东晋是第二个在建康建都的王朝，历时103年，算是最长的。
建康，今日南京，被称为六朝古都，这六朝是东吴、东晋、南朝：宋、齐、梁、陈六个割据政权，在这里建都的王朝要么命苦，要么命短。
东晋王朝原本来路不正。第一位君主是明帝司马睿。此君身份一直是历史未解之迷。
先说说两汉魏晋时期流行的“谶纬学”，这是属于预言吉凶的玄学，以河图、洛书、阴阳五行及天命神授、天人感应为依据，将自然界的偶发事件神秘化，以隐语的方式揭示未来吉凶，而且主要针对王朝的兴衰、更替及帝王命运。
司马懿时代有一本极为流行的谶书叫《玄石图》，上面记有一个谶语叫“牛继马后”。这句话让司马懿惶恐不安，刚好，手下有个将领叫牛金，能征善战，累有功勋。有一次司马懿见到牛金得胜后耀武扬威的样子，就突然想起了“牛继马后”这个谶语。司马懿怕自己死后，对子孙不利，就设宴用毒酒整死了牛金。子孙自有子孙事，富有心计的司马懿不可能知道百年之后的变故。魏晋时，士家大族讲门当户对，司马懿的孙子司马觐世袭琅琊王后，娶了三国名将夏侯渊的曾孙女夏侯光姬为妃。也许这位夏侯光姬并不受宠，与王府一个叫牛钦的家臣偷情，生下了司马睿。
“八王之乱”促成了西晋的灭亡，公元316年8月，汉赵刘曜攻打长安。晋愍帝司马邺在食断粮绝的情况下，投降汉赵，两年后被汉赵皇帝刘聪杀死。当时，司马睿在江东，得知司马邺的死讯，41岁的司马睿在南渡士家大族的支持下称帝，东晋拉开了百年历史序幕。应证了“牛继马后”的谶语。
东晋是中国历史中一个独特的王朝，皇权、士族、流民武装形成三角对立，相互制约。造成了皇权不振，士族当权，流民出力的门阀政治。这种隐患便源于司马睿的来路不正。从王朝正统来说，就算摇筛子都轮不上司马睿入筛盅。所以，司马睿即位后，声望不够，势单力薄，要站稳脚跟，必须得到南、北方士族大家的支持。于是，重用王导，分享权力，稳定了偏安的局面。形成了“王与马，共天下”的格局。矛盾也自此埋下，南下的北方士族被称为侨族，而江南本地的士族，被称为吴族。这让东晋王朝百年历史一直处于斗争之中，士族与皇族斗、侨族与吴族斗、豪门与寒门斗，流民跟谁都斗，此消彼长，内耗不断，危机四伏。期间又都需要流民武装的支持。（流民是从北方迁徙而来失去土地的农民。）
士家大族崇尚权力时，个个都可能成为野心家，在用人方面，只看立场不问是非，只重态度不看现实。
东晋初年，将军祖逖曾自请率军北伐。因为各大士族间已经预设了立场，祖逖作为打破平衡者，自然成为南北士族的对立面。士族们不仅反对北伐，而且反对祖逖，哪怕意见相同时，也要从动机、态度上想方设法找茬，预以否定。祖逖一腔热血，招募军队，收复失地，各方势力又怕祖逖做大，晋元帝也怕祖逖北伐得胜，功高盖主，对自己的帝位不利，于是听信各种构陷，在各方势权力制衡下，祖逖失去了兵权，北伐无望，活活气死。
爱国者即死，篡国者随即登场。士家大族的权臣王敦发动了政变，攻入建康，架空元帝司马睿，把持朝政，史称“王敦之乱”。内斗的结果是后赵政权，乘机占领被祖逖收复的北方大片土地，形成了南北对峙的局面。称帝仅六年的司马睿忧愤而亡。其子司马绍继位，是为晋明帝，当时，王敦已做好篡位的准备，但突然病故，这才使司马绍的皇位稳住。准备一展抱负的司马绍，在位仅三年就死了。年仅五岁的成帝司马衍即位，依靠士族王导和庾亮辅政。
两年后，流民武装头领苏峻、祖约不堪士族权臣的摆布，以讨伐庾亮为名，叛乱。史称“苏峻、祖约之乱”。苏峻攻入建康，毁灭性的烧杀抢掠以达到控制了朝政的目的，但好景不长，以庾亮为代表的江东士族反扑，苏峻兵败被杀。祖约兵败投奔后赵，被石勒所杀。
公元330年之后，东晋进入了一个相对稳定的阶段。内部环境，连续的叛乱，让权力的实际掌握者开始反省，斗争的方式开始由战争转为权谋，士族之间进入了一个微妙的平衡期。外部环境，后赵政权也因内斗而跨台，北方的纷争，无暇顾及东晋。此后的数十年间，进入了相对和平的阶段。经济得以恢复，社会有所发展。国富后，以庾亮为代表的江东派准备北伐，但其他士族担心权力失衡，竭力阻挠，北伐被扼杀在萌芽中。将军桓温崛起，灭了成汉政权，收复巴蜀，三次北伐，掌握朝政。
东晋的两大支柱家族的代表人物，王导、庾亮先后去世，桓温当权前后，发生了数起东晋皇帝非正常的死亡事件。
成帝司马衍到了可以亲政的年龄，但仅22岁就死了，其弟康帝司马岳登基，也仅三年就死了，时年也是22岁，年仅两岁的司马聃成了傀儡皇帝。
从公元361年至372年，先是才18岁的穆帝司马聃驾崩。此后堂兄哀帝司马丕即位，只干了3年，沉迷炼丹，把自己毒死了。之后，弟弟司马奕继位，此时，桓温做大，几年后因为司马奕喜欢男宠，被废了，是为晋废帝。桓温又立司马昱即位，他是开国皇帝司马睿的幼子，一生经历了七个皇帝，时年52岁，但做皇帝8个月，受不了桓温的压制，气死了，是为简文帝。司马昱的儿子司马曜继位，正在桓温做好篡位的所有准备时，桓温自己却突然病死了。
在东晋11位皇帝中，晋武帝司马曜是唯一拥有过权力的皇帝。也是在位最长的皇帝，11岁登基、15岁亲政，在位期间与前秦的苻坚一战决胜负，成功的打赢了淝水之战。也成功的摆平了士族权势。在他之前的汉武帝，在他之后的梁武帝都长寿，也许这位晋武帝本该长寿，但是在他35岁那年，喝多了，跟自己的宠妃张贵人开玩笑说要废了她。结果当天晚上被张贵人废了，安于享乐、沉迷酒色的晋武帝被闷死在被窝里。成为中国历史上唯一个被妃子杀死的窝囊皇帝。
公元396年，司马曜被捂死后，其长子司马德宗即位，娶了王羲之的孙女当皇后。这位新皇帝却是半个傻子，四季不分，堪比西晋时代的惠帝司马衷，结果，外朝许多将军不受君命，大权再次旁落。于是，爆发了长大十二年之久的“五斗米”教徒的叛乱。史称“孙恩卢循之乱”。
“五斗米”道是道教早期的雏形，也称为天师道。但宗教一旦被别有用心的政治势力所控制，则成为工具。重点说一下，孙恩利用“五斗米”企图夺权的故事。
“道”原本是中原清净无为的哲学思想，提倡道生德育、自然无为、柔弱不争、长生久视。东汉末年，因入道者须出五斗米，所以被称为“五斗米”道。孙恩本是大族之后，家族几代均信奉五斗米道，到了孙恩这辈，家世败落，成为东晋的“寒门”，孙恩的叔父孙泰是教主，教徒众多，公元398年，感觉东晋国运不济，朝政混乱，就打算作乱，被人告发后被杀。孙恩出逃舟山群岛。信徒们认为孙泰蝉蜕登仙，就到海岛支持孙恩。于是，孙恩聚集众人，准备为叔父报仇。因为伦为寒门，不得做官，孙恩自幼仇视士家大族。受家族影响，他自小就学会“符水治病”“捉妖去邪”这类迷惑人的“法术”，他本人并没有什么才干，但装神弄鬼极有一套，于是，对“五斗米”进行了改造，正教成为了“邪教”。
孙恩起事后，所带领的人马被重新洗脑后成为流寇。每到一地，杀戮官员、劫掠财物、焚毁屋库、砍伐树木、填埋水井。当时士家大族王、谢子弟很多被杀。这期间，多郡饥荒，腐朽的士族子弟，披着精美的罗衣，抱着至爱的金玉，关着大门整家整家地饿死，连挖草根充饥的本能也丧失了。
下面的故事，足以说明孙恩真实的目的。
起事初，孙恩听说有八个郡的信徒起来响应，喜形于色，对手下说：要不了多久，你们就能到建康穿朝服了。之后，数次出岛与北府军作战，屡战屡败。便又说：咱割据浙东，也能做个勾践嘛。后来刘裕率军渡江围剿，就又说：咱逃走，也不算丢人嘛！
公元402年，乘孙恩的“邪教”作乱，桓温的儿子桓玄，废除了安帝司马德宗，自立为帝，史称“桓楚”。乘内乱，孙恩再次出岛攻击州郡，被击败，穷途末路的孙恩心灰意冷，将投海自尽说是成仙之道，数百名妻妾、信众随着投海。孙恩成了“水仙”。孙恩的妹夫卢循继续在海上为寇，直到公元411年被刘裕彻底剿灭。
孙恩因以海岛为基地，后世称其为“海盗之祖”。
如果没有孙恩“邪教”做乱，也就没有刘裕的征战，东晋还可能苟延数年，刘裕以平定孙恩做乱起家。
公元404年，由北方流民武装形成的北府军在刘裕的率领下，灭了“桓楚”，重扶司马德宗上位。
此后的十余年中，刘裕灭海盗、征巴蜀、平江南、伐中原，掌握了朝政大权。
公元418年，刘裕暗杀司马德宗，立司马德文为帝。
公元420年，刘裕逼恭帝司马德文禅位自立，国号“宋”，定都建康，历四世十一帝的东晋王朝灭亡。中国历史由大割据的东晋十六国时代进入南北朝大融合时代。