太平天国于咸丰三年（1853年）3月19日攻克金陵（今南京），改名天京并建都于此。仅仅三年之后的咸丰六年（1856年）9月4日，北王韦昌辉率三千精锐连夜入城，直奔东王杨秀清府邸，尽杀东王府内数千之众，杨秀清及两个儿子也未能幸免，同时遇害。随后，韦昌辉又以搜捕“东党”为名，大肆剪除异己，被杀者多达两万余人。翼王石达开赶回天京，斥责韦昌辉滥杀无辜，惹怒韦昌辉对他也动了杀机，幸而石达开提前获悉韦昌辉的意图，只身逃出天京城外，可他的家眷及护卫却被韦昌辉全部杀害。
悲愤之极的石达开在安庆起兵讨伐韦昌辉，请天王杀北王以平民愤。洪秀全见势不妙，慌忙将韦昌辉五马分尸，将首级送往安庆石达开营中。洪秀全还处死了与韦昌辉一同杀入东王府的燕王秦日纲及佐天侯陈承瑢（英王陈玉成的叔父）。这就是震惊中外，使得太平天国元气大伤的天京事变，也是天国由盛而衰的转折点。天京事变完全是一场太平天国主要领导之间为争权夺利所引发的一场内讧，也是天王洪秀全自打进入天京之后干的唯一一件“正事”。
洪秀全
在这次事变中，共有三王被杀，近三万太平军中下层军官遇害，这些人中有很多都是杨秀清从广西带出来的老兄弟们，他们久经沙场，骁勇善战，是太平军自广西杀出重围之后，锐不可当，所向披靡的重要力量。更重要的是，天京事变的爆发惊动了整个天国民众，尤其对太平军的影响最大。东王杨秀清的被杀，使得“太平天国”从精神上丧失了昔日的“神秘性”和“正统性”。百姓们私下相传：“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰。“太平军士兵很迷惘，创造一切，无所不能的“上帝”怎么会让这种事情发生？人们心中有一个疑问始终无法解释：代“天父”传言的东王，怎么会被“天父”的另一个儿子北王杀掉？而“真主”天王，又怎能把北王五马分尸呢？
不过，换个思路来说，即便太平天国没有发生因内部分裂而引发的这场内讧也同样难逃败亡之途，只不过是时间长短的问题而已。为什么这么说呢？
太平天国金殿
首先，天王洪秀全起义时提出的“有田同耕，有衣同穿，有饭同食，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”的口号从根本上来说就是一个骗局，天国内部从来就没有真正平均过。举例来说：天国规定，自王爵以下，男女不得婚配，分立男营女营，即便是夫妻亦不得相见。可天王洪秀全在永安时即有36个妻妾服侍左右，定都南京后更是有王娘88人之多。东王杨秀清身边有12位绝色美女服侍他的生活起居，北王韦昌辉、翼王石达开也都广纳妻妾。这是哪里搞的是平均主义，简直是彻头彻尾的特权。
又如太平天国的纲领性文件《天朝田亩制度》规定，“凡天下田，天下人同耕”，可太平天国定都天京十余年间从来没有正式施行文件中的规定，田地从来没有平均分配到老百姓的手上。
《天朝田亩制度》
其次，以洪秀全为代表的天国主要领导在定都天京后迅速腐化，骄奢淫逸，不思进取，只顾争权夺利，排斥异己，从而引发了天京事变的爆发。
最后，太平天国以宗教信仰为核心贯穿始终是极为不明智的，起义之初或许可作为聚集民众的手段，但在建都立国之后需要将宗教与政治分而治之，这样才可以避免宗教的神圣性遭到毁坏，同时治理国家需要的是先进的政治制度和有效手段，而稍微有这方面才能的翼王石达开却从未真正掌握到天国全面的治理。
更何况，太平天国当时所面对的情况又极为复杂，前有后起之秀曾国藩领导的湘军，后有西方列强联合的武力镇压，在这样的情况下，先天发育不良的太平天国岂有不覆灭的道理？