2月13日疫情动态
病毒命名尚存分歧
幕后宿主揭开面纱
中间宿主浮出水面
最大规模病例分析
01
疫情动态
截至2月13日18时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例52443例，因诊断标准更改，新增13571例。（其中重症病例8030例），治愈6090例，死亡1368例，疑似13435例，累计收到港澳台地区通报确诊病例77例：香港特别行政区51例（死亡1例，治愈1例），澳门特别行政区10例（治愈出院2例），台湾地区18例（治愈出院1例）。
丁香园疫情实时动态，截止2月13，17:29分
2月13日，湖北省卫健委发布了全省累计死亡1310例，病死率3.02%。西藏自治区治愈出院1例，暂无新发疑似病例，成为全国首个无感染者地区。目前全国除湖北省以外的地区疫情总体开始呈现下降趋势，因改变诊断标准，湖北省确诊病例出现暴增迹象，但新发疑似病例总体呈下降趋势。从2月3日以来已连续8天呈下降趋势。但2月10日，习近平总书记在北京调研指导新型冠状病毒肺炎疫情防控工作时强调，当前疫情形势仍然十分严峻，现在疫情防控正处于胶着对垒状态。
钟南山院士在2月11日接受路透社采访时称，新型冠状病毒肺炎新增感染病例和新发疑似病例已经在一些地区出现双下滑，疫情有望出现缓解。不过由于病毒潜伏期长、症状轻、传染性强，目前还无法预测疫情拐点。但峰值应该在二月中下旬出现，总体疫情预计4月前可能结束。钟南山院士强调，封闭武汉遏制疫情发展的措施是有必要的，国家也应该永久禁止野生动物买卖，加强防控新型传染病、建立全球性的传染病预警机制。
此外，钟南山院士还表示，目前关于冠状病毒仍然存在较多不确定性，诸如尚不确定是否可以通过粪便传播以及所谓的“超级传播者”是否存在传播。
https://www.reuters.com/article/us-china-health-doctor-exclusive/coronavirus-outbreak-may-be-over-in-china-by-april-says-expert-idUSKBN2050VF
钟南山院士直言武汉市地方政府和卫生主管部门没能在疫情发生早期采取足够的措施遏止疫情蔓延，应该负重要责任。如果能够更好地协同协作，我们就能够更早地发现"人传人"。
谈及李文亮医生时，钟南山称其为中国的英雄
钟南山院士谈及李文亮医生去世时哽咽落泪道，“我认为大多数人，都认为他（李文亮）是中国的英雄，我也是。我为他骄傲，他早在12月份就把真相告诉人们，后来他就去世了。我们真的需要倾听。”
02
存在争议的病毒命名
2月7日，国家卫生健康委会将“新型冠状病毒感染的肺炎”暂命名为“新型冠状病毒肺炎”，简称“新冠肺炎”；英文名称为“Novel Coronavirus Pneumonia”，简称“NCP”。
2月11日，世界卫生组织召开新一轮会议，探讨有关新冠病毒疫情事宜。将此次新型冠病毒肺导致的肺炎疾病命名为【COVID-19】，即 Coronavirus disease 2019 的缩写。
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus – The species and its viruses, a statement of the Coronavirus Study Group，doi:https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862
2月11日晚间，国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）的冠状病毒研究小组（CSG）在预印本发布平台 medRxiv 发表最新关于新型冠状病毒命名的论文，委员会在论文中称，CSG 称，当下爆发重大流行病的新型冠状病毒导致的呼吸道感染，是二十年来动物冠状病毒在人类中的第三次外溢。
近年来三次外溢冠状病毒命名主体，doi:https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862
基于病毒的系统发生和分类学的考量，并参考国际既定惯例，将新型冠状病毒（2019-nCoV）的正式分类名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）。为了促进学术医疗沟通交流，CSG还建议对单独的隔离株使用以下命名约定：SARS-CoV-2。这是基于科学的决定，也算是告慰李文亮医生的在天之灵。
CSG 通过评估候选病毒与同一宿主的先前已知病毒或已建立的单系统病毒组(通常称为基因型或进化枝)(可能包括或不包括不同宿主的病毒)的相关程度，通过筛选与决定得出，新冠病毒与 SARS 并不是同一种病毒，两者有明显区别，但可以肯定的是，SARS 和这次爆发的新冠病毒属于同一类型病毒。
冠状病毒的系统发育树，doi:https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862
在接受《中国科学报》采访时，部分国内部分专家同意国际病毒分类委员会（ICTV）的命名，认为病毒生物学特征和序列同源性来说，新病毒与SARS-CoV二者有亲缘关系，确实属于一大类。不过中国疾控中心主人、中国科学院院士高福在接受采访时认为：没有证实这是最终的命名，他个人也认为不妥。他建议中国病毒学会成立一个专家委员会来讨论此事。
持反对意见的专家们认为，病毒的名字必须代表它的特点，而代号或阿拉伯数字不能充分展示这个病毒的特性，而且SARS-CoV-2容易和非典混淆。持反对意见的专家倾向于TARS-CoV或HARS-CoV两种命名。
2月11日疫情地图，WHO
03
揭开神秘幕后传播者的面纱
早在1月23日，中科院武汉病毒研究所石正丽团队就在bioRxiv预印平台上发表文章，报道了武汉疫情的nCoV-2019可能和2003年SARS一样来源蝙蝠。
该篇文章中，石正丽团队报道了武汉最新发现的冠状病毒，在疫情早期，从5名病例体内获得了该病毒的全基因组，其中这5例基因组基本上一致，并与SARS-CoV的序列具有高达79.5%的一致性。重要的是，nCoV-2019与一种蝙蝠中的冠状病毒的序列一致性高达96%。通过对其保守的7个非结构蛋白进行对比，发现nCoV-2019属于SARSr-CoV，另外，nCoV-2019进入细胞的受体与SARS-CoV一样均为ACE2。
2月11日，世界卫生组织（WHO）在疫情简报中表示，有越来越多的证据表明新冠病毒（2019-nCoV）与其他类似的已知冠状病毒（CoV）之间存在关联，广泛存在于蝙蝠中，特别是菊头蝠科属（Rhinolophus）中，这些亚种广泛存在于中国南方以及亚洲，中东，非洲和欧洲。最近的研究表明在中国蝙蝠中已经发现了500多种冠状病毒。
中华菊头蝠：来源：baidu
早在2003年非典后，研究人员就开始了漫长的病毒溯源之旅。2004年在云南省发现的一个蝙蝠洞穴中的蝙蝠粪便样本中检测发现了可能感染人类细胞的冠状病毒。研究团队同时收集了蝙蝠洞穴附近农村的人类样本，发现其中3%发展出了对病毒的抗体--显示病毒过去曾感染过人类。这个蝙蝠洞穴距离昆明市只有60公里，这是一个危险的隐患。不过目前武汉发生的疫情的传播路径依然不清晰。2003年非典过后，研究人员曾大范围在野生动物交易市场查找病源，发现在中国的交易市场已经很少见到蝙蝠。此外蝙蝠可能仍然被捕获并贩卖到餐馆作为食物。考虑到11月华中地区的气候转凉，冬眠让蝙蝠的活动也趋于减缓。考虑到2003年非典的中间宿主为贩卖的野生果子狸，研究人员更倾向于蝙蝠与人之间存在某个中间宿主。
04
神秘的中间宿主浮出水面
关于神秘的中间宿主，网络上曾经广为流传的有果子狸、豺、竹鼠等哺乳类动物，甚至有些论文认为中间宿主是蛇，疫情爆发以来，中外学者对此一直存有多种观点。
2月7日，华南农业大学对外宣布称，发现穿山甲是新型冠状病毒疫情的潜在中间宿主。研究称，通过多份野生动物的1000多个样本进行了宏基因组分析，锁定了潜在的动物，对穿山甲样品中β属冠状病毒进行分析，发现动物阳性率达到70%。
研究人员也观察到了典型的冠状病毒形态，自然感染的穿山甲同样存在感染病变，从穿山甲身上分离出来的病毒，其基因序列与当前新冠肺炎患者身上的病毒相似度高达99%。
中国学者发布该消息后，Nature在线发布文章“Didpangolins spread the China coronavirus to people?”，对华南农业大学的推测发表观点：已有数据显示穿山甲携带的病毒与2019-nCoV密切相关，此前也曾有研究人员指出，冠状病毒可能是穿山甲的一种死亡原因，而2019-nCoV和穿山甲的冠状病毒利用具有类似分子结构的受体来感染细胞。
研究人员还很关注，在穿山甲的什么部位发现了这种病毒--例如从血液样本或直肠拭子--这将有助于确定它可能如何传播给人类，以及未来如何预防这种传播。
英国格拉斯哥大学计算病毒学家David Robertson说，甚至在中国研究者宣布之前，穿山甲确实是该病毒的中间宿主的良好候选者，看到研究人员发现如此近的序列，这非常有趣。
Scripps研究所的免疫学家和计算生物学家 Kristian Andersen也表示认可穿山甲是中间宿主的说法，因为在比较了公开的穿山甲病毒序列后，发现它们确实与2019-nCoV的序列高度相似。
Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica)，Viruses 2019, 11(11), 979;https://doi.org/10.3390/v11110979
事实上早在去年，2019年10月24日，广东省动物保护中心陈金平团队在《Viruses》上发表文章“Viral Metagenomics RevealedSendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica)”，这项研究提供了对马来亚穿山甲（Manis javanica）的病毒群落以及马来亚穿山甲与其他宿主之间主要病原性病毒的分子流行病学的认识。
研究人员通过宏基因组测序分析发现：其中68个重叠群与已知病毒具有高度的序列相似性，马来亚穿山甲中携带主要有仙台病毒和多种冠状病毒等优势病毒，研究人员从11只死亡的马来亚穿山甲中收集了21份具有明显症状的肺，其中有2只穿山甲中检测到了多种冠状病毒，系统发育分析发现，检测到的冠状病毒具有高度的物种多样性，与四个冠状病毒属关系复杂，且以SARS-CoV分布最为广泛。
基因重叠群的热图以及每个样本中前30个丰富度的序列读数
这项研究提醒穿山甲具有传播传染病的风险, 它所携带的病毒可能直接或间接地跨越到其他哺乳动物。这也是我国首次对穿山甲病毒多样性进行宏基因组研究。
05
最大规模的病例分析
2月12日，自军事医学科学院微生物流行病研究所、中国疾控中心和北京大学、美国佛罗里达大学、美国福瑞德·哈金森癌症研究中心等多家中外机构联合在论文预印本网站“Medrxiv”发表关于新冠肺炎最新论文，他们通过比较人口统计学和基线状况之间的疾病和死亡发生率。用传播模型估计病死率（CFR）和基本生殖数R0。
这是迄今纳入最大规模的病例研究（来自30个省的报告确诊的患者共8866名），其中4021名（45.35％）经实验室确认，这一数据规模，超过了此前钟南山团队刚刚发布的1099确诊病例分析。研究发现，近一半的患者年龄在50岁或以上（47.7％）。每10万人的发病率存在明显的性别差异，男性为0.31，女性为0.27（女性）（P <0.001）。中位潜伏期为4.75天（四分位间距：3.0-7.2）天。超过95%发生肺炎症状，重度肺炎（25.5％），轻度肺炎（69.9％）和未见肺炎（4.5％）。
中位潜伏期为4.75天（四分位间距：3.0-7.2）天
全国确诊及发病情况https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.10.20021675v1.full.pdf
2019-nCoV患者中调整后的病死率（CFR）的估算
这些病例的症状发作日期均小于2020年1月26日之前的14天。CFR计算从5天到8天而不是10天到14天的变化来计算此组*
病死率(case fatality rate，CFR)也是一个非常重要的指标，是指患病死亡人数占患病人数的比例。文章总体CFR估计为3.06％（95％CI 2.02-4.59％），但年龄≥60岁，严重肺炎诊断和诊断延迟的男性患者与CFR显着升高有关。在58例确诊患者和18例疑似患者当中出现了死亡情况。并且，确诊为重症肺炎患者比轻度肺炎或非肺炎患者的病死率要高得多，为5.88%。研究人员给出估计，已确诊患者中，整体调整后的病死率为3.06% (95% CI 2.02-4.59%)。
这也就意味着，如果加上未来得及确诊死亡的病例可能高于官方公开数据。
武汉市以外的患者，年龄要比武汉内的低，可能返乡以青年人为主
文章结论认为，与SARS-CoV相比，2019-nCoV具有相似的传播力以及更低的CFR。文章强调称，在临床实践中应当尽早发现在老年患者发展成严重肺炎之前，特别是男性尤为重要性。
值得关注的是，该研究关于平均新冠病毒R0值相比此前官方披露与研究数据要高不少，该研究认为R0值3.77，即每个感染者可传播给3.77人。这与此前英国兰卡斯特大学等学者早在疫情早期发表的“Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions”文章结论给出的R0值为3.8相近，该研究团队主要观点认为，新冠病毒传播R0值明显大于1，估计它在3.6到4.0之间，这表明72-75%的传播必须通过控制感染措施来阻止增长。
Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions，doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.23.20018549
兰卡斯特大学等学者团队认为，武汉市只有5.1%（95%可信区间，4.8-5.5）的感染被确诊，这表明武汉地区存在大量社区感染，也反映应对这种新型疾病病例的困难。
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END
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