公元1552年，一个20多岁的女子，连堵东璧堂大门3日，却不看病。李时珍气坏了，吩咐徒弟：“报官抓她！”突然，少妇“噗通”一声跪下，“您不救我，我就去死！”
李时珍愣住了，他对穷人，向来免费救治。这女子却三箴其口，究竟有什么难言之隐？他扶起女子，疑惑地问，“莫不是得了疑难杂症？”女子抽泣着说，“不是生病，我家夫君蒙冤，即将问斩！”李时珍更是一头雾水，“我不曾结交官府，如何救你？”女子忽然嚎啕大哭，“为了一条蛇，他们竟然要杀人！”她口中的蛇，可不一般，俗称“蕲蛇”，又叫白花蛇，能治风痹、惊搐、癣癞，是名贵的中药材。蕲州的官吏，借口给皇帝进供，要求各家各户，上交一条白花蛇，实则偷偷倒卖敛财！可医书记载，这种蛇，“其走如飞，牙利而毒。”不但难抓，人被咬伤，要立即截肢，否则就中毒死亡。为了应付官差，有钱的人家，都花钱，从蛇贩子那里买来交差。她家没钱，丈夫只好进山抓蛇，哪料头一天，同伴就被蛇咬伤，当晚就死了。村子里再也没人敢去，被逼得只能卖地换蛇。她丈夫年轻气盛，与官差理论，“蕲州那么大，只有城北龙峰山上，才有蕲蛇。官府让蕲州家家交蛇，分明是造假！官府一听，不由分说，将他下了大狱，下月问斩！女子说罢，跪在地上不停磕头，“您是名医，定能鉴别真伪。可请您冒死抓蛇，我实在惭愧，这才犹豫不决，耽误了百姓就诊！真是该死！”李时珍拍案而起，药材造假，这可是图财害命啊!他立即动身，前往龙峰山，为了安全，他特意花钱，请了一位捕蛇高手。捕蛇人告诉他：找到又臭又辣的石南藤，就能抓到蕲蛇。山上有个狻猊(Suān ní)洞，洞口怪石嶙峋，灌木上，缠满了石南藤，蕲蛇喜欢吃石南藤的花叶。
人备足了干粮，用树叶打掩护，蹲守在洞口，终于，一条蕲蛇露出了脑袋。捕蛇人眼疾手快，用一根长2米，一头分叉的木棍，迅速叉住蛇的颈部，然后，徒手提起，扔进了布袋！有惊无险！李时珍整整守了2日，终于亲眼看见了蕲蛇，并看到了制蛇的全过程！可这条蛇，分明和蛇贩子手中的，没什么区别呀！ 他又查阅医书，仍一无所获。李时珍不解，将两条死蛇，仔细比对，猛然间，他发现了端倪：两蛇虽然都是“黑质而白章”，但蕲蛇助下，有24个斜方格，体型短小，并且死不闭眼。而蛇贩子手中的蛇，个头较大，死即瞑目，虽能除风湿、除筋骨痛，但远不及蕲蛇效果好。李时珍将2条蛇，呈给官府。官老爷大怒，将蛇贩子扭送到府衙。蛇贩子见穿帮，只好交代：这些蛇，是从江西兴国县山区逮的，以小虫和鼠类为食，无毒，且产量大！官老爷无奈，只得放了女子的丈夫，并传令，不再征缴蕲蛇。蕲州百姓敲锣打鼓，感谢神医为民请命！可李时珍却闭门谢客，长吁短叹。一天，李时珍突然对妻子说，“我要带庞鹿，出趟远门。少则3、5年，多则十几年。就让庞宪坐诊吧。”妻子吴慕榕泪如雨下，拦着门，死活不让走！两个弟子都跪下，哭着说，“古本医书，漏洞百出，屡屡害人性命，师父要亲验亲尝，重修《百草》，造福后世！求师母成全！”吴慕榕虽是妇道人家，却深明大义，她收拾好行囊，嘱咐二人：“万事小心！”然后转身，悄悄抹泪！师徒上路，头一件事，就是鉴别药性。他决定，先拿穿山甲开刀！穿山甲，学名“鲮鲤”，陶弘景说：它吃蚂蚁的方式很特别，就是装死！它白天爬上石头，张开鳞甲，一动不动，等蚂蚁爬进去后，迅速闭上鳞甲，钻进水中。然后再次打开鳞甲，蚂蚁浮在水面上，无处可逃，自然成了一顿美餐。
李时珍请猎人帮忙，捉到了一只穿山甲。剖开它的胃，竟然有一升左右的蚂蚁！果然，穿山甲是吃蚂蚁的！可它是靠装死捕食吗？他仔细观察，发现穿山甲食蚁时，是搔开蚁穴，进行舐食，而不是诱蚁入甲，下水吞食。果然有误！这些资料，来之不易。在书中，可能一笔带过，却需要医者，付出莫大的精力和代价！他们一路跋山涉水，数次遇险，甚至还有强盗拦路。可师徒二人不惧生死，尝遍百草的同时，还不忘治病救人！有位老妇人，便秘了30年，久治无效。李时珍拿牵牛子配成药，很快痊愈。还有个女子流鼻血，一昼夜都止不住。李时珍用大蒜切片，贴在她的脚心。不一会儿，血就不流了！这些偏方，都来自民间，李时珍亲验有效后，都录入了《本草纲目》。1596年，这部历时37载，修改10年的巨著，终于在南京刊印完毕。神宗为此书，特下了一道圣旨：“书留览，礼部知道，钦此。”之后，《本草纲目》被流传到世界， 达尔文看完后盛赞：“堪比《进化论》！”