明朝从嘉靖之到灭亡，在这一短时期内，明朝政治受到了精英阶层对“正统儒学”批判的威胁。当时有几个皇帝每日不理朝政，中央集权出现了权利真空，宦官与官僚派别争权夺立，地方行政机构的衰弱也同样加强了各地士绅在地方的势力。代表地方就是无锡东林书院与宜兴等临近的书院相呼应，强大的文人党社足以影响朝廷的政策。他们的势力在1624年达到了顶点。
随着魏忠贤得势，东林党人经受了一系列的挫折。东林党人的代表尽管位居高位，但还是逐步被阉党攻击并罢官免职。这只是刚刚开始，对东林党人的迫害，到了1625年达到了最高潮，许多东林党人遭到了逮捕或遇害。随之而来的是朝廷对私人书院具有政治批判倾向的组织的指责。全国的私人书院被下令取缔。1625年东林书院被部分破坏，第2年朝廷下旨拆平，而且还特别法令，摧毁了常州苏州两府的全部书院，而发起这下命令的罪魁祸首就是魏忠贤，然而魏忠贤这种手段并为能摧毁东林党衍生的力量，1627年魏忠贤失势后自杀。东林书院和党社重新兴起，东林书党社真正被灭的是在17世纪也就是在清朝时期。