当清军占领西安和南京后，多尔衮不再是“得寸则寸，得尺则尺”的心理，而是认为农民军和南明政权不堪一击。他要传檄而定，向江南诸省派出招抚，意图统一全国。然其武力征服、民族压迫和推行的剃发、圈地、投充、缉捕逃人等一系列恶政，逼迫着更多的汉人反清。
被清军击败的农民军开始寻求联合南明共同抗清。
顺治二年（1645年）五月初，李自成在湖北九宫山死于地主武装之手，其大顺军余部经过一番讨论后，决定在李锦、高一功的率领下，联合新成立的南明隆武政权共同抗清。
隆武帝朱聿键是一个颇有民族气节和政治作为的君王，不但派出湖北巡抚何腾蛟进行招抚，而且对大顺军将领进行封爵授官。遗憾的是，朱聿键力量不济，在汀州被俘，绝食而亡。大顺军余部转而投到永历政权的旗下。而张献忠留下的大西军，也最后在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇的率领下，加入到尊奉永历政权的抗清联合阵营。
虽然大顺军余部和大西军余部，接受了南明政权的封赏，但是他们始终保持着一定的独立性。这既是铭记甲申之变的南明君臣对义军的设防所导致，同时也有义军不屑参与南明的派系之争。
义军虽是乌合之众，但他们是这一时期抗清的主力。顺治五年（1648年）冬，李锦、高一功率忠贞营反攻湖南，连克常德、益阳、湘潭诸州县。四年后，李定国攻克桂林，逼迫清军定南王孔有德自杀，继而挺进湖南，在衡阳击毙清定远大将军、敬谨亲王尼堪，创造了“两蹶名王，天下震动”的佳绩。刘文秀、王复臣率部由黔入川，一举击溃清平西大将军王吴三桂和定西将军李国翰。
虽然最后农民军还是败了，但是他们坚持的联明抗清，而非投明抗清，却延缓了南明政权的生命。如大顺军在营中仍称李自成为先帝，奉其遗孀高夫人为太后；而孙可望等修撰了大西国史，尊称张献忠为太祖高皇帝。
这些义军在民族矛盾尖锐时，主动暂停了阶级反抗助明抗清，或者联合抗清，但是也应该看到他们在联合南明的同时并不是完全以臣子的身份去参加南明政权，而是始终保持着自己的独立性的。