明朝中期以后，国势日衰，再难有财力支撑起像“郑和下西洋”那样的壮举，鼎盛一时的朝贡贸易体系也逐渐解体。而随着新航路的开辟，葡萄牙人在海上的积极活动令澳门一跃成为全球性的贸易中心，并促进了天主教与中国本土文化的初步接触。至明隆庆元年（1567），明帝国有限度地解除“海禁”，民间贸易再度兴盛，并带来持续的贸易顺差。同时，欧洲人开始遍布海丝沿线，并开启了从美洲跨越太平洋的新航线，天主教随着欧洲殖民者迅速传播。海上丝绸之路不可避免地逐渐扩展为具有真正全球意义的海路。
万历年间(1573〜1619) 显然是明代外贸最活跃的时期。南海地区的至少有6 艘沉船属于万历时期。”广东省博物馆藏的明代中后期沉船陶瓷器来自于以下沉船：“南澳I号”及“万历号”，均属于万历时期的商船。
明万历 漳州窑青花“粮”字大盘
漳州窑青花“粮”字大盘 明万历，高8.7、口径33.0、底径13.0厘米，于“南澳I号”发现。
明万历 景德镇窑青花封侯爵禄图“富贵佳器”款盘
景德镇窑青花封侯爵禄图“富贵佳器”款盘 明万历，高4.2、口径18.5〜19.1、底径12.0厘米，于“南澳I号”发现。
“南澳I号”，沉没于广东省南澳县三点金海域 。学界对于“南澳Ⅰ号”的年代认识有万历年间、万历三十六年以后、隆庆开海之际几种看法。但总体而言，“南澳Ⅰ号”的青花瓷年代指向为明代晚期。“南澳Ⅰ号”船载瓷器主要为福建漳州窑系和江西景德镇窑系产品，其中漳州窑系瓷器达2万件以上；景德镇窑系达5000件以上，有青花和五彩两个品种。
广东省文物考古研究所曾经赴景德镇考察了官窑遗址，湖田窑遗址和观音阁遗址，通过比对沉船和窑址产品，推断“南澳Ⅰ号”出水的景德镇窑系瓷器来自于观音阁遗址第四期，年代约为万历早中期。《江西景德镇观音阁明代窑址发掘报告》中指出，在观音阁遗址第三期，即嘉靖时期，发现一件刻有“◆ ◆嘉◆ ◆制”款的白釉大盘和青花五爪龙纹碗的残片。观音阁窑址是“官搭民烧”的窑址。“南澳Ⅰ号”的船载瓷器，以漳州窑的青花瓷器为大宗，青花大盘和带盖钵是代表性器物。这些青花瓷器的瓷胎和釉质比较厚重，青花颜色发灰或者较为暗淡，绘制的人物或花鸟图案比较随意，底足粘有细砂（也就是所谓的“砂足器”）。
明万历 景德镇窑青花象首军持
景德镇窑青花象首军持 明万历，高20.5、通长17、宽9.5厘米，于“万历号”发现。
明 青花莲池鸳鸯纹克拉克盘
明青花莲池鸳鸯纹克拉克盘 明万历，高5、口径31、底径17厘米，于“万历号”发现。
“万历号”沉没于距马来西亚丁加奴州东海岸约6英里的海域，是一艘万历晚期的商船。2004年4至7月，南海海洋考古公司对沉船进行了打捞，采集出水文物7000多件。其中“克拉克”瓷大量出水。
“克拉克”瓷器以纹饰绘有连续的开光图案为特征，开光内绘山水、人物、花鸟、果实、文房用品等吉祥图案，其器型有碗、碟及盘、杯、瓶、盖盒、军持等。1603年，荷兰武装船队在马六甲海峡捕获一艘装载着约10万件中国青花瓷器的葡萄牙帆船，船上的瓷器后来被运送到阿姆斯特丹拍卖，轰动了欧洲。由于荷兰人将葡萄牙远航东方的货船称作“克拉克”（荷兰语为“葡萄牙战舰”的意思），因而这批在欧洲拍卖的中国瓷器被称为“克拉克”瓷。据统计，从明万历三十年（1602）至清顺治十三年（1656），仅荷兰东印度公司就从中国购置了超过300万件克拉克瓷。除景德镇窑外，福建漳州一带也盛产克拉克瓷。
总的来说，整个明代，沉船数量大量增多，以中国船为主，葡萄牙、欧洲和英国等国家的沉船也开始有发现。