同治三年（1864年），阿古柏护送布素鲁克到喀什。一到喀什，阿古柏就变了脸，在新疆到处杀人放火，同治七年（1868年）占据了南疆，立国为“洪福汗国”。之后，阿古柏又攻下吐鲁番和迪化，凭借原有的几百乌兹别克骑兵，竟然将新疆搞得鸡飞狗跳，天下大乱。
据说阿古柏刚进入中国时只有50名骑兵，后来浩罕又支援了一千多人，但就凭这点力量，他就能积攒十万反民，拿下整个新疆。清廷在新疆的统治力由此可见一斑。
同治十年（1871年），阿古柏打迪化的时候，沙俄趁机占领了伊犁。他们的借口是天下大乱，要代替中国保护伊犁。
但是，直到光绪十年（1884年），清廷也没能派出兵来。此时，东南一带日本侵略台湾，朝廷爆发了“海防塞防”的大争论，放弃新疆的呼声很高。此时，左宗棠以必死的决心赢得了慈禧的支持，才有了这次收复新疆的战争。而军费还有相当一部分是左宗棠自筹的。
左宗棠
由此可知，左宗棠输不起！为此，左宗棠在人员上、武器上、策略上、战后政策上都花费了大量心血。而武力解决阿古柏，外交解决伊犁，是既定的策略，其目的就在于立于不败之地。
当时和现在都有不少人，在收复新疆后就膨胀了，认为可以包打天下了，真的是这样吗？左宗棠收复新疆，对付的是些什么敌人，六七万所谓“哲德沙尔国”的军队里，大部分都是新疆本地的反清武装，以及从陕甘逃过来的回民军残部，只有不到一万是所谓的侵略军，其实不过是因为中亚故国被沙俄吞并，乘新疆动乱流窜过来的丧家之犬。
清军打败的所谓侵略军
光绪四年（1882年）正月，俄国收留了从新疆越境的回民军白彦虎部，湘军大将刘锦棠欲提兵越境剿捕白彦虎。左宗棠阻止：“以兵临之，势必决裂”，认为大清与沙俄“东北、西北均与接界，兵事将无了期”，所以严令“不可衅自我开”。
后英国唆使俄国内部中亚部落造反，左宗棠部将咸谓有机可乘，应该进兵伊犁。左宗棠认为：“俄英措隙已久，俄恃其国大，英恃其兵强，各不相下。我且绸缪墉户，静观其敝，不以彼之强弱为意。而日夜思所以自强，亦不以彼之言我强我弱为意也。”
左宗棠不是怕事的人，他不打伊犁是为了“不败”，因为一旦战败，来自朝廷的压力会比沙俄的压力还大。但左宗棠清晰地认识到中俄国力悬殊，非常妥善地处理了与俄的关系，不让俄国有所借口。他力求明确境界，反对越界侵占，表面上看起来很怂，为的是国家大局和整体利益考虑。但左宗棠不是不敢打，他在伊犁边界陈兵十万，一方面是为了配合曾纪泽谈判，另一方面就是如果曾纪泽谈判失败就以武力收复伊犁。
左宗棠赌中了。事实上等于中国用400万卢比换回了几万平方千米的土地控制权，作为弱国，行此弃车保帅之举也是迫不得已，如果为了伊犁和俄国开战的话，损失只会更大。不过收复新疆也成就了左宗棠能文能武的一世英名。