【新冠病毒】科学家使用全基因组关联研究准确标记出更多致命的新冠病毒变体；柳树花粉促进了新冠病毒的传播将新冠病毒颗粒带得更远

2021-06-23 14:53#1 标记1

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科学家使用全基因组关联研究准确标记出更多致命的COVID-19变体
科学家为寻找新的SARS-CoV-2新变种而开发出低成本技术
研究称柳树花粉促进了新冠病毒的传播将SARS-CoV-2颗粒带得更远
美国仍需数周时间才能达成拜登政府定下的疫苗接种目标
美国顶级传染病专家福奇：“德尔塔”变异株成为抗疫最大威胁
英国禁止宣称可“破坏冠状病毒”的净化器产品广告
新的研究揭示了COVID-19导致的认知和行为问题

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科学家使用全基因组关联研究准确标记出更多致命的COVID-19变体
据哈佛大学陈曾熙公共卫生学院和麻省理工学院的研究人员称，使用全基因组关联研究（GWAS）方法来分析SARS-CoV-2突变的全基因组测序数据和COVID-19的死亡率数据，可以识别应该被标记为遏制的病毒的高致病性变体。

利用这种生物统计学方法，研究人员在P.1变体被确定之前，就准确地指出了被称为P.1或Gamma的变体的突变与死亡率的增加有关，并可能与更大的传播性、更高的感染率和更高的致病性有关。该团队的方法于2021年6月23日在《遗传流行病学》杂志上在线描述。
“根据我们的经验，GWAS方法可能提供合适的工具，可用于分析病毒基因组特定位置的突变与疾病结果之间的潜在联系，”哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物统计学教授、该论文的资深作者Christoph Lange说。“这可以使我们更好地实时检测大流行病中的新型有害变异体/新毒株。”
2021年1月，巴西第一批感染P.1新冠变异毒株的患者被记录下来，在几周内，该变体在巴西马瑙斯引起了病例的激增。该城市在2020年5月已经受到大流行的严重打击，研究人员认为该城市的居民已经取得了群体免疫力，因为该地区的许多人在最初的那一波中已经产生了病毒抗体。相反，P.1变体引起了第二波感染，而且似乎比该地区早期的变体有更高的传播性，更容易导致死亡。

2020年9月，在第一个P.1患者被记录下来的几个月前，哈佛大学陈曾熙公共卫生学院和麻省理工学院的团队重新利用了GWAS中使用的方法，这些方法被广泛用于将某些基因变异与特定疾病联系起来，以区分各种SARS-CoV-2变异的相对致病性。该团队在7548名COVID-19患者中寻找SARS-CoV-2病毒单链RNA的每个突变与死亡率之间的联系。该研究的数据来自全球共享流感数据倡议组织（GISAID）数据库，其中包含了与SARS-CoV-2和流感病毒相关的基因序列和相关的临床及流行病学数据。
研究人员发现了一个突变--在病毒基因组的25,088bp位置--改变了刺突糖蛋白，并与COVID-19患者的死亡率显著增加有关。该团队标记了具有这种突变的变体，后来被确定为P.1的一部分。研究人员说，该团队的生物统计方法应该在P.1变体和SARS-CoV-2之外有更广泛的应用。
哈佛大学陈曾熙公共卫生学院研究助理和生物统计学讲师、该论文的共同第一作者Georg Hahn说：“我们预计这种方法将在涉及其他疾病的类似情况下发挥作用，只要公共数据库中收集的数据质量足够高。”
02
科学家为寻找新的SARS-CoV-2新变种而开发出低成本技术
瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员开发了一种技术，用于对新的SARS-CoV-2变种的全球传播进行具有成本效益的监测。(SARS-CoV-2是导致COVID-19的病毒)该技术进展在科学杂志《自然-通讯》上发表。

自从COVID-19大流行发生以来，成千上万的病毒基因组已经被测序，以重建冠状病毒的进化和全球传播。这对于识别特别是有关传染性更强、致病性更强或对现有疫苗有抵抗力的变种非常重要。
对于SARS-CoV-2基因组的全球监测，以一种具有成本效益的方式对许多样本进行测序和分析是至关重要的。因此，瑞典卡罗林斯卡学院Bienko-Crosetto实验室和科学生命实验室（SciLifeLab）的研究人员开发了一种名为COVseq的新方法，可用于大规模的病毒基因组监测，而且成本低。
他们的方法是，首先使用所谓的多重PCR（聚合酶链反应）创建许多病毒基因组副本，然后，使用Bienko-Crosetto实验室以前开发的一种方法，将样本标记并汇集到同一个测序库中，现在被改编为用于SARS-CoV-2分析。
卡罗林斯卡医学院医学生物化学和生物物理学系的博士后研究员张宁说："通过以非常小的体积进行反应并将数百个样本汇集到同一个测序库中，我们每周可以对潜在的数千个病毒基因组进行测序，而每个样本的成本不到15美元。"
对29个SARS-CoV-2阳性样本的比较分析显示，COVseq在识别基因组的小变化方面具有与标准方法类似的能力。对另外245个样本的分析显示，COVseq也有很高的能力来检测可能引起关注的新出现的冠状病毒变种。与现有方法相比，COVseq的关键优势在于成本效益。
卡罗林斯卡学院医学生物化学和生物物理学系的高级研究员、该论文的最后一位作者Nicola Crosetto说："我们的廉价方法可以立即用于SARS-CoV-2的基因组监测，也可以很容易地适应其他RNA病毒，如流感和登革热病毒。"
03
研究称柳树花粉促进了新冠病毒的传播将SARS-CoV-2颗粒带得更远
解释病毒如何传播的大多数模型都集中在病毒颗粒从一个人身上逃脱，感染附近的人。一项关于微观粒子在病毒传播方式中的作用的研究表明，花粉的作用不容小觑。

在AIP出版社出版的《流体物理学》中，Talib Dbouk和Dimitris Drikakis研究了花粉如何促进像COVID-19病毒这样的RNA病毒的传播。该研究利用尖端的计算方法来分析流体动力学，模拟来自柳树的花粉运动，柳树是花粉排放的原型。空气中的花粉粒有助于空气中病毒的传播，特别是在拥挤的环境中。
Drikakis说：“据我们所知，这是我们第一次通过建模和模拟表明空气中的花粉微粒是如何在轻风中运输的，有助于空气中的病毒在户外人群中传播。”
研究人员注意到COVID-19的感染率与国家过敏地图上的花粉浓度之间存在关联。每个花粉颗粒一次可以携带数百个病毒颗粒。仅仅是树木在繁忙的日子里就能将每立方米1500粒花粉放入空气中。
研究人员通过创建其计算中的柳树的所有花粉生产部分开始工作。他们模拟了大约10或100人的户外集会，其中一些人脱落了COVID-19颗粒，并让这些人承受了10000个花粉粒。
“重大挑战之一是重新创造一个完全真实的成熟柳树环境，”Dbouk说。“这包括数以千计的树叶和花粉粒，数以百计的茎，以及在离树约20米的地方聚集约100人的真实情况。”
研究人员将模型调整为美国一个典型的春日的温度、风速和湿度，花粉在不到一分钟的时间内穿过人群，这可能会大大影响所携带的病毒量并增加感染的风险。
研究作者说，COVID-19建议中经常引用的6英尺距离对于那些在多花粉的拥挤地区有患病风险的人来说可能是不够的。基于当地花粉水平的新建议可以用来更好地管理感染风险。
在呼吁关注COVID-19传播的其他形式的同时，作者希望他们的研究能激起人们对植物的流体动力学的进一步兴趣。接下来，他们希望更好地了解在不同环境条件下空气中的花粉粒与人类呼吸系统之间的互动机制。
04
美国仍需数周时间才能达成拜登政府定下的疫苗接种目标
拜登政府早前表示，其希望在独立日（7 月 4 号）之前，达成让 70% 的成年人完成 COVID-19 疫苗接种的目标。目前美国的疫苗接种率正在接近该数字，然而最新消息是，白宫称仍需几周时间，才能正式抵达这一里程碑。由美疾控中心（CDC）官网上披露的数据可知，截止 6 月 22 日，美国已有 1.5 亿人完成了 SARS-CoV-2 病毒疫苗的接种，约占总人口的 53.4% 。

截图（来自：CDC 官网）
如果只看 18 周岁及以上的成年人群体，略超 65% 的人已至少接种一剂疫苗，而 55.9% 的人已完成接种。
与此同时，公共卫生官员留意到了美国南部和中西部地区对 COVID-19 疫苗的需求有所下降，所以在积极鼓励年轻人接种疫苗。
究其原因，某些错误信息和阴谋论需要出来背锅。如果健康的年轻人都因顾虑个人风险而推迟接种，想要达到 70% 的“免疫屏障”，显然是非常困难的。
白宫在今日发表的声明中称，30 岁及以上群体的疫苗接种率已达 70% 门槛。但要让 18 岁及以上群体达成这一数字，至少也要等到 7 月中旬之后。
05
美国顶级传染病专家福奇：“德尔塔”变异株成为抗疫最大威胁
最早在印度发现的“德尔塔”（Delta）变异株已经在全球近百个国家传播，已经将成为新冠疫情的新难题。据外媒报道，周二，白宫首席医疗顾问安东尼·福奇（Anthony S. Fauci）博士在新闻发布会上表示，“德尔塔”变异株拥有更强的传染力，是美国消灭新冠疫情的“最大威胁”。

福奇表示，目前感染“德尔塔”变异株的患者已经占美国所有新增确诊病例的20%，已经远远高于大约两周前的10%。这种情况类似于英国，“德尔塔”变异株是目前美国消灭新冠病毒的最大威胁。
此外，福奇还援引了一项研究数据，指出在接种第二剂辉瑞疫苗的两周后，对“德尔塔”变异株的有效性为88%。因此，人们应该尽快接种疫苗来保护自己。
据悉，“德尔塔”变异株目前已经超越去年在英国首次发现的变异株，成为该国最主要的变异毒株，新增确诊病例中超过60%的患者都是感染了该变异株。
美国疾病控制中心主任罗谢尔·瓦伦斯基（Rochelle Walensky）博士在上周五曾表示，预计“德尔塔”变异株也将成为美国的主要毒株，并督促人们接种疫苗。
根据世卫组织官员的说法，“德尔塔”变异株是迄今为止传播最快、最强的新冠病毒毒株，已经在全球92个国家传播。它会“挑选那些弱势群体”，特别是疫苗接种率较低的地方进行传播。
06
英国禁止宣称可“破坏冠状病毒”的净化器产品广告
英国广告监管机构刚刚发布了一份声明，其中提到了一家名叫 Go-Vi Limited 的小公司。广告标准局（ASA）指出，该公司有关“Eradicator19+”产品的宣传，已被认定为具有误导性，因而被监管机构驳回。当然，这款空气净化器本身没有什么问题，只是不该在广告中夸大宣传“已证实可破坏冠状病毒”。

在加了星号（*）的备注字段，Go-Vi Limited 宣称 Eradicator19+ 对于治理 H5N1 和冠状病毒有奇效，可在不到 0.44 秒的时间内，滤除空气中 99.9998% 的 H5N1 禽流感病毒。
这项测试由法国 CNRS 进行，且该公司在 Facebook 上投放了广告。以下是通过 Google 搜索到的 Go-Vi Limited 公司介绍：
过去数月，我们都经历了一段可怕的时光。如你想要保护自己免受在世界各地广泛传播的 COVID-19 的侵害，那我司正好可以全力鼎力支持。
通过安装我们经过试验和测试的领先消毒设备，即可有效阻止病毒的传播。
相关产品涵盖了完全符合 NHS 指导的 80% 酒精洗手液、以及英国唯一已被证明可破坏 SARS-CoV-2 的空气净化器 —— 该病毒是导致 COVID-19 感染的元凶。
最后，我们骄傲地宣布为 NHS Charities Together 慈善项目提供支持，并将 10% 的洗手消毒站安装收入捐赠出去。

在被问及 Eradicator19+ 产品时，Go-Vi Limited 解释称：“空气净化器可在紫外光（UVC）辐射和臭氧的加持下，有效杀死被吸入设备的新冠和其它病毒”。
然而英国广告监管机构并不满意 Go-Vi Limited 的测试方法，因为在实验室中，病毒仅被放置在了距离空气净化器 12 英寸的玻璃载体上，根本无法正确模拟现实生活中的环境。
基于此，ASA 不仅不认可这项实验室测试证据，还将“可破坏 SARS-CoV-2 病毒”的宣传语视作“具有误导性”。（分别违反了英国第 12 版广告法的 3.7 / 3.1 条款）
07
新的研究揭示了COVID-19导致的认知和行为问题
欧洲神经病学学会（EAN）第七届大会上的一项新研究发现，COVID-19患者在出院两个月后会出现认知和行为问题。记忆、空间意识和信息处理问题被确认为可能来自于八周内随访的COVID-19愈后康复者之前身上的病毒带来的悬念。
研究还发现，五分之一的患者报告了创伤后应激障碍（PTSD），其中16%出现了抑郁症状。

这项研究在意大利进行，涉及测试神经认知能力，并在出现COVID-19症状两个月后对患者进行MRI脑部扫描。超过50%的患者经历了认知障碍；16%的患者有执行功能问题（管理工作记忆、灵活思考和信息处理），6%的患者有视觉空间问题（判断深度和看清对比度的困难），6%的患者有记忆障碍，25%的患者表现为所有这些症状的组合。
年轻人的认知和心理病理问题要严重得多，大多数50岁以下的病人表现出执行功能方面的问题。
在整个样本中，入院期间COVID-19急性呼吸道症状的严重程度与低执行功能表现有关。
此外，对同一队列在COVID-19后10个月的纵向观察显示，认知障碍从53%减少到36%，但PTSD和抑郁症状持续存在。
该研究的主要作者，来自意大利米兰Vita-Salute San Raffaele科学研究所和大学的Massimo Filippi教授解释说："我们的研究已经证实重大的认知和行为问题与COVID-19有关，并在疾病缓解后几个月内持续存在。"
"一个特别令人震惊的发现是我们发现的执行功能的变化，这可能使人们难以集中精力、计划、灵活思考和记住事情。这些症状影响了四分之三处于工作年龄的年轻患者。"

在该研究中没有观察到认知表现和脑容量之间的明显关系。
米兰圣拉斐尔医院研究员、该研究的第一作者Canu博士总结说："更大规模的研究和更长期的随访都是需要的，但这项研究表明，COVID-19与重大的认知和心理病理学问题有关。适当的随访和治疗是至关重要的，以确保这些以前住院的病人得到充分的支持，帮助缓解这些症状。"
这项研究是本周EAN大会上关于COVID-19的神经系统症状的四个科学报告之一，这是一个正在迅速崛起的研究领域。