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这个问题不考虑时间恐怕不可能，这种关公战秦琼的问题其实答案是一定的，在后面的朝代基本一定会战胜在前面的朝代。
与共同敌人作战的直接战绩对比
明朝和清朝对比恐怕就更是这样了，他们之间其实还是很好比的，因为他们曾有共同的敌人，那就是蒙古各部。这个问题有限定，是问明朝的鼎盛时期和清朝的鼎盛时期，那就首先要确定明清各自的“鼎盛”时期分别是什么时候。明朝的鼎盛时期肯定是明成祖时代了，清朝的鼎盛时期答主觉得应该是乾隆朝平定准噶尔的时候。
明成祖远征漠北之战
那这么一比对其实孰强孰弱是挺明显的。当然明成祖的武功也非常出众，五次北伐大幅削弱了蒙古瓦刺、鞑靼等部的实力，基本肃清了元朝皇族的残余势力，使明朝取得了明显优势。但明朝却并没有在长城以北建立有效统治，所以瓦刺和鞑靼等部的实力很快得到恢复，后来对明朝反而转守为攻。这里大家不要在意什么明朝不屑于统治草原地区这种胡话，因为面对威胁如此之大的地区和势力，消除威胁最有效的办法就是建立直接统治，不能建立统治就是实力不足的一种表现。特别是考虑到后来的历史，瓦刺和鞑靼在后来100多年里给明朝造成的严重损失，就更说明朱棣的北伐没有解决真正的问题，因此意义不宜过于夸大。
而清乾隆时期可是实实在在灭掉了准噶尔汗国。准噶尔汗国鼎盛时期占有新疆、内蒙、外蒙和西藏各一部，实力应该说是远远超过只局限在漠北的瓦刺和鞑靼的。但清朝对准噶尔部的胜利压倒性的，将准噶尔汗国完全灭亡，使准噶尔完全变成了一个地名，而且将其势力完全肃清，并在准噶尔原来占据的土地上建立起直接统治，而且基本维持到清朝灭亡时。两相对比之下，清朝时期的优势还是压倒性的。
明朝也有优势，但无法扭转战局
当然永乐时期的海军是不错，可以进行远洋航行。但客观地说，这种不错只是按东亚标准衡量，而在近代海军出现之前，东亚的海军实力甚至连基本的制海权都无法建立，根本无法决定任何一场战争的走向，这一点崖山之战就是最好的明证。而且清朝前期在海战方面也有攻克台湾的战绩，应该说海战能力也不弱。所以综合来讲，如果两方直接交锋清朝是必胜的，这还是没有考虑到时代前进了三百年使军事能力得到的自然提升。
郑和的宝船
率水军统一台湾的施琅
当然，明朝有一点和清朝比还是有点优势的，就是在各自鼎盛时期跟世界其它帝国的实力对比。清朝乾隆末年其实英国的实力已经超过清朝了，但在永乐时期，应该还没有和明朝一样强大的其它帝国出现。（图片来自网络，图片版权归其原作者所有）
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