2000年5月20日一早7:30，昌平区涧头村的一个农民去位于南马路西侧的桃园浇水，发现水沟里散落着文具用品，水沟旁的地面上有一件带血的衣服，农民走近前去查看，地上不只是衣服，而是一具女尸。接到报案的警察赶到，根据女子的大致年纪和随身物品推测她可能是北京大学昌平校区的学生。经与北大的工作人员协调，得知政治学与行政管理系的大一女生邱庆枫的昨晚没有回宿舍，同系的两个男生被带到果园辨认尸体。警方确认受害者正是邱庆枫。
邱庆枫1980年11月22日出生于四川省绵竹市一个纺织工人家庭，是独生女，家境贫寒，学习成绩优异。1999年邱庆枫以绵竹市文科状元的成绩考入北京大学，担任班级副班长和昌平校区校刊世纪风的编辑。邱庆枫美丽、安静，喜欢独来独往。她走在路上总是戴着耳机，课外总是到图书馆或自习室学习。
邱庆枫在政治学与行政管理专业学习一段时间后，意识到自己对这个专业没有太大兴趣，打算转入国际关系学院。2000年5月19日，周五。上午邱庆枫和同学从昌平校区乘校车赶到海淀校区参加转系考试，考完后两人顺路去清华大学找邱庆枫的老乡，没有找到。下午16:45邱庆枫表示要回昌平校区，同学在海淀校区熟人宿舍留宿。末班校车16时开出，邱庆枫唯二的选择是打车或乘345路公交车。和同学分开时，邱庆枫说身上只有十几元钱，打不起车。
345路公车于19时许抵达昌平县城。20:15，邱庆枫同系同学在县城的小白羊超市遇见她，看见她买了10元钱的食物做晚餐，这位同学是最后见到邱庆枫的。
北京大学昌平校区位于昌平区十三陵镇西山口，距海淀校区约35公里，始建于1960年代。1994年因为教室和宿舍紧张，校方启用昌平校区，文科一年级新生被安排到那里，为期一年，大二再转回海淀区校本部。昌平校区地处偏僻，周边都是丘陵和果园，人迹罕至，晚上没有路灯。这样的情况一直持续到2000年。
校方安排的校车仅在周五晚上、周六周日早上从昌平校区各有一班车开往海淀校区，周日下午一班车从海淀校区开回昌平校区。校车车票面值三元，需提前购买，校车准点发车，过时不候。离昌平校区最近的公交车站位于县城，有五公里远，学生如果错过校车，只能选择打黑车或者乘公车再走上五公里回学校。
邱庆枫陈尸的果园距离小白羊超市约2.5公里，距校区约2.3公里，法医推测她大约在19日晚上21时至22时之间遇害。邱庆枫上身穿红黄格纹夹克，内穿白衬衣黄马甲，下身穿黑色条绒裤子，脚上穿着黑色皮鞋。
法医的验尸报告记录邱庆枫颈部喉结处有小块皮肤挫伤，喉结和胸部有小片皮下出血，眼球睑结合膜、心脏外膜、肺脏外膜有点状出血，死因系被人扼压颈部导致窒息。邱庆枫生前没有遭到性侵。邱庆枫的遗体距离涧头村村南约100多米，距离马路约15米，从马路边沿到陈尸地点有明显的拖拽痕迹。一路上散落着文具、纸张、耳机和钱包。钱包里有三元多现金和一张2,000元存折。距尸体100多米的排水沟里，另有书本、纸张，眼镜和眼镜盒。
法医和鉴证人员没有从尸体及现场提取到嫌疑人的DNA。
警方推测5月19日晚，邱庆枫从小白羊超市吃完晚餐后步行回学校，行至距校区还有2.3公里时，在国道旁遇到凶手。凶手从身后勒住邱庆枫将其拖倒在地，从马路上拽到果园。凶手也许是试图实施性侵，也许是图财，但意识到邱庆枫已被勒死后慌了手脚，仓惶逃走。
北京大学起初没有公开邱庆枫遇害一案，数日后以“校外发生的普通刑事案件”张贴了关于案件的布告，要求大家保持冷静，不要未经允许举行悼念活动。冷漠的态度引发学生不满，大家都认为邱庆枫遇害最大的责任方就是学校，要求学校公开道歉，为邱庆枫设灵堂，召开追悼会，提出组织悼念活动，校方改善管理，加强校区间交通和安全措施，建立与学生的沟通渠道等诉求。5月22日、23日，学生自发在校本部如今已被拆除的三角地集会，点燃蜡烛悼念邱庆枫，并在校园内组织游行，有人高喊着：“严惩凶手，追查到底！”校长没有出面，一些领导现身和学生对话。
5月24日北大未名BBS站发表致北大全体师生一文，再次重申对学校的诉求。下午学生在办公楼前静坐。17时，时任校长许智宏与学生代表见面后通过广播对全体学生发表讲话，表达校方对邱庆枫的遇害同样悲痛，同意学生的悼念活动，正在解决昌平校区的安全问题等态度。
5月25日，邱庆枫的追悼会在海淀小区举行。31日，邱庆枫遗体在昌平被火化。
警方怀疑凶手是涧头村或周边村子的农民，一度有传言称警方锁定身为农名工的嫌犯，但多年以来，再没有任何进展。案件至今仍是一起悬案。有生之年，不知道邱庆枫能否得到一个公平。
邱庆枫的死为北大管理层敲响警钟，学校将文科新生全都迁回海淀校区，此后的新生也不再被要求在昌平校区待上一年。
邱庆枫的父母痛失爱女，母亲精神恍惚，北京大学向两位老人赔偿20万元。