明朝的奴儿干都司建立于永乐七年，也就是1409年，但实录记载的比较简略，又有删汰，很容易误导。建立明朝后，朱元璋先注意中原的恢复，后统治一开发北方西南，直到1387年也就是洪武二十年纳哈出降后才经营东北。但黑龙江以北等处的地方区域设置多在永乐时期，也就是永乐1409年四月又置奴儿干都指挥使司。在明朝永乐时期都司一般都是汉人当任，也有土官。明朝土官是没有俸给，奴儿干都司建立后，明朝注意北面，对东北的开发还未着手，宣德二年1424年升了康旺，佟答喇哈、金声等人的官…
普遍认为朱棣死后，明朝就没有能力控制奴尔干都司了，某些人的理由是因为裁撤了，如果是这样看，简直愚不可及，明实录宣德年并没有明令取消，宣德年确实有文官提出废除奴尔干都司，不过争议很大，主要问题是花钱，因为在那里设流官，运粮耗费巨大，需要造船等；总之，到宣德死，奴尔干都司也没有废，不过在宣宗死后宣谕给辽东总兵官、辽东都司和那些镇守太监等人说：“凡采捕、造船、运粮等事，悉皆停止，…其差去内外官员人等俱令回京，官军人等各回卫所着役。尔等宜用心抚恤军士，严加操练，备御边疆。”谕旨明文也并无废除奴尔干都司，不过造船运粮停止。
根据《寰宇通志》卷一一六记载说，“其人地东濒海，西接兀良哈，南邻朝鲜，北至奴儿干北海，区划为一百八十四卫，二十所。”后来由于人口和生产的发展，扩大分合，举个例子奴尔干都司在永乐时有一百一十五卫，到永乐末有一百七十九卫，经过不断的发展分合，天顺时加到一百八十四卫，到了万历时加到三百八十四卫。这些不同氏族和部落的几百个单位，都必须有明王朝的任命，成为明王朝一部分。而明王朝按照他们各族的血缘团体和部族大小，人丁多少和力量强弱，分他们酋长为都司、卫和千户所，给以都督、都督佥事、指挥同知、指挥佥事、千户、百户、镇抚等不同级别的官位，明王朝发给他们“诰印冠带袭衣及钞币”不等，这个诰也是诰命，在明朝一品至五品是给诰命，六品以下是敕命，又叫敕书，是任命的证书，凭着他可以到北京朝贡，也可以领“年例赏物”；还可以对部下发号施令，努尔哈赤曾五次进京领赏。很显然这些官职代表着那些地区都是明王朝统治的。
明朝裁撤奴儿干都司并不影响明朝在那里的统治，从史料来看，有些各地卫所寄俸带支，如佟答刺哈在“三卫带支百户俸”…明朝衰落时候，会找一个比较强大部落来管控当地，我们熟知的努尔哈赤出生的建州卫，也是奴儿干都司所属卫所之一。奴尔哈赤拿着明王朝敕书统一女真，就是假借明朝兼并其他弱小部落，明王朝对辽东和奴儿干都司各属的统治权，从明初一直到建州卫努尔哈赤兴起的后金代替为止。
为什么很多人说，奴儿干都司是从朱棣死后就废除，那些人大多是认知阅读能力差的。另一个原因是，明代史书一直标出都司名称和它的卫所，而于事后实录还有关奴儿干都司记载相互矛盾的原因，这是为什么？
个人认为，原因是明朝对奴儿干都司的政策，也就是废和立的争议，一直在吵个不停。那么奴儿干都司是什么时候废除的？应该是英宗之后，英宗以后的实录，奴儿干都司就在没有出现，不过明王朝把奴儿干都司以黑龙江诸部等来代替。努尔哈赤子孙统一中原后，极力和明朝撇清关系，尤其是努尔哈赤曾当过明朝龙虎将军，要知道中国治国思想是儒家，儒家最讲忠义，反抗自己君王那可是大逆不道啊！所以，留给我们的史料只能从零散的资料里面找。