除了这些早期消毒伤口处理的努力和使用夹板上的一些发明，这场战争给外科并未带来多大进步。然而，战争教育了数千医生如何处理严重损伤，有助于提高治疗技术，因此为本世纪的外科发展奠定了基础。
同样，如同以前的战争，总是存在的围绕伤口的苍蝇导致患病组织生蛆。无论何时都可用氯仿或其他消毒剂杀死可能产生的蛆。
1863 年，几个在战俘营服役的南部邦联外科医生，由于缺乏敷料和消毒剂，只得不处理伤员们的伤口。他们惊奇地发现蛆吃患病的组织， 而不光顾清洁和卫生的组织。
这一课在早期战争中已经学到，但不久就被遗忘了， 在严酷的第一次世界大战 时期又学到。南北战争中所学到的重要的一课可能是医院和军营需要清洁和卫生。
军队医疗体系的落后
军队医疗体系的落后则进一步导致了士兵的伤亡。
1861 年 4 月 12 日凌晨， 美国内战在查尔斯顿港（Charleston Harbor）的萨姆特堡（Fort Sumter）爆发时， 林肯政府认为这场战争会很快结束，所以联邦军队的医疗部门在当时并没有做好应对长期战争的准备。
随着战争的进行，战场伤亡超出了人们的预计，战争也演变成一场旷日持久的战争。
战争初期，由于对医务人员的普遍不信任，导致国会即使关于战争造成人员伤亡惨重的报告摆在眼前，但它对军医局增加医务人员、提供医用品供应以及设立救护系统的要求仍然轻视，并不允通过。
在南方，人们还没有对医务人员普遍不信任，所以南方的军医局能建设并完善，建立起较为完善的救助体系。
北方军医局以保守和目光短浅而闻名。前两位外科总监仅根据和平时期军队1 万 2 千到 1 万 6 千人来考虑问题。
劳森（Thomas Lawson）上校己年过 80，他认为过多的医学书籍是不必要的。他在战争爆发不久去世后，其职位又被另一个老军医芬利（Clement A. Finlay）所接替。
战争爆发时，联邦正规军总人数略高于 13000 人，包括军医局局长在内仅有115 名医务人员。后来，又有 24 人辞职加入了他们的南方同胞，还有 3 名拒绝为任何一方服务而选择了辞职。
一场规模如此之大的战争，必然要求医疗部门 做好后勤保障，以满足军队作战的需要，但在战争刚开始的时候，北方军队医疗部门的管理却十分僵化。
军医约翰·布林顿（John H. Brinton）的一些见闻，在一定程度上反映了这点。1861 年春天，布林顿在伊利诺伊州的开罗镇向医学主任西蒙斯医生报到时，他对西蒙斯留下了这样的印象，“他更像是一个军人，而不 是一个军医”。
西蒙斯医生代表了早期美国陆军医疗部门的“老古董”，他自 1839 年便在军队服役，并自认为是“一个典型的军人”，忠于执行命令，而不喜欢医学实践以及军队医疗管理进行改变。
以西蒙斯医生为代表的军队医疗部门的现状 反映了当时军方在财政和行政管理上的僵化。军方没有制定应对战争的后勤计划， 一味地按照经验来建设医疗部门，这导致了军队医疗体系在战争初期的混乱。
药品质量的参差不齐
医疗部门在战争初期的药品短缺及质量低劣也加重了士兵的伤亡。内战期间， 军队药品的来源主要是私人制造商，但是私人制造商所制造的药品质量参差不齐， 军医们对这些质量不佳的药物抱怨颇多。
内战后，礼来制药的创始人礼来（EliLilly）因对战时那些配方粗糙、药效很差的药物失望而创办了礼来制药，并严格把控药品生产的质量。在药品质量不佳的同时，药品短缺也是军队面临的一大难题。
1861 年，整个联邦军医疗部门只有 24.1 万美元预算，而其中 80%用于采购医疗用品。1但对比伤员的数量，医疗用品还是如此的短缺，最终造成了苦果。
同月打响的第一次奔牛河战役（南方又称“第一次马纳萨斯战役”），联邦军的溃败演变成一场军队医疗的噩梦。
一些伤员由于缺少氯仿等麻醉药或者药品效果不佳而活生生地疼痛而死，在这场战役后的几个月中，波托马克军团的士兵们开始出现间歇发热等疟疾症状，而当时必需的抗疟药——奎宁却供应不足，疟疾不能得到有效的控制，士兵变得虚弱，影响了北方军的作战能力。
医疗部门管理者通过战争初期的一系列战役，意识到军队药品质量的提高和供应数量的增加的重要性。
内战期间美国医疗体系的进步
在双方矛盾不断激化时，联邦政府的战争准备工作迟缓，而南方早已做好战争准备。尽管如此，双方在与战争紧密相关的军队医疗方面的准备可以说都是极其欠缺的。
军队医疗部门还停留在墨西哥战争时期的管理模式上；药品的质量和生产数量也跟不上战争的需求，这导致一些地方医药缺乏，很多士兵在等待治疗的过程中死去。
随着战争的进行，人们通过不断地探索和实践，美国医疗体系取得了明显的进步。
战争开始前，北方军官职位的升迁不是以能力为主要依据，而是形成了论资排辈制度。1军队医疗领域也受此影响，存在体制僵化的问题。
在战争刚开始的时候，北方军医局的局长是托马斯·劳森（Thomas Lawson），当时他已经年老病重，战争爆发后的一个月便去世了。
劳森的继任者——克莱门特·芬利（Clement a . Finley），芬利之所以能得到军医局长的职位，并非靠他的能力，而是主要靠他在军队服役 40 多年的资历。这些严重地影响了北方联邦军队医疗体系的活力。
在南方，和北方联邦军不同的是，南方邦联的医疗部门需要从头开始建设。战争开始前，位于亚拉巴马州蒙哥马利的临时国会于 1861 年 2 月 26 日决定成立一个医疗部门，由 1 名军医局局长、4 名军医和 6 名助理军医组成。
随着战争的扩大，这个数字逐步增加。在经历了几次失败的任命后，军医局局长的职位在1861 年 7 月 30 日授予来自南卡罗来纳州的塞缪尔·摩尔（Samuel P. Moore）
美国卫生委员会的努力
“妇女中央救济协会”（Women’s Central Association of Relief）和其他相关的公民组织请求成立一个向军队提供物资援助的组织。
芬利和他手下的军官们认为这个组织是无用的，但迫于社会压力，他还是不情愿地同意了这一请求，并要求“委员会的运作应该局限于志愿者”，定位为私人救济机构。
1861 年 6 月 9 日，战争部长西蒙·卡梅伦（Simon Cameron）下令建立“美国卫生委员会（” United StatesSanitary Commission），用于帮助联邦军队伤病员以及提供物资援助等其他事项。
“美国卫生委员会”的原型为克里米亚战争（Crimean War）时成立的“英国卫生委员会”（British Sanitary Commission）。
虽然美国卫生委员会是由两位著名的纽约改革家，哈里斯（Elisha Harris） 医生和贝洛斯（Henry W. Bellows）牧师发起，但是真正的动因是来自于成千上万的妇女们。她们期望效仿南丁格尔及其同事在克里米亚战争中的工作。
在无数的乡镇和城市，各种救济协会组织起来，哈里斯和贝洛斯试图协调这些团体的工作。不久，妇女中央救济协会在纽约举行了成立大会，并提出帮助联邦军的建议。
时任北方军医局局长的劳森对这一建议未予理睬，因为战争刚开始时军队医疗情况尚可，并不需要更多的帮助。
妇女中央救济协会并不这么认为，它派遣了一个代表团前往华盛顿调查军队卫生情况。调查人员发现军队状况混乱不堪，军营的卫生条件极差，代表团要求政府成立官方的卫生委员会。
尽管对各类官僚机构对这一要求表示强烈不满，但最终，美国卫生委员会于 1863 年 6 月 13 日成立了。三名军官被指派到委员会任职，但他们专注军务，以致于委员会实际上仍由民间人士管理。
委员会的最初任务是调查和建议，但在能干的秘书奥姆斯特德（Frederick Law Olmsted）的领导下，它发挥出了更大的作用。