哈萨克汗让基尔死后，其子头克继承汗位（1680—1718年）。头克对外力图保持与布哈拉等汗国的和睦友好关系，对内则采取一系列加强统治和扩大汗权的措施。著名的《头克法》（热蒂·扎尔加）即他在位时制定的封建法规。头克统治时期，哈萨克各部帐之间的政治联系得到加强，这有利于抵御外族的侵袭。但头克汗晚年，随着政治上的逐步解体，各部帐之间的联系开始松弛。十八世纪初期的哈萨克族已是按地域分为大、中、小三帐。巴尔喀什湖西北的一部称作中帐或中玉兹，清代史籍中称为左部，自称鄂尔图玉兹；巴尔喀什湖西南游牧的一部称为大帐或大玉兹，清代史籍中称作右部，自称乌卢玉；在大帐西北游牧的一部称作小帐或小玉兹，清代史籍中称为西部，自称奇齐克玉兹。当时，在中帐和小帐之间还有着松弛的政治联系，而大帐则“过着独立的生活”。这种状况自然不利于抵御准噶尔部的攻击。
噶尔丹任准噶尔部首领时，曾擒获头克汗之子，“以畀达赖喇嘛”。策妄阿拉布坦继位后，因交还头克汗之子事与头克汗交恶。以后，双方矛盾不断加剧，袭掠之事常有发生。雍正元年（1732年）春，正当哈萨克草原大雪成灾，牲畜瘦乏之时，配备着枪炮的准噶尔大军突然袭击哈萨克草原，开始了哈萨克族历史上称为“磨破脚掌逃亡时代”。在这次侵袭中，哈萨克族损失惨重。大帐被完全击溃，与中帐的部分部落服属于准噶尔部。小帐则在阿布尔海伊尔汗的率领下西逃至乌拉尔河、伊施姆河一带（今哈萨克斯坦北境切利诺格勒以西北）游牧。准噶尔大军推进到塔拉斯河以西，占据了哈萨克汗帐驻地土耳克斯坦（今哈萨克斯坦突厥斯坦城，或译土耳其斯坦城）和中亚贸易中心塔什干，并在塔什干城内设立常驻税官，征收贡赋。清军进入天山北路后，将军班第的奏报中曾谈到，塔什干城内，“向日驻扎回人阿奇木伯克一员，卫拉特哈尔罕一员，……查此系策妄阿拉布坦时相沿旧制”。雍正五年（1727年）噶尔丹策零继父位后，继续对哈萨克族进行军事征服，他的打击目标主要是中帐。乾隆五年（1740年）噶尔丹策零远征中帐，准噶尔大军推进到乌拉尔河，中帐遭到沉重打击后，部落首领纷纷归属于准噶尔部，“中玉兹和大玉兹一样陷入准噶尔的附庸地位”。阿布赉在掩护撤退的部落时力竭被俘，噶尔丹策零将他关押在伊犁囚牢中一年之久。后来他侍机脱逃，重返哈萨克草原。阿布勒·麻哈麦特死去后，阿布赉继任为中帐汗，并得到大帐和小帐各部的尊重和拥护，成为哈萨克族中最有影响的人物。
战争影响:(1)导致哈萨克汗国国力虚弱，人口锐减，汗国走向衰落.1847年哈萨克汗国末代可汗克涅赛热汗在反抗沙俄的战争中被吉尔吉斯人出卖而壮烈牺牲，同年哈萨克汗国被沙俄所灭.结束了长达391年的汗国历史（1456年~1847年）.哈萨克汗国的灭亡使沙俄侵占哈萨克全境和整个中亚地区，哈萨克人民开始走向长达144年的被殖民历史.1991年哈萨克斯坦从苏联共同体脱离，独立成为蒙古国以后的最大草原民族后裔的国家。（2）准噶尔汗国最终灭亡并退出了历史舞台，历史上的原汗国疆域如今是哈萨克斯坦，中国，俄罗斯，蒙古等四个国家的国土.卫拉特人不仅失去了国家，继而失去本民族特性，少数被哈萨克族同化，多数融入到蒙古族内.（准噶尔汗国的卫拉特人起源于早期突厥部落，后臣服于成吉思汗的大蒙古帝国.蒙古帝国瓦解后卫拉特人长期徘徊在哈萨克，吉尔吉斯等游牧民族部落和蒙古游牧民族部落之间，具有哈萨克和蒙古两大草原民族的共同特性，血缘上更接近多数突厥后裔的哈萨克部落.另有托尔扈特部落也是从突厥语系的部分克列部落演化出来的.而在宗教，风俗上接近于蒙古部落.卫拉特联盟语言是具有突厥语族和蒙古语族的双中混合语言.这种语言至今被阿勒泰山区的图瓦人和部分欧浪海人所使用.）如今的卫拉特联盟后裔主要以托尔扈特部落和杜尔布特部落为主，曾经大名鼎鼎的准噶尔人后裔所剩无几.
哈萨克汗国是由成吉思汗长子术赤后裔和西征大军部落后裔所建立，可以说是成吉思汗大蒙古帝国的最后汗国.成吉思汗统一整个蒙古，哈萨克草原上的突厥语系和蒙古语系部落建立了大蒙古帝国.而这些无论是血缘，族源和风俗习惯上亲如兄弟的草原部落民族之间最终因内江和相互敌对战争而走向衰落，曾经震惊世界的“草原游牧民族铁骑”不复存在，取而代之的是更为先进的“沙俄大炮”，而这不仅是沙俄武器上得先进，更重要的是沙俄对“欧亚草原民族”的分化政策的成功！