康熙二十年（1681年）十月廿八，官军攻入昆明，吴世璠自杀，历时八年的三藩之乱结束。战后，面对庞大的三藩旧部，清廷采取了什么方案处置呢？
早在康熙十七年（1678年）八月，清圣祖下令：“絓误之徒，宜从宽典。其有悔悟来归者，咸与勿治”。康熙二十年（1681年）十一月，清圣祖又下诏：“从贼人诸人，除显抗王师外，余俱削官放还。”这为战后处置工作定下了基调，除了三藩的骨干成员，其他部众，只要没有明显敌对朝廷的行为和情绪，基本逃脱了死罪，下场至多是罢官返乡为民，有的人甚至还获任用。
对叛乱骨干和积极成员，清圣祖原则上要重处。三藩的干将，无论是否投降，均难逃一死，但清圣祖在具体操作上很讲统驭技巧。不妨结合平定三藩的进程，展开来看。
康熙十五年（1676年），勾结吴三桂的王辅臣兵败平凉，投降。清圣祖令王辅臣及其部属官复原职，立功自效。同年，耿精忠建宁失守，十月投降。清圣祖当时也给了他同王辅臣相等的待遇。当时不断有人弹劾耿精忠，康熙答复：“骤诛精忠，或致寒心。”直到康熙十九年（1680年），耿精忠自请觐见，清圣祖顺势以马九玉收其兵权，从容开展对耿精忠的抓捕。
云南战事结束后，朝廷开始集中处置耿精忠案。最后，耿精忠、曾养性、白显忠、江元勋、刘进忠、徐文耀、王世瑜、王振邦、蒋得鋐被磔于市，耿显祚、祖弘勋等问斩，刘秉正死于赴京途中。其余部众未被株连。
康熙十五年（1676年）十二月，尚之信乞降，并恳请朝廷出兵助剿，清圣祖全盘答应了他的请求。康熙十六年（1677年）五月，尚之信正式投降，康熙恢复其爵位，没有对其部进行整改。
尚之信投降后依旧拥兵自重，且为人暴虐。清圣祖一直容忍他，直到康熙十九年（1680年）才下诏逮捕尚之信。同年，清圣祖赐死尚之信，尚之节、尚之璜、尚之瑛、李天植也被处死，田世雄处杖刑并流放，胡氏、舒氏免罪，其妻子被特令保护，已死的尚可喜获优待。尚之信的部属改隶汉军，驻广州。
投靠吴三桂的孙延龄部于康熙十六年（1677年）投降，所属仅有马承荫因连续叛变被处决，郭义被撤职放还。
康熙二十年（1681年），三藩中仍未平定的吴三桂系行将末路。李本深、马宝等干将投降，但他们得到的待遇是押解回京。昆明城破后，伪相方光琛与其子伏诛，已死的吴世璠被传首、吴三桂被析骸，其他降者暂未受刑罚。
康熙二十一年（1682年），吴三桂系健在的马宝、夏国相、李本深、王永清、江义被处凌迟，其亲属问斩；高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业处斩，其财产妻女充公。清圣祖还处决了一些响应吴三桂的部众头目：谭天祕、吴之茂、祖泽清与其子祖良楩。杨来嘉在押解途中去世；王辅臣担心清圣祖秋后算账自杀，但清圣祖饶过了他。吴氏其他人未见明确处罚，应是被从宽发落。
综合来看，平定三藩后，其余部中的骨干成员多被处决，其他成员或另有任用，或削官放还，或改隶他部，其武装仍驻防各地。
清圣祖对三藩之乱各部的解决手段有别。起初对王辅臣、耿精忠、尚之信等极为宽容，以诱使吴三桂党羽投降。待大局已定，再以各种理由修剪各藩。史实表明，清圣祖确实达到了自己的目的。