1514年春天，乌兹别克诸速檀率军前来进攻安集延，部众不计其数。在这种情况下，赛德汗（Said Khan）召集部下将领计议应变之策。经过磋商，他们认为无力抵抗乌兹别克人的进攻，便一致同意撤离费尔干纳，退往蒙兀儿斯坦，去攻取喀什噶尔。于是，赛德汗就在1514年5月，取道蒙兀儿斯坦向喀什噶尔进发。而费尔干纳（后称浩罕国）也就并人了河中乌兹别克汗国的管辖范围。
喀什噶尔地区原是杜格拉特部的封地。这时，该地区的统治者是杜格拉特部的首领阿巴白乞儿（Aba Bakr）。此人是米儿咱•海答儿的伯父。米儿咱•海答儿的曾祖父异密•赛亦德 • 阿里（Sayyid Ali）有子二人：一个是桑尼司（Saniz），另一个是马黑麻•海答儿（Muhammad Haidar）。桑尼司死后遗有二子，长子即阿巴白乞儿，次子是乌马儿 • 米儿咱（Omar Mirza）。阿巴白乞儿的母亲按照蒙兀儿人的“扬加利克”(即所谓 “兄弟妇婚”）的习惯，嫁给了马黑麻 •海答儿，又生二子，长子即米儿咱•海答儿之父马黑麻• 忽辛（Muhammad Husaid），次子即赛亦德 •马黑麻（Sayyid Muhammed）。
桑尼司原统治喀什噶尔地区。他死后由其弟马黑麻•海答儿继承他的政权。后来，阿巴白乞儿纠集力量夺得叶尔羌，征服于阗，又打败马黑麻 • 海答儿和羽奴思汗，占据了整个喀什噶尔地区，僭位为王，统治其地达34年之久（1480-1514年）。
阿巴白乞儿是一个暴君。前面已经讲到，沙 •别昆、米黑里• 尼格尔公主等（其中包括阿巴白乞儿的亲姊妹汗•速檀•速檀尼木）一行从喀布尔去八答黑商，在路上被阿巴白乞儿掳去。他在很长的一段时间内，只给汗•速檀·速檀尼木（Khan Sultan Sultanim）酒喝，不给食物，令其渴死。他又令人用一根烤肉的铁钎戳进马黑麻•沙（此人为米儿咱 • 海答儿的兄弟）的腹部，从后背穿出，钉在墙上痛苦而死。还有一次，他把扎喜刺黑、讹迹刊和马都地方 3000 名反对他的人处死，另有几千人被砍掉脚。阿巴白乞儿的暴行可见一斑。
阿巴白乞儿的所有暴政，都是在宗教的支持下实行的。据说，毛拉和教法学家们经常为其聚议参谋。他的为人行事，一切都要得到教法(fatwa）的许可，甚至最残忍的事也不例外。他表面上则似乎虔诚，施舍几无虛日。
阿巴白乞儿对喀什噶尔以外的地区多次进行掠夺性的战争。如他曾派遣军队远征退摆特（Tibet，今拉达克)，征服了退摆特的大部分地区，直达克什米尔边境。接着，他又派兵攻打博洛尔（Bolor），掳获无数。此后，他进军八答黑商（以下，巴达克山或巴达赫尚），征服了那里的大部分哈扎拉（Hazara）地区。在昔班尼汗强盛的时期，他曾进攻安集延，打败扎你别 • 速檀，从乌兹别克人的手中夺取了鄂什（奥什）、马都（Madi/Madu）和讹迹刊（乌兹根）等地。他征服了整个蒙兀儿斯坦，使蒙兀儿人无处存身。连素来被称为贪婪雄狮的柯尔克孜人，也不得不到察力失去投奔满速儿汗（Mansur Khan）。
在阿黑麻汗（Ahmad Khan）去世后，阿巴白乞儿就向阿克苏进军，占领阿克苏和乌什，掳去乌什附近的百姓。总之，这个暴君曾经盛极一时，横行无忌。在赛德汗准备进军喀什噶尔时，阿巴白乞儿已六十多岁了。他多年的暴虐统治当然是很不得人心的。人民时刻在进行反抗，无疑也欢迎赛德汗这位察合台汗的后裔来推翻其统治。
赛德汗率部取道蒙兀儿斯坦进攻喀什噶尔，先到阿忒巴失。这是蒙兀儿斯坦靠近喀什噶尔方面的边陲城镇。第一天晚上到米儿咱 • 突厥，第二天到图什忽，第三天到阿尔图什。从阿尔图什出发，他们又来到乌赤巴尔根村。该村附近有玉通八失（或称托云八失）河从卡里克•乞雅（或称哈巴）河谷流来。渡河后附近有一高地，从这个高地上可以望见远在三程以外的喀什噶尔。赛德汗下令在这狭窄的通道清点军队。计有4700 多人。15岁的米儿咱•海答儿就在这个队伍之中。
当时，阿巴白乞儿只留了一千骑兵驻守喀什噶尔城，而自己则退到叶尔羌去了。赛德汗率部从乌赤巴尔根村高地下来，过赛尔满庄，渡土曼河，进攻喀什噶尔。该城驻军被击败，退人城堡。赛德汗便渡哈剌塔斯浑河，向英吉沙尔进军。其别部攻掠了撒里黑库尔山区，虏获财物羊只无数。时柯尔克孜人的首领马黑麻•柯尔克孜前来投效，并自愿去叶尔羌进行侦察。据他的报告，阿巴白乞儿在叶尔羌正积极备战。
赛德汗在1514年8月间围困英吉沙尔城，随即将其攻陷。阿巴白乞儿闻讯，弃叶尔羌城逃往于阗。赛德汗于同月进人叶尔羌城，同时派军前去追捕阿巴白乞儿。阿巴白乞儿逃到于阗后感到站不住脚，就又向喀兰兀塔格 (黑盲山）逃串。因为道路崎岖难行，他把带出来的财宝付之一炬。另有金银制的花瓶杯盘，各种镶有宝石的装饰品，及装有金粉的马裕裢，都掷人了流经喀兰兀塔格山谷中部的阿克塔什河。然后他就向退摆特（拉达克）进发。
阿巴白乞儿在到达退摆特以后，发现自己以前派到该地镇守城堡的军队已经四散，城池和财物已经重新落人当地异教徒之手。他在这里已不复有立足之地，因此决定返回去向赛德汗投诚。在返回的路上，阿巴白乞儿被杀。
至此，阿巴白乞儿的王国 （包括喀什噶尔、叶尔羌、和田等地）就被赛德汗所占据。赛德汗以叶尔羌为首府，建立自己的统治。当时，他的长兄满速儿汗占据着土鲁番地区，赛德汗向满速儿汗称臣。按名分讲，当时新疆地区察合台后裔之可称为“汗”者，或者说蒙兀儿人的最高首领，应是满速儿汗。故赛德汗只是蒙兀儿人的一个首领，还不能称为汗，他的属地也不能称为汗国
今之所谓叶尔羌汗国者乃是近人所写。赛德汗统治了叶尔羌等地以后，即遺使与满速儿汗通好，并商谈安排二位兄弟的会见。1516年2月，赛德汗动身前去会见满速儿汗。二人在阿克苏以东雅姆和阿尔巴特之间的一个地方相会。赛德汗在会见中表示向满速儿汗称臣，并献礼品。二人宣誓敦谊修睦。满速儿汗回赠礼物，然后各自返回。
在这以后，赛德汗曾于 1517 年派军进攻和田以东的撒里畏兀儿地区。因为柯尔克孜人向乌兹别克人示好，同年秋，赛德汗亲自率军去进攻蒙兀儿斯坦的柯尔克孜人，并将其首领马黑麻拘捕囚禁。
赛德汗同八答黑商的关系也是值得特别一提的。早在胡思老 •沙的统治之后，阿巴白乞儿曾经征服了八答黑商的上哈扎拉地区中的几个地区，如撒里却盘（Sarighchupan）、宽德（Gbund)、帕尔伐孜、牙儿黑(Yarkh）、帕撒儿和什格南的湿瓦（Shiva-i-Shighnan)。后来，八答黑商的哈扎拉部击退了乌兹别克人。八答黑商的所有上部狹道(tang-i-bala)都为阿巴白乞儿所控制。米儿咱 • 汗统治八答黑商地区的时期，从上部狹道起，直到撒里却盘的地方，完全变成了喀什噶尔的属地。在占领的12年中，上峽谷以上的地区都处在八答黑商范围以外，而成为喀什噶尔的一部分。故赛德汗在征服喀什噶尔以后，就下令把这些地区分成几个行政区，就像它们本是喀什噶尔所辖的地方一样。奉命前去管治这些地方一个名叫密尔•别乞•马黑麻的官员。在他任职期间，瓦罕是八答黑商的一个哈扎拉区。
八答黑商人把八答黑商和瓦罕之间的边境地区叫做达刺卓罕，喀什噶尔人则称之为撒里却盘。达刺卓罕的人民强占了这个地方，并请求米儿咱 • 汗的保护。因此，米儿咱 • 汗重新夺回了这个地区，并声称这一地区原属于八答黑商，是阿巴白乞儿强行占去的。他说：“由于阿巴白乞儿的征服，这个地区古老的归属关系被切断了。十二年来，它一直是处于喀什噶尔的管辖之下。”他还请求巴布尔的援助，以收回这个地区，因为巴布尔在1507年曾将八答黑商给予米儿咱 • 汗。但是，赛德汗则认为，阿巴白乞儿既然征服并领有这个地区达 12 年之久，而自己当时己继承了阿巴白乞儿的王位及领土，所以对撒里却盘应有当然的主权。
米儿咱•汗同赛德汗进行了多次的书信往来以争论这个地区的主权，均不能得到解决。赛德汗就在 1518 年夏，率军进攻八答黑商。米儿咱•汗无法抵抗，绝望地逃到哈拉扎法儿堡避难。但是，后来赛德汗收到一封来自巴布尔的信，信中写道，“如果你不赶紧离开八答黑商，那么其余的事不用我提，后果你是知道的。”这样，赛德汗有碍于巴布尔曾经对他的恩意，只好班师返回了叶尔羌，不过撒里却盘以后仍属于喀什噶尔管辖。
前面提到，赛德汗曾将柯尔克孜人的首领马黑麻拘捕囚禁达五年之久。在这段时期中，柯尔克孜人群龙无首，便到突厥斯坦、赛兰、安集延和阿黑昔等地境内从事抢掠，掳掠无数穆斯林妇孺为奴。赛德汗从宗教的立场出发，在1522年派自己的儿子拉失德率军前去征讨柯尔克孜人。以后，他几次亲自到蒙兀儿斯坦去支持拉失德，但始终末能把柯尔克孜人的动乱平定下来。蒙兀儿斯坦地区柯尔克孜人和哈萨克人的强盛，迫使蒙兀儿人只有退缩于今新疆南疆一带，并逐渐没落下去。
1532年秋，赛德汗曾率同米儿咱 •海答儿一起对拉达克和克什米尔进行过一次所谓壮烈的 “圣战”，而且还想去进攻西藏，但因身体衰弱，就决定由其子亦思干答儿与米儿咱·海答儿一起去完成这一使命，自己则从拉达克启程返回叶尔羌。1533年7月9日，在返回的路上，赛德汗因高山病死于素盖提山谷，享年 47岁。
而米儿咱 •海答儿率领的一支蒙兀儿军仍继续向西藏进军。他们一路攻掠巴曼 （Barmang）、喀尔敦（Kardun)、鲁克 • 拉布克 (Luk-u-Labuk)、哈姆（Ham)）、阿斯喀布拉克 (Askabrak)、古迦（Guga）诸地。虽然有所虏获，但由于蒙兀儿人死伤甚多，马匹疲惫，已无法再进攻拉萨，因此，米儿咱·海答儿决定班师。可是，这时叶尔羌却发生了一件大事，令他无法返回，从此以后，他的人生也发生了转折。
事情是这样的，赛德汗高山病死后，其子拉失德立即在叶尔差即位为汗。当时，拉失德汗之弟亦思干答儿正随米儿咱•海答儿在西藏军中。拉失德汗害怕米儿咱•海答儿拥护弟弟亦思干答儿前来争位，所以在他们班师回来之前，在赛德汗的陵墓之前就将米儿咱 • 海答儿的叔父赛亦德 •马黑麻处死。米儿咱•海答儿在班师途中得知这个情况以后，不敢再返回叶尔羌。他们重新跑到拉达克的玛峪，而蒙兀儿部众大部分跑回了叶尔羌，米儿咱•海答儿率领部众仅剩下27 人。他们最后从拉达克取捷径直接前往八答黑商。途中经过喀拉库拉姆（Kara Kuram）到喇斯库姆山谷（其地距帕米尔仅五天路程)，历尽千辛万苦。在喇斯库姆，由于受到一些百姓的接待他们才第一次得到休息。这些百姓说：“感谢（真主），统治我们四百年的王朝在这里还留下了一位亲王（指米儿咱 •海答儿），我们都是亲王殿下最忠实的奴仆，于是他们就把米儿咱•海答儿等带到帕米尔，并指引他们走上了去八答黑商的路。
最后，米儿咱•海答儿从八答黑商，经瓦罕去喀布尔，又从喀布尔去了印度，留在巴布尔之子卡姆兰的手下效力。以后，他又脱离莫卧儿王朝，自己率军征服了克什米尔。《拉失德史》就是他在做克什米尔国王时期写的。
话说回来，当巴布尔被乌兹别克人击败，从河中退出，只得于1514 年年末回到喀布尔。在进攻河中时，巴布尔曾将喀布尔交给纳昔儿•米儿咱（Nasir Mirza）。现在回来了，纳昔儿•米儿咱显得极为忠顺，并要求巴布尔准许他回到哥疾宁原治所。纳昔儿·米儿咱在回到哥疾宁后由于过度纵酒于 1515 年死去。
1517年1月24日至1518年1月13日这一年，巴布尔在喀布尔附近太平安度。因为蒙兀儿人己经四散了，“一个人留在喀布尔；敌强我弱。没有希望签订和约，抵抗也不可能。面对如此强大的敌人，应当为自己找一个安身之地。”经过考虑，巴布尔决定去印度斯坦。他所说的印度：“(兴都库什山）以南的所有地方即印度 （Hindustanat)”。由此可见，包括今天阿富汗和巴基斯坦的一些地方。 在巴布尔看来，那些地方曾经被他的祖先帖木儿征服过。“贴木儿曾侵人印度，他以后，其地复处于其子孙和子孙的臣属的统治下。在卜撒因时期，他失去了喀布尔与加兹尼，但仍统治着印度之地。”这样，他给自己征服印度找到了理由。
在进攻今印度本土以前，巴布尔首先对今阿富汗和巴基斯坦的一些地方的阿富汗人进行了讨伐，且一路高歌，但在1519年10月1日，当他得知赛德汗己出兵进攻八答黑商时，弄得很是不爽。
1520年1月间，巴布尔率军从喀布尔出发，经过巴焦尔，渡过印度河，又经过比拉，到锡亚耳科特。再前进到赛亦德布尔，他的目标是拉合尔。但这时得到消息说，沙·伯克侵人他的领士，故又再去进攻坎大哈。在围攻坎大哈的过程中，从八答黑商又送来一封信说：“米儿咱·汗死了，其子苏来曼尚幼，乌兹别克人近在咫尺，请考虑这个王国的问题，否则八答黑商将会丧失。”这时苏来曼也由其母带到了喀布尔。在此情形下，巴布尔就派遣自己的长子胡马雍去继承米儿咱•汗的王位，统治八答黑商，自己则继续围攻坎大哈，并于1522年9月6日彻底占领。巴布尔既夺得坎大哈，从1523 年起就转向四分五裂的印度。
15世纪后半期，罗地王朝统治着印度大部分地区。共有五个信奉伊斯兰教的君主和两个异教的君主。阿富汗人统治着首都德里城，夺取了从比拉至比哈尔之间的地区。异教徒中军队最多、领地最广的君主是拉纳·桑伽 (Rajput Rana Sangha)。大部分不信仰伊斯兰教的居民被统称为印度人。罗地王朝由于伊伯拉欣为政暴虐，使得人人自危，内部不和。旁遮普的长官道拉特·汗·罗地和阿老丁•阿拉姆·汗·罗地都分别前去请求巴布尔帮助他们反对伊伯拉欣，并得到了巴布尔的承诺。
1524 年，巴布尔与心怀敌意的阿富汗人合作反对伊伯拉欣，他们渡过印度河，过杰卢姆河和钦阿布河，挺进拉合尔 。在路上竟然遇到伊伯拉欣派来的比哈尔• 汗 •罗地率领的一支进攻道拉特·汗的军队。巴布尔打败了与这支军队，随即夺得拉合尔。4天后，巴布尔进一步南攻，于1524年1月22日攻陷迪巴耳普尔，又从迪巴耳普尔向锡尔欣进发。
第二年，即1525 年 11月7日，巴布儿发动了对印度的第五次也即最后一次进攻。大军经白沙瓦，比格拉姆，过信德河，于12月29 日至锡亚耳科特（其地在德里以北，朱木拿河附近)。1526 年4月 20日，伊伯拉欣和巴布尔双方在帕尼伯特地方进行决战。战斗只进行了一个上午。巴布尔以少胜多，利用火枪和大炮，彻底击溃了敌方。伊伯拉欣在战斗中阵亡。巴布尔乘胜占领了德里和亚格拉。至此，巴布尔就征服了印度王国。异教的阿富汗人则占据了喀布奇及其以外的所有地方。同年8月间，东部某些异密发动叛乱，异教分子拉纳• 桑伽则夺取了康达尔。对此，巴布尔派胡马雍东征，自己则去讨伐异教的拉纳 • 桑伽。
当胡马雍被巴布尔从八答黑商调去印度作战时，叶尔羌赛德汗又再一次来侵略八答黑商，这一次，巴布尔给赛德汗送去了一封很不客气的信，令赛德汗很没面子，最后撤出了八答黑商。
1527年3月16日，巴布尔在亚格拉以西比安那地区的康努村(Khanua）击溃了以拉纳•桑伽为首的印度诸候联军。这是印度历史上具有决定意义的一次战役。次年，攻占金代里。1529年，又兼并比哈尔，并在华氏城的哥格拉河战役中打败了比哈尔的阿富汗首领，将其统洽扩展到印度北部的大部分地区，从而奠定了莫卧儿帝国(1526—1857年）的基础。
1530年12月26 日，巴布尔因患疟疾在德里去世，遵其遗愿归葬于喀布尔。王位由长子胡马雍继承。莫卧儿帝国，从 1526 年巴布尔在帕尼伯特战役中击败伊伯拉欣，至 1857 年亡于英国殖民者，一共延续了 331 年之久。这是印度历史上一个重要的时期。作为莫卧儿帝国的开国君主，巴布尔无疑是印度和亚洲历史上，也是世界历史上一位著名的、伟大的和杰出的人物。