玉清原始天尊是唐代三清体系成型后在绝大多数时候位处最尊的神，除了无极大道之外。在三清系统里，上清灵宝天尊和太清道德天尊虽能和玉清原始天尊并称三清，但论起高低时，另外两者几乎无法与玉清原始天尊相比。《道门定制》九皇御号中对灵宝和老君的解释为：灵宝受教于元始，于赤明劫说洞玄之道开度众生。老君受元始教命降生商周开导众生。
《上清灵宝大法》中对灵宝天尊的解释为：元始之弟子，上清之祖师，太清之上皇。
《灵宝领教济度金书》言教门以玉清为尊。等等。
不少道藏对三清的解释中普遍是元始天尊高于灵宝天尊太上老君，至于关系有师徒、弟子或收教于原始辅佐元始等等，即使某些时候引入了游离于三清外的其它元始天尊或太上老君而超越原有的三清元始天尊，但三清内部排名亦然是玉清＞上清＞太清，这也很好的说明了玉清元始天尊有着难以撼动的地位，在大多数以三清为主的体系中，玉清元始天尊是当之无愧的最高神。
本贴阐述一些道藏中少数时候能超越玉清元始天尊的神，其中不包括天真九皇（三才定位图中三清天并没有提到玉清元始天尊）。
清代记载各种科仪相对多的文献《忏法大观》以及按《忏法大观》中一些神灵编制的宝诰文献《清微宏范道门功课》中，九天玄女在她和三清等神同时出现的科仪中，均位居玉清元始天尊之上，《清微宏范道门功课》中九天玄祖诰也在玉清诰之前。虽然《忏法大观》相比于前代经典科仪而言十分非主流，各种科仪中会提到不同而罕见的高位尊神，且位次杂乱，但九天玄女却是明确超越三清四御等尊神的存在。她作为先天地而素存，化生了三清四御等众神。
《忏法大观卷三》玄祖先天地而素存，离者阳也，有阳斯，以济阴。故南宫号紫府，而冶鍊而于是乎化三清，于是乎生四御，于是乎有九辰十华。
《清微宏范道门功课》九天玄祖诰：南宫紫府无无上道开化玄极至真不坏真空，元始灵源祖劫虚无体道妙，用难穷实诸仙诸佛诸圣之宗，神机莫测乃掌道掌法掌教之主，至灵至感至圣至慈德溥无量浩劫救世定乱阐法能，仁圣姥九天玄女真君大天尊。
此外，《忏法大观》中各篇提到虚九天玄女的仪式中九天玄女也都在玉清元始天尊之上。
《忏法大观卷三》道门恒深仰戴爰洁，
齌坛虔诚先启。
紫府玄祖大天尊，
玉清元始大天尊，
上清灵宝大天尊，
太清道德大天尊，
昊天玉皇大天尊，
后土掌劫大天尊，
日月两曜大天尊，
攴天斗圣大天尊，
勾陈天皇大天尊，
紫微星主大天尊。
《忏法大观卷八》主真香虔诚先启，
南宫紫府九天玄祖真君，
三清道祖虚无三宝天尊，
万天至尊玄穹玉皇上帝，
九华玉阙后土掌劫天尊，
天医大圣圆明斗姥元君。等等
2.斗姆元君
斗姆元君同九天玄女，出自清代不同寻常的科仪文献《忏法大观》。
《忏法大观卷五》至心皈命礼，以下俱用至心皈命礼贯各句起落同声称念逐句投地拜毕平身。瑶天紫极摩利攴天上帝圆明道姥天尊，三拜。处无自然金阙三宝上帝，龙汉圣父周御国王天尊，龙汉圣母紫光圣德天后，日宫天子郁仪阳曦帝君，月华天女太素结璘皇君，玉斗左宫勾陈天皇大帝，玉斗右宫北极紫微天命。
此科仪中将斗姆一分为二，即瑶天紫极摩利攴天上帝圆明道姥天尊和龙汉圣母紫光圣德天后两位。前者或多或少有一点融合九天玄女的倾向，以经达到超越了三清三宝上帝。不过在《忏法大观》同书的其它科仪中，斗姆只有一位，并不会像这个仪式中这么奇葩。《忏法大观》作为风格与以往经典科仪文献偏差较大的原因也远不止于此。
3.太上无形无名无极大道无上元尊、混元太极至微至道天尊默运天皇上帝
此二神出自清代道藏《五经合编》，在其它道教文献中没有过多的记载。
《五经合编》主真香虔诚供养，
太上无形无名无极大道无上元尊，
混元太极至微至道天尊默运天皇上帝，
虚无自然大罗三清三境天尊，
玉皇赦罪大天尊玄穹高上帝，
勾陈上宫天皇上帝，
瑶天星主紫微大帝，
承天效法后土皇地祗。
《五经合编》提到的科仪模式虽然融入了一些不常见的神，不过模式上总体还算比较正经。
4.老子太上老君
被认为区别于三清太上老君而高于三清尊神的存在。《天皇至道太清玉册》中所云道生一, 一即元始天尊, 一生二 ,二即上清灵宝天尊, 二生三 , 三即太清太上老君, 三在生万物也.
而创造大道的便是老子太上老君.
《天皇至道太清玉册》老子始发其妙，包举二仪，乃强立其名曰道。开辟天地，始肇万有者，必有其神，莫得其名，乃强名曰元始。故有元始天尊之名，为开天辟地之祖。
老子:
号日老子，生于李树之下，即行数步，一手指天，一手指地，曰天上、天下、三界之内，生天、生地、生人、生万物，皆道之所化。故惟道独尊，指李树曰：此吾姓也，遂名耳，字伯阳。自武丁九年庚辰下生，厥后大阐其道，后世见其道之大，遂亦以为太上老君之称。垂范立教，太崇玄风，万世又以老子为教主矣。所以后之宗其教者，亦尊之为老君，不知者因误以为三清之老君也。
《天皇至道太清玉册》认为道教初祖应为老子（或说老子太上老君）,应区别于三清太上老君（实际上道藏普遍以三清为主,太清大多认为是老子）.
《太上老君金书内序》老君为道之总体，于自然在乎三清之前，象帝之先。为玉皇帝居玉清金阙。
不过道藏个别除了有游离于三清之外的太上老君外，也有元始天尊。其它元始天尊也是可以化生三清的。
剩下的玉皇大帝和三清外元始天尊等日后想更新在更新了
