此处仅讨论自然地理因素：
1、东京位于日本本州岛的中东部，滨临太平洋。位于东经139度46分，北纬35度39分。其地理位置十分关键，不仅连接着日本国内各地，还是亚洲和太平洋地区的交通枢纽，使得东京成为日本的政治、经济和文化中心，也使得东京在国际交流和贸易中具有得天独厚的优势。2、东京属于亚热带季风气候，夏季炎热潮湿，冬季寒冷多雨。夏季的平均气温约为摄氏25到30度，冬季的平均气温约为摄氏5到10度。由于受到太平洋暖流和西南风的影响，东京的气候相对较为温和稳定，无明显的季节性极端天气，适宜人类的居住和生活。
3、东京所在的关东平原是日本最大的平原之一，由于地质演变和水文地质作用的影响，形成了丰富的地形地貌。整个关东平原的海拔不足一百米，地形非常平坦。关东平原有利根川、渡良濑川、鬼怒川、那珂川等河流，为工农业发展提供了充足的水源。因此可以说，关东平原是整个日本最宜居的区域之一。关东平原的地理位置非常优越，北部和西部有山地环绕，东部和南部濒临太平洋，正好处在整个日本列岛的中心地带。东京湾是船舶避风的优良港湾。东京湾之内，建有很多日本著名港口，包括东京港、横滨港、千叶港、川崎港，以及驻日美军基地横须贺港。