我觉得清朝对新疆的统治也是一种藩部统治模式，很多人把中华版图奠基说成是清朝功劳，当然每个人都有发表自己见解，民族问题从形式上来看，可能会发生在领土的层次上，但是实际上并不一定与此有关系。因为今天的世界上几乎不存在任何一个纯粹单一民族的国家，许多国家都继承了国民国家时代以前的“国家”的版图，如果继承论真的有说服力的话，那么这个国家民族问题就不会发生。清朝时的西部与北部的蒙古，西藏以及新疆曾经都想独立过，即使到了民国时代，这些地区也出现过独立的声音。所以，任何时候，实力才是决定一切的。
清王朝为什么要征服西域？说白了是因为中国内地也常受到了准格尔汗国的威胁，从康熙年代就一直被 准葛尔汗国威胁，所以康熙一直到乾隆都想根除威胁的夙愿，当初只是想消灭敌人，从来没有想扩张版图，乾隆在一首题为《西陲》的诗中所写到的那样“勤远非初意”，不过，随着战争的胜利，准葛尔地区进入了清朝的版图，乾隆任命准格尔征服将军的指挥官为定边将军，这也可以看出来清帝根本不想去征服新疆。清朝只是让对方主动承认清王朝为宗主国而已。不过最后满清王朝通过军事手段征服后，使之进入了自己的直接统治范围。
那么，清朝对新疆统治是什么制度？清朝对新疆使用的是“伯克制”，伯克就是头目的意思。1762年乾隆27年，乾隆任命了伊犁将军，建立了军府制度。伊犁将军在管辖北路，南路和东路。又分别设置了参赞大臣，办事大臣和领队大臣。清朝除了优先录用那些先前已经归属中的维吾尔人，特别是哈密吐鲁番出身的维吾尔人为天山南部各处的伯克外，还录入了许多当地就有势力的维吾尔人。满清王朝还将天山南部的维吾尔社会分为四大城，四中城，二十三小城，共计31个地区，按照规模大小分别设置了五六人到三十几人不等的伯克。坦白说，清朝对新疆的统治除了笼络就是分化，其实傻子都知道，靠那点兵力根本压或控制不住，乾隆规定伯克是由清王朝政府任命，严令禁止和桌和阿訇干预行政。乾隆还再三命令禁止任用阿訇为伯克，以及有伯克接任阿訇，禁止清王朝驻在大臣与阿訇进行个人交际。除了这些满清还限制了维吾尔人与邻近的诸国之间的往来，满清王朝选派驻疆大臣，基本上都出生于满人的，他们握有推举和监视伯克等权力，清朝在征服维吾尔时的同时也实行了减税，是到了清朝财政最困难的时候，都没有向他们征过税。
满清王朝对新疆的统治从政治经济上优待维吾尔族上层也允许维吾尔族自治的同时，又将他们与汉人彻底隔离开来。满清对维吾尔族贵族和对蒙古是一样的，高层也可以易服剃发，将维吾尔人和与汉人社会完全隔离起来，并不是保护维吾尔人的利益不受汉人的侵害，而是阻止维吾尔人与汉人进行交流和吸收中华文化。这一特点，就可以看出满清的统治者是多么的狭隘，满清王朝在防止维吾尔人与汉人的交流下了不少功夫，但是满清培养维吾尔人对满人的亲近感的问题上，也同样下了很大的功夫，就比如乾隆26年，满清政府统一制作了阿齐木伯克的官印，官印上刻的是维吾尔（回子）文，满文和蒙文，就是没有汉字。而且奖励伯克的子弟学习满语。
清朝对新疆统治，就已经陷入了分裂的状态，当时散居在各个绿洲风俗不同的伊斯兰教派，没有拥有独自统一的行政体制也没有统一民族意识，所以清王朝对新疆的统治，就是一种藩部体制，说白了就是一种间接统治，完全是一种失败的统治方式。所以，如果用清粉衡量明朝标准，清朝对新疆确实比明朝强，但对新疆和西藏，蒙古根本也算不上什么实际控制。
清王朝对于藩部地区，比如蒙古，新疆和西藏，就是要在政治上，经济上，文化上，将这些民族与地区同内地的汉人社会进行彻底隔离，以防止汉化和内地化。清王朝始终把西藏，蒙古、新疆变为一只与满人发生关系，金字塔形成的民族政治同盟，从而对内地的汉人社会产生了更加具有牵制的作用。这种自私狭隘的民族意识，妨碍了维吾尔人形成的中国国家意识，其实不仅给清王朝的新疆统治留下了破绽，也是给后来也就是近代社会留下了民族问题……
参考资料：《钦定回疆则例》