东晋在“衣冠南渡”后面临着很多挑战,首先就是自己的统治地位不稳。在东晋时期先后爆发了“王敦之乱”和苏峻之乱,每一次都让朝廷大伤脑筋。苏峻之乱是苏峻联合祖约等人发动的叛乱,他们既是朝廷命官,有事各自统领的流民的统帅,沉重打击了东晋的士族。
苏峻(?——328年)字子高,长广掖(今山东莱州)人。他本为书生,有才学,十八岁时就被举为孝廉。苏峻先是在掖县纠合数千家流民而成为一个强有力的坞主,其后示王化、收枯骨,为远近其他坞主和流民所推服。名声大震,闻于朝廷,晋元帝授他为安集将军。苏峻因惧怕青州刺史曹嶷的诛讨,率部数百家泛海南渡至广陵。朝廷又授他为鹰扬将军。后苏峻助朝廷平周坚之叛有功,除淮陵内史,迁兰陵相。
苏峻既不愿放弃自己掌握的军队,更惧怕入朝将为庾亮所害。于是上表曰:“昔明皇帝亲执臣手,使臣北讨胡寇。今中原未靖,无用家为,乞补青州界一荒郡,以展鹰犬之用。”青州是苏峻的乡里,朝廷若答应苏峻的请求,那等于是放虎归山。苏峻在请求遭拒之后,听从参军任让之言,欲举兵内向。不久,连结祖约,在咸和二年(327年)共同起兵叛乱。
由于京师兵力薄弱,所以叛军袭姑孰、逼慈阳、下于湖、济横江、次陵口,一路势如破竹,未遇到有力的抵抗。于是,苏峻率众焚台省及诸营寺署,攻陷宫城。苏峻控制宫城之后是十分残暴的。咸和三年(328年)。温峤亦与庾亮和赵胤领兵由白石南攻向石头城,向苏峻军挑战。苏峻领八千人拒击,并派部将匡孝和儿子苏硕攻赵胤。及后劳军酒醉的苏峻见赵胤被匡孝击破而退走,于是说:“孝能破贼,我更不如邪!”及后就留下军队,仅率数骑向北突阵。但苏峻不成功,唯有撤回,但在撤回期间马匹停滞不前,苏峻被陶侃部将彭世和李千以投枪击杀,堕马惨死。苏峻被杀后被斩首、碎尸和焚毁遗骨。
桓彝是东晋名臣桓温的父亲。桓彝在永嘉乱后,南渡江左,仕至散骑常侍、宣城内史,世称“桓宣城”,在苏峻之乱中,苏峻派人来劝降,桓彝的部下也劝桓彝假装投降,以防苏峻屠城,桓彝心痛地说:“吾受国厚恩,义当致死焉,能忍垢蒙辱,与丑逆通问,如其不济,此则命也。”最后,一座小小的县城,苏峻愣是花了一个月有余的时间才攻破,桓彝被叛将韩晃杀害,年仅五十三岁,成为东晋忠臣。桓温既为忠臣之后,又有庾翼、何充等人的赏识提拔,才能够逐渐崭露头角。
苏峻、祖约之乱历时年余,影响深远。东晋建国之初,内乱发自上游,朝廷唯赖淮阴、合肥为援,并不得心应手,建康动辄沦陷。这次叛乱中中郗鉴经营京口连接了建康和上游,成为平叛的重要因素。郗鉴利用当地流民组织的成为当时一支具有战略意义的军事威慑力量,后来谢玄等人就是在这个基础上建立的北府兵。同时流民帅苏峻、祖约叛乱,对东晋当政的门阀士族打击很大,教训极深。此后东晋至孝武帝时为止,士族内争在方式上有所顾忌,不敢轻动干戈,因而东晋得以免除内战达七十年之久。