日本是位于东亚的岛屿国家，从东北到西南依次分布着北海道、本州、四国、九州4个大岛以及6800多个小岛。日本的历史大约可以追溯到10万年前，但日本的文明出现得很晚。
公元前3世纪，也就是中国的秦汉时期，来自中国和朝鲜的移民带去了先进的文明，农耕、土木建筑、烧陶、铸铜、铸铁和纺织等技术在日本西南部的九州地区、四国地区以及中部的本州地区传播开来。日本的文明出现了一次飞跃，进入了弥生时代。在弥生时代之前，日本社会还处于原始氏族公社阶段，没有国家的概念。进入弥生时代之后，在外来文明的影响下，国家和阶级的概念开始萌芽，日本开始大量出现部落国家。在公元1世纪中叶，这样的国家仅仅在北九州地区就有上百个，后来比较有名的就是在很多电脑游戏中看到的邪马台国和卑弥呼女王。
《三国群英传》中的卑弥呼
公元3世纪中叶，本州中部地区的一个部落国家兴起。经过长期的征战与扩张，到公元5世纪初的时候，这个国家已经征服了日本中部的大部分地方，建立起日本历史上第一个统一的国家政权，这就是大和国。日本人自称大和民族，就是来源于此。大和国是一个奴隶制国家，其首领称为大王（后来改称天皇），国家的权力由大王和豪族们共同行使。
或许是从弥生时代的文明输入中尝到了甜头，日本在学习先进文明方面一直都很积极。公元6世纪前后，日本先后派出了遣隋使和遣唐使，从中国的大陆王朝那里学习政治和文化，尤其是在公元663年8月27日至28日进行的白江口之战中被中国大唐王朝好好教育做人之后，更加大力地向中国唐朝学习，当然这都是后话了。
公元645年，一场轰轰烈烈的社会政治变革运动在日本展开，这一年是大化元年，史称大化革新。这场革新的核心内容就是废除之前大贵族垄断政权的体制，学习中国唐朝的政治经济体制，成立中央集权的国家。这次变革之后，日本开始从奴隶时代向封建时代过渡，大和改称日本，寓意“日出之处的国家”。
日本遣唐使的行程路线
五百多年的时光悠悠逝去，在相继经过了飞鸟时代、奈良时代和平安时代的大发展后，随着土地私有化和土地兼并的愈演愈烈，随着中央贵族统治集团的腐朽堕落和地方地主武士阶层的兴起壮大，日本的统治权从王权转移到了武家政权手中。1192年，镰仓幕府的成立，正式将日本带入了封建时代，也同时开启了日本六百多年的幕府历史。幕府的领导人通常都会要求天皇授予自己征夷大将军的封号，相当于现在的远征军总司令，掌握着当时日本实际的统治权，并且在家族内实现权力的传承。
镰仓幕府因其统治中心位于镰仓而得名。镰仓是日本的一座临海城市，如今属于神奈川县，就是《灌篮高手》中湘北高中篮球队参加县大赛的那个神奈川县。如今的镰仓有两个著名的景点，一个是有着近八百年历史仍保持当初形态的镰仓大佛塑像，另一个就是镰仓高校前站的铁路道口，这也是《灌篮高手》片头中樱木花道与赤木晴子相遇场景的取景地。
镰仓高校前站铁路道口
镰仓幕府的开创者叫源赖潮。在以前，日本人都是只有名而没有姓的，公元815年，日本朝廷编写了整个日本统治阶层的姓氏，其中有一支远亲的皇族被赐予了“源”这个姓氏，然后降为臣籍，寓意源于皇族，这就是源氏的由来。镰仓幕府虽然是由源氏建立的，但仅仅在二十多年后，实际的权利就被家臣北条氏控制了，堪称幕府中的幕府。公元1333年，日本各地都爆发了反对镰仓幕府的倒幕运动，幕府派去平乱的大将足利尊氏反戈一击，攻下了镰仓，镰仓幕府最后一代执权北条高时自杀，镰仓幕府灭亡，市町幕府建立。
市町幕府的统治中心位于京都，其开创者正是灭亡了镰仓幕府的足利尊氏。但整个市町时代最成功的将军当属足利尊氏的孙子足利义满，正是在他手上终结了日本五十多年南北朝对立的局面，实现了日本的统一。他在中国的名气也是足利氏家族中最大的，不过他的有名倒不是因为他的功绩，而是因为他就是20世纪80年代风靡中国的日本动画片《聪明的一休》中那位特别喜欢刁难一休和尚的足利将军。但在真实的历史上，一休当和尚时，足利义满已经让位给自己的儿子然后出家了，真正刁难一休的是他的儿子足利义持。
《聪明的一休》中的足利将军
中央的王权被拥有私人封地和武装的幕府将军攫取了，地方上有实力的豪族也就有样学样，于是本来由幕府派往全国各地的守护大名，其实际权力慢慢落入了各地豪族的手中，演变成了后来的战国大名。从1467年开始，随着室町幕府对日本全国的控制力大大下降，日本进入了诸侯纷争的战国时代，而日本以下克上的独特文化现象也正是从此时开始生根发芽，并在20世纪达到顶峰。在这个时代里，诸侯之间以及诸侯与室町幕府之间相互攻伐，战火连绵不息。
1573年7月，来自尾张国并且已经控制了京畿地区的大名织田信长逮捕并流放了室町幕府的末代将军足利义昭，然后挟天子以令诸侯，室町时代结束，这也是日本步入近代的起点。随后，织田信长开始了兼并其它诸侯国的征战，寻求日本政权的统一，其中最大的对手就是来自甲斐国的武田信玄和来自越后国的上杉谦信。不过这两人都有着相同的命运，都是在打得织田信长十分被动的时候自己突然病逝，然后织田信长就此渡过难关。
不过日本的战国时代虽然战争次数很频繁，看起来也打得很热闹，但战争的实际规模倒普遍都不大，通常都是数千到上万人的规模，几万人就算是很大规模的合战了，跟中国一千多年前动辄几十万人对战的战国时代比，完全不是一个档次的，而且在战术和谋略上也并无多少可称道之处。现代日本电影《天与地》和《影武者》都反映过日本战国时期的战争场面，看起来气势恢宏、场面宏大、人数众多，其实真实的历史上根本不是那回儿事。
《影武者》剧照
之所以会这样，根本原因在于日本的自然条件决定了日本本土无法开展大规模农业生产，粮食产量有限，无法供给一支大规模的军队，所以日本战国时代的战斗规模都很有限，这也就进一步限制了战术和谋略的运用。20世纪90年代曾经有一款风靡大众的电脑游戏系列叫《信长之野望》就是以这段历史为题材开发的。到1582年，织田信长已经征服了本州中部地区的很多诸侯国，但也就在这一年，他在本能寺死于部下明智光秀发起的叛乱。
1584年，在织田信长去世2年后，他生前的得力部下羽柴秀吉夺得了他政治遗产的继承权，后来羽柴秀吉被天皇赐姓，改叫丰臣秀吉。1590年，丰臣秀吉完成了织田信长未完成的愿望，最终实现了本州、四国和九州的政权统一，战国时代结束。但这种统一只是形式上的统一，在日本国内依然有一些臣服于他但却并不能为他所征服的大名存在。第二年，他将关白职位让与养子，自称太阁，这就导致了另一个电脑游戏系列《太阁立志传》的产生。
为解决国内土地不够满足分封需要的问题，更为了满足侵略扩张的野心，丰臣秀吉于1592年和1597年两次联合其它大名出兵朝鲜，妄图实现征服朝鲜，进而征服大明，吞并中国的野心。在久经沙场的日本战国武士面前，党争不断、文恬武嬉的朝鲜军民被打得毫无还手之力，两个多月的时间内几乎全境亡国，但大明果断出手，继大唐之后再次教育日本做人。1598年7月，丰臣秀吉病逝，日军撤回国内。由于在朝鲜战争中，丰臣氏和其它西南大名消耗了极大的人力、物力和财力但却未能从战争中得到补偿和获利，留守日本本土的关东大名德川家康猛然一下拥有了实力上的巨大优势。
大明王朝抗倭援朝之战
德川家康是条变色龙，“识时务者为俊杰”这句话，用在他身上是再适合不过了。他少年时代就与织田信长交好，但后来从属于今川义元与织田信长为敌，在今川义元被织田信长击杀后又与织田信长议和成为盟友。在本能寺之变后，他一度与丰臣秀吉对峙，后来又迫于形势向其臣服，接受丰臣秀吉的分封，离开自己长期的根据地三河国而前往关东。德川家康是一个善于判断局势和做出正确抉择的人。
丰臣秀吉病逝后，以隐忍著称的德川家康开始谋求天下。最终，在1600年10月21日的关原合战中，德川家康赢得了胜利，击溃了反对自己的力量。1603年，德川家康在江户（也就是现在的东京）开设幕府，开启了日本历史上最后一个幕府时代——江户时代。德川家康熬死了同时代的织田信长和丰臣秀吉，最终统一天下，堪比中国三国时期的司马懿。
江户时代，日本实行的是幕藩体制。幕府将军是全国最大的封建领主，直接管理全国四分之一的土地和重要城市，其它地区分成大大小小两百多个藩，藩的首领大名享有世袭统治权，但必须听命于将军。
中国曾经有个延续了很长时间的划分社会阶层的词汇——士农工商，在江户时代，日本也是这样划分社会阶层的，只不过日本的“士”不是文人士大夫，而是武士（将军与大名可以视为高级武士阶层）。武士作为将军与大名豢养的家臣，效忠于自己的主人，构成了幕府统治的基础，也在普通国民构成的社会阶层中居于榜首。而在商人之下还有被叫做“秽多”或“非人”的贱民阶层，听这名字就知道是有多瞧不起人了。这种社会阶层的划分，上下尊卑，等级森严。
日本的士农工商
就在日本进入江户时代的同时，欧洲已经进入了大航海时代，来自欧洲的商船不但带来了贸易，也带来了宗教。为了防止西方思想的传入，保障国内政治的稳定和垄断对外贸易，1633年起，江户幕府先后5次发布锁国令，实施闭关锁国政策。1639年，闭关锁国的政策终于完成了贯彻执行，只留下了长崎这个易于管制的幕府将军直属领地作为一个小小的对外世界的窗口，而且只允许中国人、朝鲜人和荷兰人在这里进行贸易往来。
闭关锁国虽然能够创造一个相对稳定的内部环境，但终究不是长久之策。19世纪中叶，已经到了幕府统治的末期，如同很多封建王朝一样，江户幕府也遇到了很多难以解决的问题。封建领主对农民的剥削日盛一日，社会矛盾尖锐，农民的反抗和暴动此起彼伏；士农工商这样严格的社会阶层制度，虽然在初期有利于社会稳定，但到后期极易激化社会矛盾；闭关锁国的政策，造成了整个国家的落后，尤其对于西南地区那些传统上就依赖对外贸易的藩，要求改革的呼声就更大，其中尤以长洲藩和萨摩藩最积极，这两个藩也是后来构成日本近代军国主义的大本营，正所谓长州的陆军，萨摩的海军。
此外，和邻国中国当时的情况一样，此时的日本已经不是通过封建王朝的改朝换代就能解决社会根本问题的时候了。资本主义经济的出现对封建小农自然经济形成了极大的冲击和挑战，新的生产方式从经济基础上动摇了封建统治。更重要的是，由于统治阶级不可避免的腐朽堕落，侵占了大量的社会资源供自己享乐，中下层武士阶层地位恶化，权利不再有保障，也逐渐滋生出反抗幕府统治的思想。整个日本的变革已呈山雨欲来风满楼之势。
历史的发展总有其必然的趋势，但在发展的过程中，总会有一些关键性的事件来起到推动的作用。1853年7月8日，江户湾浦贺海面上出现了4艘很多日本老百姓从未见过的船。其中2艘大船上面竖立着巨大的风帆，而另外2艘则更奇怪了，它们船身的两侧有着巨大的轮子，轮子缓缓地在水里转动着，船身上还竖立着奇怪的柱子，柱子里还不断冒出浓密的烟雾。所有这4艘船全身都涂成了黑色，船身两侧开着一些洞口，隐约可见里面似乎是一门一门的大炮。日本老百姓们带着一丝恐惧的心理，好奇地看着这些船，船上唯一不是黑色的就是那高悬在桅杆顶端的旗帜，上面满是星星和条纹。
黑船来航事件
这是一支来自美国的舰队，由2艘蒸汽动力明轮巡洋舰和2艘风帆动力护卫舰组成。92年后，这天悬挂在旗舰上的美国国旗将被哈尔西将军特地从收藏它的美国海军学院博物馆借出来，高挂在“密苏里”号战列舰的舰首，再次驶入东京湾，接受日本在第二次世界大战中的投降。率领这支舰队的是美国东印度舰队司令，海军准将马休·佩里，他们此行肩负着一个特殊的使命，那就是要让日本打开国门同美国做生意。
西方列强在完成了第一次工业革命和资产阶级革命后，逐步向自由资本主义发展。在资本主义生产规律的作用下，西方列强为了建立世界资本主义市场，夺取商品市场和原料产地，纷纷将殖民扩张的触角伸向世界，并进行激烈的角逐。而此时的日本仍然闭关锁国，拒绝和西方各国有贸易往来。在1846年和1849年，美国曾经两次向日本提出通商要求，都未能如愿，现在美国人准备用武力来打开日本封闭的大门。
佩里携带着美国总统米勒德·菲尔莫尔的亲笔国书，同时得到了禁止开炮的指示，因为此时美国需要的不是对日本的军事占领，而是要通过这个开放的市场得到商业的利益。由于此时，英法俄等老牌西方列强已经在中国占有了大量属于自己的利益并把主要精力用于巩固和维护这些利益，顾不上巨大中国身旁的小小日本，作为后起之秀而在中国尚无法与老牌列强们抗衡的美国，对日本的关注就要比其它西方列强更浓一些。
日本虽然国土面积狭小，资源贫乏，当时的生产力也相对落后，经贸往来的价值不大，但是在蒸汽时代，作为横跨太平洋前往中国的中间站，它对于美国扩大在华利益就具有重要的作用。实际上，直到今天，很多中美之间的航班也仍然会在日本进行转机或停留。此外，日本众多的岛屿对于美国控制西太平洋也有着举足轻重的意义。
虽然有禁止开炮的指令，但那只是为了避免挑起不必要的战争。对于不知道大炮厉害的日本人，如果有炮不用是无助于解决问题的，必要的恫吓还是要有的。7月14日，在交涉数日无果后，佩里下令各舰鸣炮示威。六十多门大炮发出震耳欲聋的怒吼，炮声在浦贺海面久久回荡，日本军民被吓破了胆。整个江户湾的日本海防炮，在射程与火力方面能与美军大炮相接近的大约只有20门。
佩里率300名水兵在久里滨登陆，向日本方面递交国书。在不开国就开火的威胁下，江户幕府不敢拒绝开国的要求，但又怕接受佩里带来的国书后，会受到全国的抨击，于是当时幕府的高官阿部正弘藉口要得到天皇的批准方可接受条约，并告诉佩里下一年春天给予答复。1854年2月13日，美国人果然如约再次而来。这次佩里带来了7艘军舰，除了上次来的4艘，还带来了另外2艘风帆动力护卫舰，以及1艘最新式和更强大的蒸汽动力巡洋舰。这一次，美军舰队一直深入江户湾，直到横滨附近才停船。
佩里率兵登陆
3月8日，佩里率500名水兵及海军陆战队士兵在横滨登陆，佩里要求就在横滨谈判，这样一来，谈判地点就位于美军战舰大炮射程之内。面对美军更加强硬的威胁，江户幕府只好接受了打开国门的要求。1854年3月31日，江户幕府与美国在横滨签订了《日美亲善条约》又称《神奈川条约》（横滨市属于神奈川县），条约规定日本开放下田和函馆两个港口并给予美国片面的最惠国待遇。这就是日本历史上有名的“黑船来航”事件，但佩里在日本的名声反倒不错。
在日本神奈川县横须贺市的久里滨，有一座佩里公园。在当年佩里率兵登陆上岸的地点，竖立着一座佩里登陆纪念碑，上面有前任日本首相伊藤博文的亲笔手书：“北米合众国水师提督伯理上陆纪念碑”。在佩里公园里，每年都有由民间组织的开国纪念活动，人称“黑船祭”。在纪念表演活动中，当年的“入侵者”以英雄的姿态出现。尽管当年佩里仗著船坚炮利迫使日本签订第一份不平等条约，但后世的日本人并不视之为仇敌。相反，日本人有感佩里促使日本开放改革，走上富国强兵之路，视之为日本的恩人。不得不说，日本人的脑回路果真和我们不一样，清奇得很，这是一个你越蹂躏它，它越崇拜你的民族。
佩里登陆纪念碑
在整个事件及缔约过程中，为了减低各藩的反对声音，江户幕府于是想以天皇的名义缔约，从而一改两百多年间从来不准天皇参与政治的先例，并且破例邀请各大名、藩士、学者、甚至平民，针对开国之事提出意见。结果开启了思想与言论自由的潮流，于是天皇及其朝臣、大名及其家臣纷纷举起了救国的旗帜，趁机跃上政治舞台。
此后，西方国家纷纷效仿，英国、俄国和荷兰先后同日本签订了以自由贸易为主的亲善条约。如果说此前签订的亲善条约还只是为了让日本打开国门实现自由贸易，除了片面最惠国待遇有点损害日本的经济利益，不平等的意味还不那么浓烈，那么1858年7月29日，在美国武力威胁下，江户幕府签订的《日美修好通商条约》就不那么友好了。根据此条约，日本不但要开放更多商埠，还要允许美国人在通商地点居住、修筑房屋和自由贸易并拥有领事裁判权，实行协议关税，这就是完全不平等的条约了。随后，荷兰、俄国、英国、法国也与日本签订了类似的条约，日本闭关锁国的政策就此瓦解。
日本与各国签订的通商条约，从法治和经济两个方面损害了日本的主权。领事裁判权使得列强公民在日本享有治外法权，日本的法律不能保护本国及本国公民的权益；协议关税相当于列强控制了日本的海关，加上片面最惠国待遇的条款，日本失去了保卫自身经济的手段，资本主义国家则借此向日本进行工业品倾销和货币投机。更关键的是，这些条约没有规定有效期限，而且如果要修改条约，还必须经双方同意，这就给日本套上了一个自己不能单方面解开的枷锁。
日本经济受到沉重打击，黄金外流，物价暴涨，而幕府和各藩为了渡过眼前的经济危机，又不得不通过出卖日本的主权和长远利益来向西方列强借贷，日本同自己的邻国中国一样，陷入了半殖民地半封建社会的状态，民族存亡遭遇严重危机。
在内忧外患的双重压力下，日本的一些有识之士开始意识到只有推翻幕府的统治，向西方先进国家学习，才能挽救日本面临的危局。在这些有识之士的推动下，由农民、小市民、中下层武士、力主发展实业的资本家和主张改革的新兴地主（类似资本主义农场主）组成的倒幕阵营发展壮大了起来，并最终完成了近代日本的改革大业。而这个阵营的建立也不是朝夕之功，它也是有个过程的。
在最初的时候，日本国内针对政治体制和对外政策的发展方向其实是分成了“佐幕开国”和“尊王攘夷”两个派别的。“佐幕开国”就是仍然由幕府来统治全国，但是打开国门同西方列强进行交流；而“尊王攘夷”则是要求幕府将统治权交还给天皇，实行王政复古并且同时排外的政策。毫无疑问，“尊王攘夷”的思路其实是在开历史的倒车，毫无进步性可言，而“佐幕开国”虽然表面上看起来是实行对外开放，迎合历史发展潮流，但其根本思想是为了借助西方列强的力量维护封建幕府本身腐朽没落的统治，在根本上也是阻碍社会发展前进的。但在社会变革的激烈碰撞中，这两个派别的思想也在巧妙地融合。
尊王攘夷派的中心是位于西南地区，离幕府统治中心地区较远，一直私下同外界仍有经贸往来，经济较为发达的萨摩、长州、土佐、肥前四藩。按照江户幕府的幕藩制度，离江户越近的藩通常分封给同幕府关系越亲近的大名，越远的藩则分封给关系越疏远的大名，所以这几个藩本来同幕府的关系就最差。这四藩不仅同外界接触较多，思想较为进步，同时也因为自身经济发达的原因，希望能通过变革得到更多的政治权益。
倒幕四强藩
他们逐渐认识到日本整个国家的落后和民族的危机其最大根源就来自于江户幕府，于是提出了“尊王攘夷”的口号，主张废除幕府，还政于天皇，其实质是要推翻幕府统治。由这四个藩的思想家、新兴地主、资本家和青年武士阶层组成了倒幕的核心力量，尤其是长州藩和萨摩藩更是在后来分别掌控了近代日本的陆军和海军。倒幕力量后来也成了积极推行军国主义扩张的核心力量，这也是本身资源有限、市场有限的日本在实现社会变革跳跃发展，资产阶级革命不彻底后的必然发展结果。
就在《日美修好通商条约》签订后不久，由于不满幕府方面在外国压力下，不经天皇敕许就签订条约，一些藩主和志士通过与幕府有矛盾的公卿策动天皇下诏，拒不批准签约，宣扬尊王攘夷。1858年10月至1859年，幕府在京都、江户等地大肆逮捕和杀害尊王攘夷派志士，其中就包括了吉田松阴。
吉田松阴这个人不得了，他是江户时代末期的政治家、思想家、教育家、改革家，也是明治维新的精神领袖和理论奠基者，他的学生中就有高杉晋作、久坂玄瑞、木户孝允、伊藤博文、山县有朋这些后来倒幕维新的领导人和近代日本军政界的重量级人物。1860年3月24日，水户、萨摩两藩的18名浪士（为避免连累本藩而事先脱离藩的武士）为被害者复仇，在江户城樱田门外刺杀了当时掌权的幕府高官井伊直弼。幕府此时本来经济上就已经捉襟见肘，加上条约的签订和高官的被刺，其威信更是一落千丈。
吉田松阴
1862年底至1863年初，尊王攘夷派策动天皇下诏，令幕府定期宣布攘夷，也就是要废除条约、关闭港口和驱逐外国人。1863年1月31日，高杉晋作等人火烧英国公使馆。6月6日，幕府被迫答应孝明天皇，定于6月25日开始实行攘夷。6月24日幕府通告各国公使将关闭港口。1863年6月25日及7月8日、11日，长州藩炮台先后炮击通过下关海峡的美国、法国、荷兰船只。7月16日、20日美国和法国的军舰先后攻打下关，进行报复。
8月15日至17日，为解决在前一年9月14日发生的生麦事件（数名英国商人在横滨郊外生麦村遭到日本武士袭击），英国军舰7艘进攻萨摩藩。萨英战争以英军小胜，萨摩藩屈服而告终。经过这次战争之后，萨摩藩率先领悟到攘夷其实是不现实的，转而主张开国。英国也因萨摩藩的强硬反击而重新评价其实力，转而发展同萨摩藩的合作关系。值得一提的是，在这场战争中开炮击中英舰的炮手大山岩，后来成为日军中最早的元帅。而为大山岩搬运炮弹的助手中，有日本海军之父山本权兵卫，还有日本海军军神东乡平八郎。
萨英战争
1863年9月30日，幕府势力操纵公武合体派在京都发动政变，赶走倒幕人士，迫害尊王攘夷派。1864年8月19日，久坂玄瑞等人率领长州藩的军队进入京都，与幕府操纵的京都守护军激战，久坂玄瑞等战败自杀。
8月24日，幕府策动天皇下诏，以追究禁门之变为由发动第一次征讨长州藩的战争。英、美、法、荷四国联合舰队也于9月5日再次进攻下关，长州藩在内外夹攻下失败，对幕府屈服，保守势力重新掌握藩政，高杉晋作等被迫逃亡。斗争的失利使尊王攘夷派重新考虑战略，不再盲目排外，转而向西方先进国家学习，以推动倒幕和本国进步。1865年春，高杉晋作再度举兵，主张开港讨幕，不再提攘夷。至此，尊王攘夷运动向武装倒幕转化，并成为日后明治维新的动力。
1866年萨摩和长州两藩的倒幕派武士结成同盟，与此同时，英国也权衡利害，改变策略，援助倒幕派。而幕府方面则投靠法国，于1866年7月发动第二次征讨长州藩的战争。此时人民起义风起云涌，沉重打击幕府。长州藩联合倒幕势力英勇抗击，同年9月迫使幕府撤军。幕府权威一落千丈。
第二次征讨长州藩的战争之后，幕府已失去统治日本的能力。因此，大部份的维新派人士都觉得日本的政治架构应重新建造，否则日本便成为一个各藩割据的分裂国家。而土佐藩的维新志士坂本龙马极力提倡“大政奉还论”，大政奉还的主要内容是“要求幕府把政权交还给朝廷”，“设立上下两个议会”，“订立宪法”等。土佐藩的前藩主山内丰信认为新立法机关的首长应仍然由将军担任，于是他便写了一封《大政奉还论建白书》呈给幕府。当德川庆喜收到这封《大政奉还论建白书》后，便一口答应大政奉还的要求，因为幕府可以借由大政奉还在平息社会各界对幕府的不满与怒火的情况下重新掌握统治日本的权力。
1867年1月30日，主张公武合体，反对倒幕的孝明天皇去世，年幼的太子，与幕府将军矛盾深重的睦仁亲王继位，这就是明治天皇。11月9日，迫于当前的形势对自己不利，原本对付长州藩就已经很吃力，此外还有其它强藩虎视眈眈，在这种情况下，基于土佐藩的建议，江户幕府第15代将军也是末代将军德川庆喜上奏明治天皇，提出大政奉还，将260年来由德川幕府掌握的政权返还朝廷。其目的被认为是使讨幕失去名分，而德川家将作为政治中枢继续掌握实权。11月10日，明治天皇答应收回德川庆喜交出的政权。德川庆喜假称还政于天皇，却在大阪集结精兵，图谋反叛。
大政奉还
大政奉还后，朝廷下令各藩主马上前来京都共商国策，可是只有几个藩主上京，其他绝大多数的藩主都按兵不动，因为他们不太清楚大政奉还是怎么一回事，怕得罪了幕府。如果一直这样下去，朝廷将只能要求幕府暂时继续掌管政权，因为朝廷收回政权，却命令不到全国各藩主。而倒幕派的萨摩藩及长州藩认为在这情况下，只有以武力推翻幕府政权，新政府才能顺利成立。
1868年1月2日夜，宫内讨幕派的中心人物岩仓具视在自己的私宅召集萨摩、土佐、安艺、尾张、越前等藩的重臣，断然宣布实行王政复古。第二天，即1月3日，召开了旧体制下的最后一次朝议，众朝臣退出之后，正在待机的萨摩等五藩军队控制了京都御所（皇宫）的九门，并严格限制通行。九时左右，萨摩、尾张、越前及安艺的藩兵浩浩荡荡地前往各处宫门，要求接受警卫工作，原先驻守在宫门的会津及桑名藩兵见对方来势汹汹，只好撤离宫门。
到了下午所有接到天皇诏令的公卿、藩主、志士都齐集在宫廷后,15岁的明治天皇宣读由大久保利通，岩仓具视等人联合草拟的《王政复古大号令》。废除摄政、关白、幕府；设总裁、议定和参与三职；并把一切恢复到神武创业之初作为新政的理想。当晚，天皇即主持召开了由“倒幕派”的皇族公卿，大臣和武士列席的御前会议。会上宣布：废除幕府，责成幕府将军德川庆喜交出领地以及财产；重新赋予天皇以权威，亲主朝政；建立新的中央政府。
德川庆喜眼见自己在京都兵力不足，只好假装同意会议的决定，但须与其它幕府高官商量过后才可答复朝廷。另一方面为了避免与倒幕派在京都发生武力冲突，德川庆喜只得于1月6日率领支持他的会津和桑名两藩的军队暂时前往大阪。1月8日及10日，德川庆喜在大阪宣布《王政复古大号令》为非法，以清君侧为名向倒幕派宣战，日本内战爆发。
1868年1月27日，以萨摩和长州两藩为主力的倒幕军5000人在西乡隆盛的指挥下，在京都附近的鸟羽和伏见一带与幕府军1.5万人展开了决战。至1月30日，幕府军队全线溃败，士气、装备和训练均占优的倒幕军在广大农民和城市贫民的积极配合下取得了决定性胜利，德川庆喜逃往江户，倒幕军则乘胜追击，“戊辰战争”由此开始。倒幕军大举东征，一路高歌猛进，迫使德川庆喜于1868年5月3日交出江户城以及幕府和军队的控制权，至11月初平定东北地区叛乱的原属于陆奥、出羽和越后等国的各藩，战争基本结束。
鸟羽伏见之战
其中，倒幕军与奥羽越同盟军在长冈藩进行了最激烈的战斗，长冈武士山本带刀战败后被处死。几十年后，将有一个青年过继给早已死去的他为子，继承他的武士道精神，那个青年叫高野五十六，也就是后来的山本五十六。1869年春，倒幕军出征北海道，于6月27日攻下幕府残余势力盘据的最后据点，戊辰战争结束。这样，日本最后一个封建幕府政权被推翻了。1869年5月9日，明治天皇政府从京都迁往已于前一年改名为东京的江户，并开始了一系列的政治、经济改革，即明治维新。
由于幕府统治的时期太长，已经在近现代日本人心中留下了不可磨灭的印记，所以在第二次世界大战结束后，美军对日本实施军事占领时，盟军最高司令麦克阿瑟像太上皇一样指挥日本政府进行政治改革，日本国民并未觉得有何不适，在他们心中，麦克阿瑟就是一名来自西洋的幕府将军吧。