上文说到，因为霍去病、卫青先后去世，太子刘据的地位隐隐有些动摇，汉武帝宠爱幼子刘弗陵和其母钩弋夫人，将钩弋宫宫门改称为尧母门，这一举动给了宵小之辈可乘之机，其中最著名的就是巫蛊之祸的直接推动者——江充。
江充得幸
当初，江充是赵敬肃王的门客，后因得罪了赵敬肃王的太子刘丹，便逃亡出走，到了长安，告发了赵太子刘丹隐私事情（刘丹淫乱，与自己女儿、姐妹通奸），于是刘丹的赵太子之位被废除。
汉武帝在召江充在宫中相见，发现他魁梧高大，穿的衣服轻柔奢靡，汉武帝很惊奇。和他谈论政事，（江充的回答让）汉武帝非常高兴，从此宠信江充，封他为直指绣衣使者，派他去督察贵戚、近臣奢侈僭越体制的事情。
江充检举弹劾从不避讳，汉武帝认为他忠诚正直，他所说的话都中武帝的心意。江充曾跟随汉武帝到甘泉宫，恰巧遇到皇太子的使者所乘马车行驶在皇上使用的驰道上，江充就将其法办。
太子听说后，派人向江充谢罪说：“并不是我爱惜车马，是真的不想让皇上知道这件事，认为我平时没管教部属，希望江先生能宽恕他们。”江充不听，仍然上奏。汉武帝说：“作为臣子，应当如此。”江充更加得到信任，他的威势震动京师。
巫蛊祸起
汉武帝征和元年（前92年），夏季，汉武帝居住在建章宫，看见一个男子带剑进入中龙华门，怀疑他是怪异之人，命令去捕捉他。该男子扔下剑逃走，去捉拿他却没被擒获。汉武帝非常生气，处死掌管开闭城门的门候。冬季十一月，汉武帝征调三辅地区的骑兵对上林苑进行搜查，并将长安城门关闭进行搜索，十一天后才解禁。巫蛊之祸从此开始出现。
丞相公孙贺的夫人卫君孺，是卫皇后的姐姐，因此公孙贺受到皇帝宠信。他的儿子公孙敬声代替父亲为太仆，骄奢不遵法律，擅自动用北军军费一千九百万钱，被发现后进了监狱。当时汉武帝正下令十分急切地追捕阳陵大侠客朱安世，公孙贺自己请求负责追捕朱安世，来为儿子公孙敬声赎罪，汉武帝同意了。后来，朱安世果然被公孙贺逮捕，朱安世笑着说：“丞相你的灾祸将要殃及宗族了！”于是他从狱中上书朝廷，告发“公孙敬声与阳石公主私通；在汉武帝将要去甘泉宫的时候，派巫师在皇上专用的驰道上埋下木偶人，诅咒皇上，口出恶言”。
汉武帝征和二年（前91年），春季，正月，公孙贺也被关进监狱，经查属实，父子都死在狱中，家族全被诛灭。闰四月，诸邑公主、阳石公主和皇后弟弟的儿子长平侯卫伉，都因受巫蛊案的牵连被诛杀。
这时，很多方士、神婆、巫师聚集在京师长安，都以旁门左道迷惑众人，变换手法，无所不为。那些女巫往来于宫中，教宫中美人如何躲避灾祸，在每间屋里都埋上木人进行祭祀；因相互妒忌而怨恨怒骂，更是相互告发对方诅咒皇上，大逆不道。汉武帝发怒，对后宫、大臣进行屠杀，死者达数百人。
汉武帝疑心重重后，有一次，白天睡着了，梦见有数千个木头人手拿木棒想要攻打他，猛然惊醒，觉得身体有些不舒服，迷茫，健忘。江充自认为与太子和卫氏有嫌隙，见汉武帝年纪老了，害怕皇上去世后被太子诛杀，因此便使用奸计，说皇上的病是因为巫蛊的缘由。
于是，汉武帝派江充为使者，去查处巫蛊案件。江充率领胡人巫师到处掘地寻找木偶人，搜捕那些用巫术害人，以及在夜间祈祷、，声称看见鬼的人，又命人事先把木人埋入地下，上面洒上血污，然后对拘捕的人进行审讯，用烧红的铁钳灼烤他们，强迫其认罪。这样使许多人被迫相互诬告，官吏就奏劾这些人大逆不道，自京师长安到三辅地区，牵连到各郡、国，前后被处死刑的有数万人。
太子杀江充
这时，汉武帝年龄大了，怀疑身边的人都用巫蛊诅咒他，究竟有没有，没人敢诉说自己的冤情。江充看出了皇上的心思，便指使胡人巫师檀何对汉武帝说：“宫中有蛊气，如果不除去蛊气，皇上的病始终治不好。”
于是汉武帝便派江充进入宫内，直至宫中的深处，拆毁皇上的宝座，挖掘土地寻找巫蛊。皇上还派按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等人协助江充。江充先从后宫少宠幸的妃嫔房间下手查办，依次到了皇后、太子宫里，地面被纵横翻起，太子、皇后的床都没地方放。
江充声称：“太子宫挖出的木人最多，还发现布帛上有字，都是些大逆不道的话，应当上奏皇上。”
太子害怕，便问少傅石德该怎样办。石德害怕因自己是太子的老师也会被诛杀，便对太子说：“以前公孙贺丞相父子、两公主和卫氏都因巫蛊之罪被杀，现在巫师与使者挖地得到证物，不知道是巫师放置的，还是确实是自己放的，已经没办法自证清白了。可以派人假装成皇上持节使者将江充等人逮捕入狱，然后追究他们的奸谋。况且皇上有病住在甘泉宫，皇后和太子派去请安的都没回报。皇上是否还活着都不知道，而奸臣竟如此猖狂，太子您不会忘记秦朝扶苏太子之事吧？”
太子说道：“我身为人子，怎能擅自诛杀大臣。不如到甘泉宫请罪，能侥幸免罪。”
太子准备前往甘泉宫，而江充胁持太子，情况又紧急，太子想不出别的办法，于是就听从了石德的计策。
征和二年（前91年）秋天七月壬午，太子刘据派门客冒充皇上的使者，将江充等人逮捕。按道侯韩说怀疑使者身份有诈，不肯接受诏令，被太子门客立即杀了。太子亲自监斩江充，骂道：“你这个赵国的奴才，以前你扰乱你们赵国国王父子的关系，还嫌不够，现在又要扰害我们父子！”又将胡人巫师烧死在上林苑中。