实际上密苏里妥协案只是一个独立战争后未解决问题的继续遗留，也是对奴隶制问题的再一次拖延。不过如果从一个更长时间的考察来看，可以说这次议案虽然避免了一次内战危机，却给之后南北的分歧加了一个十分重的砝码上去。
1787年宪法是美国的立国之本，有人将其喻为“上帝作坊的神来之笔”以及“人类大脑所能做出的最佳政治设计”。但奴隶制问题却成为这部宪法的最为人所诟病的，也是并没有给出解决方案的历史遗留问题。早在殖民地时期，南北双方在此问题上就形成了地区差异。独立战争时期，奴隶制是去是留也有过很多的争论，但是都没有解决。到了1787年宪法的条款中有几处涉及奴隶制的地方，表述都是含混不清。密苏里危机就是这个历史遗留问题的发酵。
独立战争后，联邦政府在1804年划出所谓的“梅松—狄克逊线”即北纬39度43分为分界线，北部为自由州，南部为蓄奴州，把南部与北部明确分开。然而密苏里地区是1803年美国从法国购买的路易斯安那购入地的一部分。1819年，密苏里地区向国会申请辟为新州，加入联邦。由于“分界线”横穿密苏里，围绕该州是成为蓄奴州还是自由州的问题，南北双方各不相让，参众两院为此争议不休。当参议院提议将密苏里提案和缅因提案合二为一的时候，来自伊利诺伊州的参议员托马斯建议，密苏里作为蓄奴州加入联邦；从马萨诸塞州划出缅因作为自由州加入联邦；把原定的南北分界线改为36度30分。虽然当时身为总统的门罗为了避免内战所以签署了该项议案，但是实际上是把这个老大难问题给拖延了下去。当时的国务卿约翰·昆西·亚当斯也说：“密苏里妥协案只是一个伟大悲剧的开端而已。”