疫情时间线梳理
2019年12月31日：武汉市卫健委第一次发布“不明原因病毒性肺炎”通报，发现 27 例
2020年1月7日，专家组从1例阳性病人样本中分离出一种新型的冠状病毒样株
2020年1月8日：初步确认了新型冠状病毒为此次疫情的病原
2020年1月12日：世界卫生组织正式将病毒命名为2019新型冠状病毒（2019-nCoV）
2020年1月21日：钟南山院士授访时透露一患者感染14名医务人员信息，首个超级传播者出现
2020年1月23日：上午10时武汉宣布封城，黄冈、鄂州等地纷纷效仿
2020年1月29日：新冠状病毒确诊感染人数超过非典全球全时期感染者数
2020年1月30日：确诊感染人数超过一万人
2020年1月30日：世界卫生组织建议新冠状病毒肺炎命名为2019-nCov急性呼吸疾病
2020年1月31日：世界卫生组织将疫情列为国际突发公共卫生事件
2020年1月31日：医学杂志披露美首名新型冠状病毒肺炎患者用伦地西韦有效
2020年2月3日：治愈人数首次超过死亡人数
疫情基本概况与近期趋势
自2019年12月31日武汉卫健委宣布疫情通报以来，中国政府已经采取了积极措施应对新冠状病毒疫情。同时艰难的做出决定，封闭了14座城市，武汉市1100万人被隔离，境内大部分高危城市也实行了严防布控，并在全境范围开展检疫。这场瘟疫对每一个中国人以及中国的经济而言，是一场噩梦。
随着中国传统节日春节结束，以及不久即将迎来的返学高峰，中国政府排除万难，推迟企业复工和延迟学校开学时间。目前为止，确诊和新发疑似病例仍在持续增长，国家卫生健康委员会通报，2月1日0时至24时，中国31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例2590例（湖北省1921例），新增重症病例315例（湖北省268例），新增死亡病例45例（湖北省45例），新增治愈出院病例85例（湖北省49例），新增疑似病例4562例（湖北省2606例）。
截止至2月1日24时，国家卫生健康委收到31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团累计报告确诊病例14380例（广东省核减1例），现有重症病例2110例，累计死亡病例304例，累计治愈出院病例328例，共有疑似病例19544例。累计追踪到密切接触者163844人，当日解除医学观察8044人，共有137594人正在接受医学观察。累计收到港澳台地区通报确诊病例31例：香港特别行政区14例，澳门特别行政区7例，台湾地区10例。
截止今日（2月2日）晚间8时，武汉新型冠状病毒感染确诊数字已高达14489例，疑似19544例，治愈406例，并已有304例死亡。目前看到轻度减缓上升迹象。治愈人数超过死亡人数。武汉地区病死率高于全国水平(详情见疫情分析图)。
疫情分析（截止2.1.24时）
中国以外地区确诊141例，确诊总人数确诊的日本有20例、泰国19例、新加坡18例、韩国12例、澳洲12例、德国8例、美国8例、马来西亚8例、越南6例、法国6例、阿联酋5例、加拿大4例、俄罗斯2例、英国2例、意大利2例、西班牙1例、柬埔寨1例、印度1例、斯里兰卡1例、菲律宾2例、芬兰1例、尼泊尔1例、瑞典1例等病例。目前全球确诊病例达14552例。菲律宾今日出现首例死亡病例，这是在中国之外首次出现死亡病例。
钟南山院士2月2日表示：“目前全国的疫情仍处于上升期，但我们判断#疫情应不会产生全国性爆发#，而可能只为局部爆发。”钟南山说，面对此次2019-nCoV肺炎疫情，最原始最有效的方法仍是“早发现、早隔离”。
面对持续增长的新发确诊病例和疑似病例，同时面对延长长假以及疫情对中国各行各业的冲击，中国面临着巨大的经济损失。疫情控制成了一场与时间的赛跑，而科学家已然成为了这场比赛的关键。
扑朔迷离的疫情，谁打开了潘多拉的盒子？
by：David Zhao
自武汉发生新冠状病毒疫情以来，各式各样的“阴谋论”充斥在互联网上。下文将对近期疫情的发展趋势和近期研究发现一览进行梳理。其中包含两个阴谋论。
目前为止，这场新冠状病毒导致的肺炎疫情仍然以较快的速度在世界各地蔓延，确诊病例和新发疑似病例仍然呈现不断上升的趋势，引发了全球学者对武汉新型冠状病毒的大流行风险规模进行了探讨。1月31日，香港大学李嘉诚医学院在《柳叶刀》（THE LANCET）上最新发表了一篇题为“Nowcasting andforecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoVoutbreak originating in Wuhan, China: a modelling study”（中国武汉爆发的2019-nCoV在国内外潜在传播的预测模型研究）的一项数学模型研究，其模型推算认为，武汉已有超过7.5万人感染新型肺炎。这一模型是由香港大学医学院院长梁卓伟研究团队完成建构的，梁卓伟称教授，从受感染到最终确诊，以及接受治疗之间存在时间偏差，将影响整个模型计算及报告确诊人数。
Nowcastingand forecasting the potential domestic and international spread of the2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study，https://doi.org/10.1016/ S0140-6736(20)30260-9
该研究发现，人际传播能力平均每一个病人可以传染2.6-2.9人（R值2.68），传播力每隔6.4日增加一倍，若新冠状病毒传播性在全国范围内一直未减弱，疫情可能将在四月份到达高峰，重庆、北京、上海、广州、深圳等其他城市，则会在之后1-2周进入高峰期。
武汉以外地区传播的风险
A）截至2020年1月28日，在武汉，中国大陆（包括武汉）以及中国大陆以外的确诊冠状病毒确诊病例数。（B）2019年春运期间始发于武汉的出境航空和火车出行的主要路线。较黑和较厚的边缘代表更多的乘客。国际出境航空旅行（黄色）占所有出境航空旅行的13.5％，排名前40位的国内（红色）出境航空路线占81.3％。南海诸岛未显示。
武汉市和其他五个中国城市在交通和城市间流动性下降不同假设下的流行病发病预测
该研究文章指出，鉴于此前已有500万人乘坐各种交通工具离开武汉，已经向中国主要城市输送了不少病例，新冠状病毒已蔓延至内地各省市及全球20多个国家，由于潜伏期长，甚至毫无任何症状，输出的大量潜伏期病例和大规模公共卫生干预措施缺乏，目前中国的几个主要城市可能仍在继续局部爆发。除非中国政府对人群和个人层面都实施实质性公共卫生干预措施，否则病毒将继续进一步蔓延，与中国有着紧密交通联系的海外大城市也可能成为新的暴发中心。
各国政府应尽快在受影响地区限制人口流动，取消大型公众集会、停课及安排机构员工在家工作等，建议准备好物资，包括诊断试剂、药品、个人防护装备、医院用品以及必要的人力资源等。除此之外，识别和消除人畜共患病源与加速疫苗研发同等重要以应对第二波感染。
新型冠状病毒形态 来源：香港大学医学院
文章还特别指出，考虑到现实环境的多样性和多变性，模型存在局限性，由于缺乏可靠、详细的疑似、确诊病例以及密切接触者的记录时间表，因此尚不清楚该流行病的真正规模及其大流行风险。
另外对武汉市人畜共患感染源以及感染基数的假设也决定了模型的可靠性。模型以旅行行为不受疾病状况影响的假设，较轻的病例在模型中没有考虑，这可能导致低估了疫情的规模。并且流行病预测模型是基于2019年的城市间人口流动性数据，可能无法反映2020年的人口流动性模式，特别是公众知晓公共卫生威胁之后。
病毒可经粪便传染
First Case of 2019 NovelCoronavirus in the United States，DOI: 10.1056/NEJMoa2001191
上月31日，著名医学期刊《新英格兰医学杂志》（NEJM）在线发表的“First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States”，介绍了美国第一例新冠肺炎确诊病例的诊疗过程以及临床表现。文章提及在患者患病第7天采集的粪便样本中检测出新冠病毒RNA阳性，文章认为，目前尚不能确定粪便是否具传染性，目前对病毒在呼吸道外的临床意义尚不清楚。
患者患病第7天采集的粪便样本中检测出新冠病毒RNA阳性
2月1日晚间，深圳市第三人民医院召开记者会也表示，该院肝病研究所研究发现，在部分新型冠状病毒感染的肺炎确诊患者的粪便中检测出2019-nCoV核酸（新型冠状病毒）阳性，很有可能提示粪便中有活病毒存在。深圳市第三人民医院表示需要进一步研究粪便中是否存在活病毒。
1月31日由第二军医大学（海军军医大学）、清华大学、同济大学等研究机构在BioRxiv在线发表预印版文章，通过对肺，食道，胃，回肠和结肠单细胞转录组的数据集分析ACE2的细胞组成和比例发现ACE2不仅在肺泡Ⅱ型上皮细胞细胞、食道上皮和分层上皮细胞中高表达，而且在回肠和结肠的吸收性肠上皮细胞中也高表达。这些结果表明，连同呼吸系统，消化系统是2019-nCov感染的潜在途径。
消化道样本单细胞取样地图
ACE2跨2个肺簇和7个消化道簇的小提琴图(Violin Plot)
The digestive system is a potentialroute of 2019-nCov infection: a bioinformatics analysis based on single-celltranscriptomes，doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927806
【注：BioRxiv平台表示，近期由于大量的新型冠状病毒相关论文在其平台发表，而这些均为未经同行评审的初步研究。它们不应被视为结论性的，指导临床实践/健康相关行为或在新闻媒体中作为已建立的信息进行报道。】
病毒的源头在哪里
Mining coronavirus genomes for clues to the outbreak’s origins，https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins
病毒的源头究竟在哪里？一直是科学家们想搞清楚的问题，也是普通百姓最感兴趣的话题，但是至今为止并没有明确定论，国内外互联网上也是众说纷纭，近期《科学》Science在线发表“Mining coronavirus genomes forclues to the outbreak’s origins”的论述。研究者试图从冠状病毒基因组中寻找爆发源头的线索。目前在GISAID平台已有53例来自患者的病毒基因全序列。人们正在对这些病毒基因组进行深入研究，试图了解2019-nCoV的起源，以及它在蝙蝠和其他物种中发现的相关病毒系谱上的位置。
华盛顿大学Fred Hutchinson癌症研究中心的生物信息学专家Trevor Bedford表示:“从病毒基因组得到的最重要的信息之一是，病毒先是进入人类，然后在人类之间传播。”位于中国武汉的华南海鲜批发市场在2019-nCoV传播过程中所起的作用仍不明确，但这种排序，加上对市场环境中是否存在该病毒的采样，正在澄清它确实在扩大疫情的早期发挥了重要作用。大多数研究人员说，病毒序列也推翻了病原体来自武汉一家病毒学研究所的观点。
CBS报道
病毒泄露说（谣言一）
近期网上不断有各种版本的流言，或多或少都把此次疫情的发生与国内科研机构的某个实验室病毒标本泄露关联在一起。此前，CBC新闻报道，加拿大政府将在温尼伯实验室研究危险病原体的中国科学家驱逐出境，在社交媒体上被歪曲，暗示他们是偷窃冠状病毒的间谍。加拿大卫生部和加拿大公共卫生署的媒体公关负责人Eric Morrissette在回应CBC询问时表示："该信息不实，社交媒体上的传言没有事实依据。" CBC在报道中从未声称两名科学家是间谍，或者他们曾经将任何冠状病毒带往武汉的实验室。昨晚武汉某研究所年轻所长和她的丈夫也一并进入公众视野。阴谋论者认为早在2004年中国北京某机构的P3实验室曾发生过一次泄露，而类似的实验室泄露曾在2013年、2014年、2017年美国也曾出现，在中国北京出现SARS泄露之前，新加坡、台湾均出现过SARS实验室外泄。该怀疑论调主要基于2018年中央电视台CCTV的一段关于新发现新冠状病毒的新闻广播。
来源：2018年中央电视台新闻
来源：https://www.nature.com/news/inside-the-chinese-lab-poised-to-study-world-s-most-dangerous-pathogens-1.21487
事实上，对武汉研究所的担忧一些科学杂志和机构要早于这次互联网的猜测爆发。《自然》（Nature)杂志曾在2017年发表了一篇有关中国武汉建立新的4级生物安全实验室的报道，其中包括罗格斯大学的分子生物学家Richard Ebright对可能导致的意外感染风险表示担忧。值得注意的是《自然》已在该篇文章下标注称（见截图）：《自然》(Nature)认为没有证据表明病毒来源于武汉病毒实验室，科学家们认为新型冠状病毒极大可能来自动物交易市场。
Uncannysimilarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 andGag，doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871
对此，昨天（2月2日）下午，中国科学院武汉病毒所研究员石正丽在朋友圈所说的：“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有关系。”
《中国科学报》证实为石正丽本人朋友圈
《科学》文章截图
作为石正丽长期合作伙伴，美国非盈利组织环保生态健康联盟疾病生态学家彼得·达赛克（Peter Daszak）在接受《科学》采访时表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸如实验室泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”。“这令人羞耻！”。
生物武器战（谣言二）
昨天凌晨一篇来自帝国理工的文章在中国社交媒体被网民刷爆，来自印度理工学院于1月31日在预印本网站bioRxiv（未经同行评议）发表的一篇论文引发争议，声称在2019- nCoV突刺蛋白中发现了4个插入物与艾滋病病毒-1 gp120和Gag高度相似。研究人员认为，在2019-nCoV中发现4个独特的插入物，都与HIV-1关键结构蛋白中的氨基酸残基具有同一性/相似性，在本质上不太可能是偶然的。此文一出，立刻遭到学术界强烈质疑，论文作者被认为“夸大和扭曲了事实”。面对各方质疑，论文第一作者Prashant Pradhan在论文评论页面声明撤回论文，并表示课题组没有制造阴谋论的意图，感谢各方批评，将对论文进行修改。目前仍然可以在bioRxiv上查看本论文。
他人的评价
基于该报道和早前美国吉利德科学针对埃博拉病毒研制的新药伦地西韦对新冠状病毒感染有效，又考虑到武汉疫情爆发前曾举办军运会，阴谋论者认为此次疫情由于发生的时间接近春节这一重要节日，地点位于九省通衢的水陆空要道武汉的特殊性，必然与潜在敌对国家的生物战有关联。
事实上，HIV 病毒可以赋予其他病毒艾滋病毒特性的片段没有出现在新冠病毒中。并且新冠病毒也没有已知冠状病毒所没有的独特临床特性。“换句话说就是序列重叠实际上并没有什么惊讶的，匹配的短序列有成百上千个，HIV不过是作者单揪出来吸引眼球的罢了。
关于新型冠状病毒（2019-nCoV）的来源，此前的流行病学调查强有力的证实了武汉华南海鲜市场在新型冠状病毒的传播中起到了推波助澜的作用，但这座海鲜市场是否是疫情爆发的最初源头目前仍存争议。最早一篇由中国学者主导完成的研究论文发表在《柳叶刀》（The Lancrt）上，文章显示41个病例有27个病例与海鲜市场有关。（THELANCET: Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus inWuhan, China）
Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan,China,https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext
Early Transmission Dynamics inWuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia,https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316?query=featured_home
另一篇论文则显示47个病例中有26个病例与武汉海鲜市场有关(Early Transmission Dynamics inWuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia)，但高达45%的案例(包括最早的几个案例)与武汉海鲜市场无关。这也就意味着新冠状病毒最初进入人类社会的源头还有其他地方。
新华社早前曾报道，中国疾控中心病毒所对于武汉华南海鲜市场的“环境采样”发现了2019-nCoV存在的证据。在检测的585个样本中，有33个样本在2019-nCoV检测中呈阳性，所有样本都在这个海鲜市场的西区，西区则是野生动物的销售地。“来自海鲜市场的阳性检测非常重要，”悉尼大学的进化生物学家Edward Holmes说。“如此高的检测阳性率强烈暗示，市场上的所贩卖的各种野生动物在病毒的出现中扮演了至关重要的角色。”
然而，至今为止还没有关于样本的预印本或官方科学报告，因此目前尚不清楚有哪些动物被检测出阳性。斯克里普斯研究中心（Scripps Research）的进化生物学家克里斯蒂安·安德森（Kristian Andersen）分析了27个新型冠状病毒（nCov-2019）病毒基因组序列，发现病毒的源头可能更早就已经出现在武汉地区，对于病毒溯源，他说:“除非你不断地将病毒从一个单一物种中分离出来，否则很难尝试确定什么是自然宿主。”
特雷弗·贝德福德（Trevor Bedford）提出了一个假设，假设有一批近期被感染的动物在不同的市场出售，那么病毒是在什么地方首次接触到人类的呢?或许有一个受感染的动物贩卖商人把病毒传播给不同市场的不同人。“只要从市场(环境采样)中提取一两个序列，就可以说明人畜共患病的程度以及它们是什么时候发生的，这将对病毒溯源而言非常有价值。”然而据此前财新报道引述管轶称海鲜市场已全部被清理。
据此前财新报道引述管轶称海鲜市场已被清理，http://www.caixin.com/2020-01-23/101507670.html
据了解达赛克（Daszak）和石正丽的组成联合研究团队在中国各地的洞穴中已探寻有8年了，洞穴蝙蝠的粪便和血液中都含有病毒。他们已经采样了10,000多个蝙蝠和2000个其他物种。他们发现了约500种新型冠状病毒，其中约50种与家谱上的SARS病毒相对接近，包括RaTG13。
此前石正丽团队在云南中菊头蝠上检测到的蝙蝠冠状病毒RaTG13相比较，nCoV-2019在整个基因组中与其有96.2%的一致性。
系统发育分析显示，RaTG13与nCoV-2019有非常近的亲缘关系，与其他SARSr-CoVs形成明显世系，有相对独立的分支，来源：Science
这种病毒是从2013年他们从云南莫格兰（Moglang）的一个山洞中采集的蝙蝠粪便样本中发现的。达赛克（Daszak）说：“我们不能仅仅因为这种云南病毒与起源的新病毒具有高度的序列同一性，就认为它是起源。”他指出只发现了极少数感染蝙蝠的冠状病毒。达赛克（Daszak）希望未来在华南和华中地区进行采样，可能发现更多其他病毒，其中一些将更接近新型冠状病毒（2019-nCoV）。”
达赛克（Daszak）说，弄清是什么引发了这次疫情，这不仅仅是因为“好奇”。“倘若我们找不到这场大瘟疫背后病毒的起源，那么它仍然可能隐藏在某个角落，导致某个地方的动物或畜牧业感染，一旦疫情再次爆发，可能会有持续病毒的溢出，很难阻止。但是，对于这个问题的真正根源目前科学家门还尚无定论。
尾 语
翻阅史册，人类在繁衍和进化的过程中经历了各种磨难，人类的历史，可以说是一部与微生物的抗争史，同时也是真相和谎言的竞争史。我们知道，人类传染病大约有80%是病毒引起的，目前在哺乳类动物大纲中，已知携带至少32万种病毒，这些病毒长期潜伏在野生动物之中。随着全球气候变暖和人类领地的持续扩张，人类与大自然的交织也会变得愈发频繁，一些古老的病毒将重新从冰底浮现。那些蛰伏于大自然中的病毒，正变得跃跃欲试，当它们再次回归时，或许会比之前更加强大！
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以史为鉴，敬畏自然
END
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