约翰·马吉，美国传教士，民国元年（1912年）作为美国圣公会的牧师之一前往中国进行传教活动，民国二十六年（1937年）12月，日军在南京疯狂屠杀之际，马吉选择和其他传教士一起留守南京，挽救了很多平民和士兵的生命。对于自己的所作所为，他曾经这样描述：一种人道主义行为。
一、驻守南京，参与安全区筹建
上海陷落后不久，法国饶家驹神父在上海建立了一个中立区，保护了45万名在战争中失去家园的中国难民。由于饶神父的这个行动的成功开展，因此，在日军将进攻的矛头逐渐指向南京的时候，在南京的相关外国人士开始有所行动。
安全区又叫中立区，就是在战争最激烈的时候，外国人利用自己中立国的身份，在特定的地方收留难民，所以委员们根据自己的工作地点和住宅，安全区最初设置了多座建筑，后来还有增加，基本上都集中在南京城的西北郊，其中包括金陵大学，金陵文理女子学院，最高法院，拉贝公寓，马吉和福斯特共同管理的两个公寓，基本上位于当时的南京的市中心。
在安全区国际委员会组成人员名单和国际红十字会（南京分会）成员名单中，约翰·马吉都位列其中，作为国际红十字会南京分会的主席，他着手接管了设在外交部、铁道部和军政部内部的几所原部队医院，为了尽可能不被日军刁难，还解除了这些地方所有的武装，并确保这里的建筑只被用作医院。
江南水泥厂难民区
二、救死扶伤，拍摄暴行
福斯特在他的日记中写道：他们留下来的目的一是为了建立安全区，二是为了鼓励医护人员，马吉作为南京安全区国际委员会的委员和国际红十字会南京分会的主席，主要负责安全区的医疗和急救。
（一）与时间赛跑，设立紧急医院
民国二十六年（1937年）12月13日，日本攻进南京城，马吉和福斯特立即抓紧时间分头赶往各自的安全区，寻找急救医院，便于接收受伤的民众，但是当他和福斯特赶到中央医院的时候，这里已经是一片废墟，医院空无一人，基础的医疗设备已经被炸毁，医生和护士已经撤离，南京卫生事务所情况还是一样，之后他们去看设立在外交部的军医院（安全区国际委员会之前已经接管了设立在外交部的医院），但是刚到门口就被已经重兵把守的日本士兵拦住了，情急之下，他把目光放在了鼓楼医院。
在这所临时医院里，所有的伤员都由一个医生救治：罗伯特·威尔逊，鼓楼医院每天要救治150 多名伤员，进行二十多台外科手术，马吉除了帮助筹备一些最基本的医疗用品之外，还用相机记录威尔逊医生告诉他的一些患者的情况，他发现，几乎来到鼓楼医院的每一位都是经历过死里逃生的。之所以选择这些伤员，是因为他们正在接受威尔逊的治疗，伤口裸露在外面，相机正好可以记录下他们在医院救治过程中的变化，这种变化可以让人们看到大屠杀带给难民们的影响。
“五一”大扫荡中先奸后杀的妇女
（二）记录安全区民众生存图景
光依靠救治难民是无法从根本上解决南京的危机的，因此，因此委员们开始用写信和记日记的方式记录南京城内的真实情况，向更多的国际组织求助，期望以舆论的形式或许可以阻止日军的疯狂行动。在这些人当中，约翰·马吉不止可以写信，因为除此之外，他还有一台家庭摄影机，民国二十六年（1937年）12月16日，也就是侵华日军进入南京城的第四天，马吉在他所居住的二楼公寓，进行南京大屠杀的第一次试拍。拍摄重点在鼓楼医院，对于为什么要选择这个地方，他是这样说的：教会医院收治了很多伤员和日本人暴行的其他受害者，假如摄影者能在那里逗留较长时间，那么，这部电影的内容必定还要丰富得多。但是他同时也提到，他所拍摄的日军暴行只是沧海一粟。
但是依然可以从这些拍摄中查看到大屠杀中的暴行：
一位搪瓷店的职员的头部被日军用军刀严重砍伤，入院6天后，他脑部的脉搏跳动依然清晰可见，还有一位遭受到日军轮奸的受害者，她的脑部几乎被日本士兵砍掉。其中一名男子和其他70个人被从金陵大学的蚕厂里拉出来，他们或者是被枪打死，或者是被刺刀刺死，然后浇上汽油焚烧，但是他还是拖着身子来到医院，20小时后死去。
类似的事件在安全区域内部还有很多，马吉所拍摄的只是其中很小的一部分，这些在安全区域内部有外国人庇护的市民尚且如此，那么那些在别的区域的市民，甚至不受保护的中国士兵的生存状况则是无法想象的。对于日军对于安全区内的民众遭受的屠戮，他在写给妻子的信中这样描述到：就像在野外猎杀兔子一样，许多百姓在街上被日本士兵随意杀掉。
当年约翰·马吉拍摄的在鼓楼医院治疗的南京大屠杀幸存者李秀英
三、烽火家书，传递所见所闻
民国二十六年（1937年）12月持续到民国二十七年（1938年）1月，马吉拍摄的地点都在鼓楼医院，在这期间，他一共拍摄了30多起大大小小的案例，他在信中这样给妻子描述：应该把他们记录下来，这样，真相才能有一天公之于众。
此外，他还说起他寻找急救医院的时候遇到的事情：“我们在（设立在南京外交部的军医院）门口遇到了一个怒气冲冲的军官，在这以前，我们从未见过这种人，他说话的声音听起来像狗吠，如果我是可燃品的话，他的那副模样就像要把我烧掉。”
除了抢劫，在马吉看来，日军在南京城最令人无法忍受的行为就是强奸妇女了。马吉在信中这样描述到：日军以最无耻的方式来干这些勾当，大街上到处都是找女人的日本士兵。让马吉无法忍受的是，日军连寺院里面的尼姑也不放过，当寺院里的和尚来请求马吉帮忙的时候，他立即应允了，房子里、饭厅里、楼上楼下的屋子里甚至卫生间都是前来躲避的妇女。
除了救助前来求助的妇女，马吉和福斯特还不时在街上主动寻找需要帮助的妇女们，即使是把这些妇女安置在医院进行治疗，也不是绝对地安全。一个日本士兵闯入安全区，在医院中摸到了三个女孩的床位，威尔逊医生试图赶走这个士兵，但是这个士兵却将枪对准了威尔逊，貌似要开枪，马吉将这件事转述给刚从美国来的日本总领事，得到的回答是：这是不可避免的。不只是患者身处不安全的环境，在安全区的这些委员们本身也深受煎熬，随时有可能付出生命的代价。
马吉冒着生命危险,用一架16毫米的摄影机,拍下了侵华日军南京大屠杀
四、托付影像纪实，揭露真相
民国二十七年（1938年）5月，马吉和费奇把之前拍摄的影片以图片的方式开始向世人公布，并且分别刊登在《生活》周刊上，他在其中特别选择了十张照片，在这些照片中，有被日军用斧头砍伤的，有被枪伤的，有烧伤的，有刺刀刺伤的，侵华日军的各种暴行被揭露。
为了能够使得这些胶片得以最大程度地利用并且不至于遗失，费奇让柯达公司将这些影片做了四份拷贝，其中一部送到了英国，一部送到了德国，另外两部由费奇带到了美国，在这里，因为30年代的胶片和现在还是有一些不同的，一米长的胶片拍摄的画面大概可以持续5秒钟，所以才会有马吉写给妻子心中的那句话：要是有更多的胶片就好了。
民国三十六年（1947年）初，南京军事法庭在审判战犯谷寿夫的时候，马吉作为重要证人出庭作证，并当场播放了自己拍摄的影片，同时将自己的所见所闻作以陈述。弗兰克·库伯编导的电影《中国的抗战》，其中有些片段就是用的马吉所拍摄的影片，影片在美国的传播，曾经被用作鼓励美国军民积极参战的宣传片，但是这并不妨碍这部影片的性质，最终它还是实现了揭露甚至阻止日军暴行的初衷。