明朝无疑是中国历史上皇权与士大夫冲突最激烈的王朝，自朱元璋废除了自秦以来辅佐天子处理国政的相位后，造成了中国政治制度的极大变动。从此天子直接面对六部，六部有建议权，而天子独揽决策权，另设内阁大学士，为天子襄理文墨，但内阁大学士没有建议权，为了避免皇帝与六部之间发生直接冲突，遂设司礼太监居中传递消息。
世宗，穆宗和神宗在位期间，皇权与六部之间的冲突达到了僵持阶段，最后竟然造成了这三任皇帝，几乎不见六部官员的局面，于是作为皇帝代言人的内阁大学士和司礼监与士大夫的代言人六部（东林党）之间的冲突，进而加剧。也正因为皇权与官僚体制之间的冲突和矛盾的不可化解，造成了明代中期以来国家行政效率，国家组织效率的迅速衰败。明朝的一切改革因为不能动员官吏，并被庞大的官吏集团所阻碍，结果终归不能实行，最终导致了明朝瓦解。
其实，明朝中后期几个皇帝确实不昏庸，但如果比朱元璋父子政治手腕就差的太远了。有些人整天说朱元璋独断专行有多残暴，这话听起来真是能笑死人，说真的，真正独裁的人哪一个不是有魄力和能力的人。你让汉献帝独裁一个试试。
明朝后期正因为皇权的削弱，才导致党争激烈，越到了国破家亡的时候，明朝党争越残酷，整个国家已经失去了主心骨，这也是为什么明朝不能同仇敌忾的主要原因。