嘉靖帝与万历帝是一对奇葩的爷孙组合，他们多年不上朝，军事作为上却是有着很大的差别。同样面对着倭患，在嘉靖朝有点捉襟见肘，但是万历年间却把丰臣秀吉打得大败。丰臣秀吉临死前还在喊着不要让十万将士成为异国枯骨。嘉靖朝和万历朝有这么大的区别是什么原因呢？
嘉靖帝治国四十五年，明朝从平世转入衰世。皇帝虽管管大事，但二十多年不上朝，常年避居西苑修道。名为玄修，暗操独治。内阁被严嵩掌控，朝廷里都是严党的爪牙，政府的运转能力下降。同时明朝后期最大的内患——流民，正是起于嘉靖。同时又因嘉靖帝修道，大兴土木，以一人夺万民，致使财政入不敷出，再加上朝内党争，导致边军武备废弛，明军战力急速下降。
朱厚熜
而军事实力的急速下降，体现于嘉靖二十九年（1550年）的庚戌之变，俺答一路烧杀抢掠打到北京城下，还在大同杀死了总兵张达。宣大总兵仇鸾以重金贿赂俺答，最后俺答在一番劫掠过后从容出塞。在这次事变中，兵部尚书丁汝夔听信严嵩毫无作为，最后被嘉靖杀死。
辽东军队一直是明朝军队的精锐所在，常年肩负重任，但在面对俺答时却表现极差，如果俺答当时多想一下，只怕京师陷落将成为必然。
既然作为明军精锐的辽东军队表现都那么差，南方的军队表现又能好到哪里呢?明军内部的实力排行中，南方军队稳坐最后一名。承平日久，南方的军队常年不见战事，当兵早已成为南方一些人混饭吃的工作。渐渐的，南方军队里出现一大批的兵油子，打起仗来跑的比谁都快，再加上嘉靖时的“倭寇”中，虽十之有八都是中国人，但剩下的那些日本人都是日本国内的精锐，又是打游击似的流窜作战。所以就出现了几百倭寇击败几千明军并且打到南京的这种情况。
朱翊钧
而到了明神宗也就是万历时，经过嘉靖末期徐阶的改革，隆庆年间高拱改革，隆庆开放海禁，万历前十年张居正的经济改革，再加上抗倭时的内阁首辅申时行的一系列运作。明朝一扫嘉靖之弊政，经济繁荣昌盛。北方出现了李成梁、李如松这样的名将，常年的作战磨砺出了实战经验。同时因为经济恢复，军费供给足够，且万历中前期皇帝锐意进取，明朝的火器发展迅速，等到了壬辰倭乱时，抗倭的明军每人一铳，还有根据葡萄牙人的佛郎机魔改出来的各种大小佛郎机。
在这场战争中，明朝先进的军工业对日本有着巨大的优势。
可以说，这场战争成了明军的火器试验。负责辽东事务的明朝正规军，精锐部队，凭借优秀的作战技术与先进的火器、火炮，对以步兵为主体的日军形成了绝对优势，再加上明军算是主场作战，补给的压力远小于跨海峡作战的日军。
所以才会看到万历时的明军压着日军打。
万历时期抗倭之所以胜利，其一在于有之前隆庆新政与张居正改革变法的基础，其二在于这次交战可以说是国与国之间的军队大战，目的在于控制地盘，并非嘉靖年间那样倭寇游击掠夺骚扰一般，明军当然战胜了日本。
补充一点，万历帝只是多年不上朝，并非不管事，不上朝不代表万历帝不能私下面见大臣处理国事，万历帝只是小事不管但是大事严抓。像包括壬辰倭乱在内的万历三大征，都是万历帝亲自拍板决定打不打的，并且还是万历帝点兵选将的。