中国历史上建立的朝代，一般对少数民族采取的是羁縻制度。因他们居住地交通比较闭塞，而且风俗和汉人不同，再加上民风比较强悍，不易征服。所以在大一统朝代都会选择一种制度，也就是羁縻制度，后来又演变成了土司制度，什么是“土司制度”就是任命当地民族集团的首领或者是酋长担任首领等地方长官的制度。
土司制度是始于蒙元时代，土司制度说白了就是一种“以夷制夷”的政策，土司制度主要还是利用当地民族集团的上层，以间接统治的形式，处理周边民族问题的一种政治手段。明朝是土司制度的繁盛时期，将这些由当地民族酋长担任的地方官明确的划分，建立了构成了一个土官系统，使土司制度更加系统化和制度化。
与元朝不同明代的土司制度同流官官制有着明显的区别。在这里普及一下什么叫“流官”，流官和明王朝“改土归流”有关系，它与土司制度是背道而驰的政策，也就是废除有当地民族集团酋长所担任的土官，改为有朝廷派遣来的流官来担任地方官。明王朝分土司官制为文官即土官，而武官即土司两个系列，在元朝时期，土官和流官均可担任的宣慰使、安抚使、招讨使等职位，而在明代成为武官系列的“土司”专任的职务，归兵部部所管辖；而被称为土知府，土知州的文官系则归吏部所管辖。
明朝对土司的管理也非常严格，土司可以通过军功纳税以及贡献等；享有与流官同样的晋升的权利，而对于不法的土司明王朝照样给予降级、削官等处分，甚至流罪处死的刑法。土司与土司之间出现了矛盾，也是有皇帝裁决。明王朝承认土司的世袭权利，但世袭最终要得到朝廷的承认才能生效。从这一点上看，明朝对土官控制力要比元朝强。