1998年3月9日，校工在台湾清华大学辐射生物研究所的演讲厅最后排冷气机下方发现一具女尸，受害者胸部以上被泼洒腐蚀性液体，面目全非，无法辨认。现场有打斗痕迹，女性手中还握有一只使用过的保险套。
在平静的校园里发生了如此骇人听闻的罪案，警检立刻展开调查。检方初步怀疑凶犯拖着受害女性的遗体至演讲厅右后方的冷气机，计划把尸体塞进冷气机没有成功。而现场的保险套很可能是凶犯为了迷惑警方，误导调查方向而故布疑阵。
3月7日有清华大学女学生许嘉珍的家长报案称女儿失踪，因此警方通知许嘉珍父母到停尸房指认。因为受害者的面部焦黑，许嘉珍父母不能确定女尸是否属于女儿。检察官于是请许嘉珍父亲拨打在尸体腰部找到的BP机，果然BP机响了，死者证实是许嘉珍无疑。
法医测出许嘉珍后脑数处撞击伤，上身及面部的液体为腐蚀性极强的王水，在她肺部又验出氯仿，说明她死前曾被殴打后被迫吸入过量氯仿致死。死后凶犯向她尸身浇洒王水试图毁尸灭迹。保险套内验出男性精液的成分，不过许嘉珍体内却没有被性侵的痕迹。
在许嘉珍毛衣下找到一小枚折断的长指甲，警察怀疑凶手为女性。辐射生物研究所一楼有门禁，凶犯能够突破门禁来到三楼的演讲厅犯案，应当是研究所的师生。
许嘉珍出生于1974年，时年24岁，毕业于长庚大学医检系，1996年考入清华大学辐射生物研究所就读硕士研究生。她遇害前不久曾告诉父母，自己的毕业论文已经写完，还有三个月就能毕业。3月7日许嘉珍没有按照约定返回父母家，父母因此报警。
警方查访了许嘉珍的亲戚好友，得知她和研究所的同学洪晓慧同时爱上了学长曾焕泰，两个好朋友多次为了学长反目。3月7日晚许嘉珍以“小小”的昵称向曾焕泰发了题为“对不起”的邮件，里面写道：一切都是我自导自演，我只是恨她用钱讨你喜欢，她对你好只是为了伤我，曾想用玻璃砸死她。然而发信大大晚于法医判定的许嘉珍死亡时间，必定有人盗用许嘉珍邮箱。
警察进一步调查洪晓慧的经济状况，追踪到洪晓慧用许嘉珍的信用卡疯狂购物，刷爆了信用卡。考虑到许嘉珍和洪晓慧涉及情感及金钱的纠纷，洪晓慧成了警方重点怀疑对象。
警方正式对洪晓慧询问，她表现得异常沉着，甚至在警察把她带进验尸房观看许嘉珍遗体后仍面不改色，声称自己对许嘉珍的死并不知情。
警察查出洪晓慧在3月7日至3月8日凌晨间曾刷卡进入辐射生物研究所的演讲厅以及存放化学药剂的实验室。洪晓慧素有留长指甲的习惯，却在许嘉珍遇害后减去指甲。警方提取她的指甲纹路，与现场在许嘉珍毛衣下找到的指甲比对，结果几乎完全吻合。洪晓慧的宿舍里找到一双沾血的球鞋，正是洪晓慧用许嘉珍的信用卡买的。
在这些证据面前，洪晓慧才交待了案件全过程。据她所说，她和许嘉珍近来因为争夺学长曾焕泰欢心的缘故，关系愈来愈差，她希望能彻底解决问题，于3月7日凌晨三点左右把许嘉珍约到研究所三楼的演讲厅谈判。两人谈了没两句就扭打起来，洪晓慧趁机抓住许嘉珍的头发掌掴许嘉珍，其后把她推倒在地，揪住头发把她的脑袋在地上多次撞击，许嘉珍很快昏了过去。
洪晓慧随即去实验室取了氯仿，返回演讲厅将氯仿倒在许嘉珍头上以防许嘉珍喊叫，又拖着许嘉珍到冷气机旁，想把她藏进冷气机里。没想到冷气机里的空间太小，无法藏下一个人，洪晓慧只好随意把许嘉珍的身体留在冷气机旁的地上。接着她用纱布把演讲厅的血迹擦拭干净，假装若无其事回到宿舍。
当晚洪晓慧盗用许嘉珍的邮箱给曾焕泰写信，又窃取许嘉珍的bbs账号，假装许嘉珍与曾焕泰聊天。
洪晓慧带着自己此前与曾焕泰性交使用过的避孕套返回演讲厅，发现许嘉珍因为吸入氯仿见光产生的有毒气体已经死去，干脆一不做二不休，又去实验室配置了王水，希望溶尸。洪晓慧把王水浇在许嘉珍身上产生了刺鼻的烟雾，因为王水中的硝酸使得人体中的蛋白质固化，许嘉珍只是脸部和上身变得焦黑，尸体并未溶化。
见王水溶尸失败，洪晓慧干脆把保险套塞进许嘉珍手中，试图把案件引向奸杀的方向。
洪晓慧与许嘉珍同年，毕业于交通大学应用化学系，和许嘉珍一起考入清华大学，不仅是研究所的同班同学，还同住一间宿舍，以前是无话不谈的好友。曾焕泰比洪与许大5岁，是东吴大学微生物系的学士，本科毕业后入伍，退伍后考入清华大学辐射生物研究所研究生，1996年，才在研究所就读一年就升入博士班就读。
许嘉珍对学长曾焕泰的爱慕众人皆知。曾焕泰有公开的女友，也是辐射生物研究所的研究生。许嘉珍不管不顾，还是经常向曾焕泰赠送各种礼物，曾皆欣然接受。起初许嘉珍不知洪晓慧也喜欢上了曾焕泰，还时常向洪晓慧倾诉自己对曾焕泰的满腔热情，直到1997年农历新年，她发现洪晓慧已经先行一步献身给曾焕泰。自此许和洪开始竞争。
洪晓慧家境不如许嘉珍，无法像她一样靠物质换取曾焕泰的欢心。不得已之下，她决定去酒店上班赚钱，用客人的信用卡给曾焕泰买礼物，包括那时还很昂贵的一台大哥大手机。
曾焕泰对外宣称许嘉珍和洪晓慧是自己的好妹妹，但背地里其实分别与两女发生性关系。因为无法战胜曾焕泰的“正牌”女友，许嘉珍和洪晓慧暂时联手对付外敌。1997年暑假期，曾焕泰的女友遭遇了数次人为破坏事件，她向朋友表达了对许嘉珍和洪晓慧的怀疑，不过并没有向研究所的所长报告。
许嘉珍遇害前几天，洪晓慧告诉自己在实验室的学长，自己在交通大学本科的有钱学长为自己办理了额度12万元的信用卡两张。实验室学长后向银行联络申请信用卡，被银行职员告知洪晓慧的两张卡都已于3月3日购物超过额度。3月6日许嘉珍外出购物时发现自己的信用卡被刷爆，记起当天早上洪晓慧曾借用自己的信用卡购买化妆品，而晚上信用卡就爆了。许嘉珍怀疑是洪晓慧盗用，因而和她起了争执。
许嘉珍已经意识到自己身处危险之中，曾在网上和朋友说如果自己遭遇不测，一定是洪晓慧做的。
案发后清华大学开除曾焕泰及洪晓慧。检方以无期徒刑起诉洪晓慧，法官判处她杀人及毁坏尸体两项罪名成立，处刑18年有期徒刑，并赔偿许家台币2,417万元。洪晓慧向法庭提起上诉，坚称自己并非蓄意杀人。
2008年12月3日，洪晓慧因在狱中表现良好，在数次申请后获准假释出狱，为出版社担任翻译一职。北京大学向洪晓慧发出邀请，接纳她继续完成硕士学位。洪女经过考虑最后没有入学。
曾焕泰接受媒体采访时轻描淡写地说：“免不了要承担一些个人道义责任这样子。”被学校退学后，他转道美国继续学业，取得博士学位后返回台北任计算机工程师。