蒙古兴起后，一场席卷亚欧大陆的劲风随着蒙古铁蹄吹起，亚欧大陆几乎都被蒙古踩在脚下，甚至差点打进非洲。而一次战役改变了这场战争的格局，那就是钓鱼城之战。南宋军队将蒙古大汗蒙哥打成重伤，不久后不治身亡。随后蒙古各方势力由于内战的原因纷纷撤兵。这场内战就是忽必烈和阿里不哥的夺位之战。
开庆元年（1259年）8月11日，蒙哥在四川合州钓鱼山病崩。9月19日，在四川的忽必烈异母弟末哥派使者向忽必烈报告这个信息，让他北撤登基。但是当时的忽必烈还希望建立些功绩，表示“吾奉命南来，岂可无功遽还？”可是忽必烈正妻察必派来的人送的消息让他坐不住了。察必派人告诉忽必烈，和林的那些大臣打算拥立阿里不哥。原来蒙哥南下的时候阿里不哥坐镇大蒙古国首都哈拉和林。由于素来反对忽必烈的汉化政策所以得到了那些守旧派的支持。这样一来忽必烈必须返回去和阿里不哥争汗位。
忽必烈采纳了身边谋士的建议，答应了南宋贾似道的求和匆匆北返，驻扎在燕京。阿里不哥的意思是让忽必烈到和林，趁机将他扣住。但是忽必烈可不愿意离开自己的根据地，双方矛盾不断，使者频繁往来。
这时忽必烈接受了身边汉人谋臣的提议，在开平城自行召开忽里勒台。他找来了成吉思汗的几个弟弟的后裔，比如宗王塔察儿等人前来捧场。这是蒙古历史上第一次有人在本部以外推选大汗，阿里不哥被忽必烈的举动打得措手不及，得到消息之后也匆忙称汗。
蒙哥驾崩的时候，忽必烈手头可以掌控的军事力量，只有跟随他攻打鄂州的中路军。但他首先重建了跟随蒙哥灵柩返回草原的怯薛亲军，同时，创立了以汉人为主的侍卫亲军。他火速征调诸路精兵6500人重点防守燕京、开平一线心腹地区，以这6500人为基础，后来扩充到三万人之多。
武卫军的兵员主要来自真定史天泽、东平严忠济、济南张荣、顺天张柔等汉世侯麾下，他通过这样一个办法，既建立了属于大汗自己控制的直属亲军，又抽掉了汉世侯手中的精锐部队，可以说是一举两得。
到七月份，仅仅三个月不到，忽必烈已经集结了总数将近十五万的各路大军。
阿里不哥和忽必烈为争夺地盘展开了第一回合的激烈较量。阿里不哥派霍鲁海、刘太平等人赴陕、甘地区任职，忽必烈亦命廉希宪为京兆（今西安）路宣抚使。双方发生冲突，各自调兵大打出手，廉希宪生擒霍鲁海，诛杀刘太平等人，陕、甘地区成了忽必烈的势力范围。阿里不哥不甘心失败，再次派阿兰达儿率军南下，联合大将浑都海的军队通同作乱，企图夺回陕、甘。但忽必烈的军队将其一举击溃，并杀死了阿兰达尔和浑都海。
中统元年（1260年）冬，忽必烈决定率军亲征哈剌和林。阿里不哥已经领教了忽必烈的厉害，不敢迎战，而是逃至谦谦州，忽必烈占领了哈剌和林，命亦孙哥留守，自率主力回到开平。
中统二年（1261年）秋，阿里不哥率部突然来到和林，假装声称愿意归顺，骗取亦孙哥信任后却采取突然袭击的办法，攻占了哈剌和林，并不断派兵南下骚扰，却屡次被忽必烈击败。由于阿里不哥屡战屡败，追随他的诸王看不到前程与希望，于是纷纷南下投降忽必烈，加上漠北连年遭灾，牲畜大批死亡，势单力孤的阿里不哥不得不于中统四年（1264年）向忽必烈投降。经过4年的伐兵伐谋，阿里不哥的势力终于被忽必烈消灭殆尽，漠北和中原地区从此被连成一片，重新恢复统一。
阿里不哥和忽必烈的支持率大致是相等的，不同的是，阿里不哥在忽里台召开的大会比忽必烈更具有影响力，而忽必烈在蒙古国的名声要比阿里不哥更响。西道诸王能够支持阿里不哥，并不是因为阿里不哥更优秀，而是因为阿里不哥反对忽必烈行汉法，因此二人的汗位之争其实是要不要行汉法之争。忽必烈作为主张汉化的蒙古藩王，获得了中原汉人的支持。特别是，他总领漠南汉地事务，中原汉地的人力、物力和与汉地较多联系的宗王贵戚全部都支持忽必烈，这种力量是远在蒙古腹地的阿里不哥无法比拟的。
因此，阿里不哥和忽必烈绝对不是中央与地方之争那么简单，从其本质上来看是蒙古统治集团内部“汉法”派战胜了维护旧制的保守派，这对于原先较为落后的蒙古帝国最终完成封建化来说有着决定性的意义。
这次内战导致了蒙古内部的巨大分裂。当时的蒙古各大汗国中，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国都支持阿里不哥，唯有伊尔汗国支持忽必烈。战后各大汗国纷纷独立，蒙古丧失了统一的政权。战后阿里布哥被忽必烈囚禁。至元三年（1266年），阿里不哥逝世（另一种说法是遭到忽必烈毒杀）。