1966年中旬，动荡的苗头慢慢浮现，国内一时暗流涌动，危机随时都有可能爆发。而陈云对此一无所知，他当时正在上海疗养，缺席了好几次党中央的工作会议。当年8月，在江青等人的主导下，党内开始对少奇同志进行批判，陈云很快受到波及。
康生在一次会议上公然向陈云发难，他声称陈云在主管国家财经工作期间，悄悄执行资本主义政策，这严重违反了共产主义制度；除此之外，康生还表示陈云不服从党组织和毛主席的指挥，想要“自立门户”，这是脱离集体的恶劣行为，是“个人主义”的典型。
这让陈云一时承受了巨大的心理压力，他随即在10月的党代会上公开做检讨，承认了自己过去在施政上存在错误，并请求同志们原谅。1967年，经由党中央决议，陈云被取消政治局委员的资格，往后不再列席政治局会议，这意味着陈云的处境已经十分微妙了。1968年，康生再度将矛头对准了陈云，称他曾经搞过“修正主义”，陈云为了缓解舆论压力，又被迫做了检讨。
一直到1969年的“九大”上，陈云的问题仍是大会讨论的焦点，不过毛主席此时站了出来，力保陈云，也正因为如此，陈云并没有受到进一步迫害，甚至还被选为中央委员。后来毛主席又想要恢复陈云政治局委员的身份，但因为阻力过大，未能如愿。不过在“九大”闭幕后不久，中苏关系便全面恶化，战争一触即发，党中央为了应对随时可能到来的危局，选择将党中央的领导人都疏散到西北、华东、华南去，其中陈云被安排到江西暂居。
在陈云临走之前，毛主席特地嘱咐汪东兴，要对陈云施加保护，不能再让他受到任何伤害，主席打算将来重新启用陈云，让他继续为国家建设出力。陈云到了江西之后，因为怕惹上什么麻烦，所以一直深居简出，很少参加什么公开活动。
另外一边，韩先楚听闻老首长到了江西，便想要登门拜访，但陈云怕牵连韩先楚，所以便婉拒了他的拜访。韩先楚不是个怕事的人，他随即再次写信给陈云，请求相见，陈云这一次没有再拒绝，两人在陈云的住处见了一面，期间相谈甚欢。韩先楚在临走时告诉陈云，如果遇到什么困难，就及时给自己打电话，自己会想办法予以解决。
从1970年开始，陈云摒弃杂念，开始潜心学习《资本论》等著作，借以充实自己的精神世界，并撰写了很多心得体会。1971年，林彪出事之后，陈云陆续写信给党中央，揭发林彪曾经犯下的诸多过错。1972年，毛主席召回了陈云，安排他到国务院财经部门工作，至此，陈云的处境才慢慢转好。
1973年，国内又掀起了一阵“左倾”风潮，不仅阶级斗争更加严重，而且工农业又重新出现了“浮夸”现象。陈云对此深恶痛绝，他在国务院的工作会议上再三强调，增产的前提是保证质量，否则增产毫无意义，完全是浪费资源。有居心叵测者以此为借口，向毛主席告陈云的状，称他在搞“右倾”。毛主席完全信任陈云，所以没有对他采取任何处罚，反而鼓励他继续按照自己的方式行政、施政。
1975年，陈云因为身体不适，被迫离开一线前往上海疗养，期间他通过收音机和报纸了解到文艺领域正在搞“破旧”运动，很多老艺术家受到迫害，一些流传已久的艺术形式也被突然叫停，陈云为此痛心疾首，他认为再这样下去，中国传统艺术将遭受灭顶之灾。1976年中旬，毛主席病重，国内的局势再度纷乱起来，谷牧同志为了防患于未然，借着探望的名义来到陈云家中，商议未来该怎么办。
陈云表示，必须要坚持斗争，不能对王洪文等人做妥协；其次，要坚持毛主席的思想；最后，要团结老同志，不能“各自为战”。动荡被粉碎之后，陈云又接连提出了好几个建议，他希望党中央能遵从华国锋同志的领导，同时也要加紧培养年轻干部，避免青黄不接的情况出现，除此之外，一定要请邓公复出主持大局。而到了80年代，陈云被选入党中央核心领导层，成为邓公的得力助手，协助邓公办了很多大事。80年代末，他正式退出政坛，1995年，他遗憾离世。