太爷爷太奶奶有自己深青色的民族服装。他们有自己的节日，农历四月十八日，他们会洒水过新年;农历九月十八日，他们会把鱼塘里养的鱼都捉来，斩成段，分成堆，每家每户平均分配。当时，长辈们给李辉的说法是，他们就是上海最早的原住民。直到李辉到云南傣族去采样时才发现，傣族的语言他几乎都能听懂，他发现在词根上傣族话和他所说的话完全一致，只是在词缀上有些变化。
而到了水族，李辉更为惊讶，连那儿的悄悄话、私房话，他都能听懂。回到上海后，他就研究了自己的DNA，经分析发现，傣族、水族和他自己身上都带有M119突变。经过研究，李辉发现，南亚先民沿云贵高原西侧北上形成汉藏语系的同时，从中分离出一支南亚先民朝东南方向迁徙，绕过老挝的崇山峻岭，距今1万多年前，南方的北部湾形成了澳泰语系祖先。这一支黄种人带着M119突变从越南和广西方向进入中国，沿着海岸线往东北走，形成了百越民族。李辉通过检测自己的Y染色体和线粒体（均属随机突变DNA），发现它们来自现今的广东福建一带。通过DNA检测，李辉才知道，他们属于澳泰语系中的一个人群，而他所说的一些话来自一种古老的澳泰语。这个语系祖先的形成是在2万多年前南方的北部湾。澳泰语系人群在民族学上又称为百越民族系统，他们历史上的覆盖范围是从越南北部的交趾分布到江浙一带。在千百年的分化中，诞生了黎族、侗族、水族、仫佬族、仡佬族、高山族、壮族、傣族。这些民族在语言、文化上有很强的一致性，所以也统称越人。“你看我的眉骨向下弯曲的弧度很大，这就是澳泰语系人群的显著特征。”
钱吉说，在此次“人类迁徙遗传地理图谱计划”中涉及到关于中国人迁徙路径的研究只需要做些收尾和补充工作。比如如今有研究发现，在2万多年前，澳泰语系形成的时候，就有一支部落沿着海岸线往上跑。他们几乎就没有留下沿途停滞的痕迹，一直跑到西辽河流域再停留下来。他们是阿尔泰语系的核心。之后那些阿尔泰语系的先民又朝周边迁徙，往西分化成蒙古、突厥，往东进入朝鲜、日本，向北穿过白令海峡踏上美洲。“但是到目前为止，该语系的人怎样迁移还没有结论，这个地区的DNA采样相对做得薄弱些。在这一次的遗传地理图谱计划中，这些都会加以完善。更多的重点将放在对东南亚的研究上。”
复旦大学可能会先从老挝、缅甸入手，因为那里还有很古老的人群部落，“这次人类迁徙遗传地理图谱计划的工作重点将会落在老挝缅甸身上，毕竟，南亚先民是东亚人共同的祖先。这部分人群的遗传结构搞清楚了，将会对整个人类迁徙历史提供很大的贡献。”复旦大学该领域的科研能力目前在远东地区最强，他们此次研究将使每个人基本能弄清自己祖先的迁移路线。而清晰了迁移路线，自己的祖先的一部分真相就可以慢慢显露