阿古柏在同治六年（1867年）建立哲德沙尔汗国时，当时占领的主要是南疆地区，英国首先承认了这个国家，并且支持力度比较大，送武器弹药等，沙俄没有马上承认。这个时期英国和沙俄在争夺中亚地区的殖民地，双方争斗都是用代理人进行的。
清政府、英国、沙俄和阿古柏在新疆的博弈。
同治九年（1870年），阿古柏占领乌鲁木齐，为了控制阿古柏继续向北方扩张，沙俄于同治十年（1871年）出兵占领了伊犁地区，西方列强不满意沙俄，清政府问起此事时，沙俄的答复是代为管理伊犁地区，玩弄外交辞令，觊觎中国领土。
对于清政府收复新疆，沙俄政府认为胜利的可能性不大，他们认为英国支持阿古柏，并武装了他的军队，英国会千方百计阻挠清政府的收复新疆行为。这事左宗棠和清政府也了解的非常清楚，为了瓦解英国对阿古柏的支持，左宗棠让胡雪岩向英国的银行秘密贷款，将英国人绑在清政府的战车上，英国人担心收复新疆失败，它的贷款收回将受到严重影响，于是英国的贷款一部分直接用英国的军火代替，对阿古柏的支持发生180度转向。而沙俄对此却一无所知，只是占领伊犁地区，静观新疆局势的发展。
阿古柏
同治七年（1878年），新疆大部地区已经被左宗棠收复。当时沙俄在外交上说自己代为管理，那就必须撤出伊犁地区，英国人也支持清政府要回伊犁，遏制沙俄的领土扩张。清政府和沙俄就伊犁的归属展开谈判，沙俄希望在谈判桌上获得更多的领土利益。
清政府为何拒签《里瓦几亚条约》？
同治七年（1878年）稍早时左宗棠起兵准备收复伊犁地区，此时俄土战争爆发，左宗棠借此机会能顺利收回伊犁。
而清政府派遣完颜崇厚为出使俄国的钦差大臣，处理新疆伊犁问题，认为他能够顺利收回伊犁。完颜崇厚曾经出使各国，博得熟知洋务的名声，其实他不是外交家，徒有其表，更加不顾国家利益。
双方在俄国克里米亚半岛的里瓦几亚进行谈判，完颜崇厚受到沙俄的胁迫后，胆小如鼠，按照沙俄的意图签订了《里瓦几亚条约》，而且不等清政府的回复就匆匆回国，怕死。《里瓦几亚条约》的主要内容如下：一、清政府仅仅收回伊犁城，而周边的领土几乎全部割让给沙俄，伊犁的西、北、南都是俄国的，伊犁城是一座孤城，大约割让5万平方公里土地；二、赔偿沙俄代为管理伊犁军费500万卢布，约合280万两白银；三、沙俄在新疆、蒙古的贸易免税；四、在新疆蒙古设立7处领事馆。
完颜崇厚
消息传来，清政府舆论大哗，奕䜣、张之洞、左宗棠等都认为此项条约不如不签。李鸿章在一旁说风凉话，签就签了吧。完颜崇厚一回国就被抓了起来，并被判斩监侯，秋后问斩，其实他并没有被处斩，而是交了30万两白银赎罪了事，后来降两级使用。
清政府签订《圣彼得堡条约》（又称《收回伊犁条约》）
这次清政府派遣了熟知洋务外交的曾国藩儿子曾纪泽去谈判，光绪七年（1881年）2月24日双方在圣彼得堡签订条约，主要内容较第一次减少了不少领土割让，但仍然是一个不平等条约。主要内容如下：一、俄国将伊犁地区归还中国，中国将霍尔果斯以西，伊犁河南北的一些地区割让给沙俄，其他地方的勘界待定，少割让了一部分土地。二、赔偿900万卢布的军队管理费，约合509万两白银，限期两年赔完。三、俄国在蒙古贸易免税，在新疆地区“暂不收税”等。四、新疆人如果愿意加入俄国国籍，中国政府不得阻拦。五、原俄国在新疆蒙古设立7处领事馆，改为只有两处。
这是主约，还有一些子约，如：《伊犁界约》、《喀什噶尔界约》、《科塔界约》、《塔尔巴哈台西南界约》和《中俄续勘喀什噶尔界约》等，这些子约在光绪八年（1882年）到光绪十年（1884年）签订，大约丢失了7万平方公里的土地。
沙俄利用新疆人加入俄国国籍清政府不能阻拦这一条款，在光绪七年（1881年）到光绪十年（1884年）胁迫10余万人迁居俄国。