崇祯十五年（1642年）五月，李自成、罗汝才率领农民军第三次包围开封。李自成吸取前两次强攻开封失败的教训，改变战术，围而不攻，围点打援，双方在开封城下并没有展开大规模的激战。
而在开封外围，丁启睿、杨文岳率领的援军在朱仙镇被击溃。到了七月，刘泽清渡过黄河，在滩头结营，开封守军同时出击，试图打开一条通道。农民军强力反击，刘泽清坚持两天之后退回河北。
此后，官军再没有组织起大规模的解围行动，开封城粮尽援绝，如同人间地狱。到了九月十四日夜里，黄河突然决口，黎明时，洪水冲到开封城下。十六日洪水进城，十七日开封已经变成一片汪洋，只有少数地方露出水面。据估计，包括前期围城时饿死者，总计死难者多达几十万人。
李自成
那么，水淹开封的惨剧原因何在？是谁掘开了黄河大堤？文献中有三种不同的说法：
第一种说法，这是一场天灾
《豫变纪略》就是这种说法，但支持者很少，其实是有一定道理的。进入九月中旬，河南境内一直大雨不断，黄河水位不断上涨，给洪水泛滥提供了巨大的能量。
第二种说法，农民军挖开了黄河大堤
早在六月中旬，农民军把一份告示射入开封城，威胁说：“尔辈已在釜底，可即献城投降，文武照旧录用，不戮一人。如各延抗，不日决黄河之水，尔等尽葬鱼腹。本营恐伤天和，不忍遽坑。慎勿执迷，视为虚示。”
此后，李自成下令挖开黄河大堤，但此时的黄河水量很小，只把开封城外的城壕注满，李自成很生气，杀了当初的献计者。
《明史・庄烈帝本纪》记载：“九月壬午，贼决河灌开封。癸未，城圮，士民溺死者数十万人。”《汴围湿襟录》也说：“贼恨汴甚……至九月十五日，督贼数万将河决开。”
从逻辑上看，李自成没有淹城的必要——他围城的一个重要目的是夺取周王府的财富，一旦放水，他只能得到一片汪洋。而且他已经围城半年，完全掌握了战场上的主动权，官军方面已经没有能力解救开封。
第三种说法，官军挖开了黄河大堤
从动机上看，开封的官军陷入巨大的困境，绝望之中，有拼死一搏、冒险求变的动机。
《汴围湿襟录》中提到，李自成的大营驻扎在阎李寨，位于黄河故道之上。河南人了解这一点，向巡抚高名衡献计，高名衡派使者偷渡黄河，与巡按御史严云京相约，严云京“果使卜从善大营架舟南岸，掘一昼夜。贼觉之，领兵冲散。”
高名衡墓
农民军发现官军的企图，针锋相对，也要水攻，“逆贼恨甚，亦于朱家寨顶冲河口，直对北门挖掘小河一道，引水灌汴。幸未大涨，止引细流至城下，深才三四尺，随溢随落，竟不为害。”
《明史・高名衡传》中的说法差不多，高名衡、黄澍、严云京都同意水淹农民军的计划，开封城中的周王朱恭枵得到消息，招人在周王府周围建筑羊马墙，“坚厚如高岸”。然后官军动手，“我方凿朱家寨口，贼知，移营高阜，艨艟巨筏以待，而驱掠民夫数万反决马家口以灌城。九月癸未望，夜半，二口并决。”
所以，高名衡、黄澍、严云京决定开挖大堤，农民军针锋相对。两处开挖严重破坏了黄河大堤，九月河水暴涨时，无人维护和修复大堤，于是在两个开挖处决口。对此双方都有罪责，但主要责任在官军身上，只因为后来的结果太坏，各方面推卸罪责。