8、哈里发
巩宁城沦陷后，妥明自称“哈里发”，改年号为“清真2893年”。按照陕甘回乱先例，妥明封马言、马官、马泰、马仲等十人为“兵马大元帅”。
伊斯兰教中的“哈里发”通常指穆罕默德的继承者，拥有宗教和世俗双重权利。妥明是陕甘回乱以后第一个公开称王叛匪首领，妥明称王以后，对陕甘回乱的各路匪首进行分封，封马文禄为肃州元帅，封马尕三为西宁元帅，封马彦龙为河州元帅，封马化隆为宁夏元帅，派人送去印信。
绿营军回营参将索焕章，是策划并参与乌鲁木齐暴乱的首恶之一。巩宁城沦陷后，回匪抓获镇迪道伊昌阿，将伊昌阿押到索焕章家里请求处死。直到这个时候，索焕章母亲才知道，是他的儿子制造了几个月来乌鲁木齐这场天大的祸乱。索焕章父亲索文在乌鲁木齐为官多年，与都统平瑞、提督业布冲额等人关系交好，老夫人知道这些老熟人都惨死到自己儿子的手上，指着索焕章破口大骂，“尔父官一品，尔官三品，今作贼缚职官，罪当族，吾不忍见也”。
在索焕章母亲的拼死阻拦下，索焕章将伊昌阿送回府上，要求回匪严加看护，不准滥杀。伊昌阿无心苟活，二十多天后服毒自杀。全家男女老少四十口余口，全部投井而死，无一人幸存。回匪前去打捞的时候，整个一口井都被尸体填满，情景极为惨烈。
“清真王”妥明得知索焕章保护过伊昌阿的情况后，将索焕章排除在分封行列，再也不给索焕章进入暴匪核心领导圈的机会。妥明打发索焕章去吐鲁番，帮助库车叛匪头目伊斯哈克，围攻仍然在坚守的吐鲁番老城。
妥明的分封区域并不限于新疆，各路叛军也都接受了妥明的分封。可见，新疆回乱是陕甘回乱的一部分。还有另一个不为人知的背景，今天的北疆地区，在清朝同治前后长达一百二十多年时间里归甘肃管辖，北疆地区也是那个时期甘肃的一部分。陕甘回乱的本质，是要将整个西北从祖国版图中分裂出去，和民族和阶级压迫毫无关系。
满清政权建立后，对汉民族确有凌辱和压榨，但对信仰伊斯兰教的民族采取差别化的安抚政策，轻徭薄役，极尽安抚。以新疆为例，政府每年从全国各省调拨协饷约300到400万两，相当于国家财政收入的十分之一，且不包括军费开支。除了维持军府财政用度外，对和卓等宗教首领，对伯克、扎萨克等地方首领，以及在当地招募的用工人员，都有奉禄。对忠于国家的哈密额贝都拉郡王、吐鲁番额敏郡王、库车鄂对郡王、乌什霍集斯贝勒等家族，则每年给予例行经费，世代享受政府供养。
以至于，清朝时期的中央政府以为，新疆土地贫脊，没有物产，只能靠国家救济维持稳定。本地老百姓也不感念国家给予的好处，因为这些好处落不到他们手上，和卓、伯克、扎萨克们一面享受着政府的优厚待遇，一面括地三尺继续压榨劳苦大众，反而使民族积怨越来越深重。新疆建省后，财政状况迅速逆转，每年能有两三百万两白银的财政收入，到光绪末年，新疆每年地方财政收入已经到白银六七百万两之多。清朝统治者这才知道，新疆并不是他们以为的不毛之地，海防和塞防之争也终于消停下来。
整个甘肃的情况也差不多，从乾隆年间苏四十三暴乱开始，政府对回民教众采取剿抚并重政策，只要不闹事，钱粮方面多给优惠。
清史学家王钟翰对清朝的民族政策有过很高评价，“清代的民族宗教政策不但超周、秦、汉三代，甚至连煊赫一时、地跨欧亚二洲的大元帝国亦瞠呼其后”。从清朝初年开始，清政府推行“以史为鉴，区别对待，因俗而治”的差异化政策，针对蒙、藏、回等信教民族，提出“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的原则，承认不同地区、不同民族、不同宗教之间的文化和生活差异，区别对待，在民族治理方面取得了前所未有的历史成绩。
而做为中国主体民族的汉族人口，才是清政府主要打压的对象，大家熟知的“削发易服”主要针对汉族，目的是强迫人口数量最大的汉族人“归降”和“臣服”。对蒙、藏、回、维等其他民族则无要求，仍然保持本民族传统服饰和风俗。以至于，在“削发”问题上出现两元化极端，汉族人激烈反抗，以“削发”为耻；回维等少数民族则以“削发”为荣，清政府在少数民族地区任命的官吏才有“削发”资格。削不削发，又成为少数民族权贵身份的一种标志。
清朝前期针对汉族的奴役政策主要表现在“削发、易服、圈地、投充、逃人”五个方面，对汉族人口影响最大的，是“圈地”和“投充”，“它既是满洲贵族奴役汉族人口的重要途径之一，又为进一步侵占汉民耕地房产大开方便之门。投充旗下为奴的原义是畿辅地区大量土地即被满洲圈占，原住汉族居民被剥夺了滋生之业，满洲贵族、官兵自己又不从事耕作，清廷乃以‘为贫民衣食开生路’为名，听任汉民投入旗下以奴仆身份耕田纳租。这在生产关系上较之汉族居住区早以盛行的封建租佃制是一种倒退，劳动者变成了农奴，人身依附关系大大加强了。何况自愿投充很快就演变得面目全非，许多地方都出现‘满洲威逼投充’，或‘耕种满洲田地之处庄头及奴仆人等将各州县村庄主人逼勒投充，不愿者即以语言恐吓，威势迫胁”。
满人威逼和引诱汉族人口改宗归满，这种情形在其他民族从来没有发生过。在汉民族以外的其它地区，清政府一直在实施“蠲免、赈济、赏赉、土地配置、农业技术扶持”等各项优惠政策，努力修好与少数民族的关系。
陕甘回乱的本质，是伊斯兰教新、旧两派之间的斗争，每次暴乱都从教派斗争开始，然后转化为反清斗争，最终演变成分裂国家的大暴乱，自始至终带有浓厚的宗教色彩。《回族简史》是国家组织编写的正统历史著作，也没有回避陕甘回乱中的教派斗争问题，“教派斗争基本上是回族内部地主阶级争权夺利的斗争，这些斗争表面上是为一些教义的解释引起的，但实质上是地主阶级争夺群众、争夺统治权的斗争”。这里所说的地主阶级，并非汉族地主，而是通过教派和门宦形成的回民地主和回民权贵阶层；这里所说的“统治权”，也不是政府对地方、对宗教的统治权，而是教派、门宦对信徒们的统治权。
9、祸起东疆
从平定准噶尔战争开始，满清在新疆最惨烈的战争大都发生在北疆地区。尤其平准战争，满清八旗军直接面对骁勇善战的蒙古骑兵，兵员准备必须在两倍以上，战马准备必须按人均四匹配备，热武器和火力配备几乎达到欧洲国家同时期的水平。战事往南疆转移以后，战争激烈程度骤然下降，大小和卓以后的每次叛乱，基本上都是叛匪们自己人砍杀自己人，等到朝廷平叛大军入场，立刻作鸟兽散，向西南方向的浩罕国逃窜。那时候的清军，一支两三百人的小股部队，就敢向上万人的叛匪发起冲击。张格尔叛乱时，伊犁四千八旗兵抵达阿克苏，叛匪便放弃喀什向浩罕逃窜，过日子一惯节俭的道光皇帝气的跳脚，赶紧命令北京派出的平叛部队从甘肃调头回返。最典型的战例在平定大小和卓叛乱时期，伊犁将军兆惠率四千平叛大军抵达阿克苏，得知援军到达还需要两个月时间，兆惠担心霍集占叛匪从叶城方向南逃，率四千官兵直接扑向叶尔羌（莎车），被十二万叛匪围困在黑水营。期间，兆惠给朝廷上疏请求救援，说，从巴里坤送四千匹战马过来，先养在阿克苏，等第二年春草长熟的时候再送到前线。背面无字，却写满了对南疆叛匪的轻蔑和不屑，可见那时候南疆暴乱低能到什么程度，暴匪刀头，滴的是自己民族的血。
现在，吐鲁番和巴里坤的情况也是这样，一两千满汉兵勇和商民，死死绊住住两三万暴乱维匪的围攻，四个多月了，伊斯哈克领导的库车暴匪。仍然捤不开吐鲁番老城的半扇门缝。围攻巴里坤的阿依丁库车暴匪情况更加糟糕，两万人天天围着巴里坤老城转悠，他们只能在城外面搞一些杀人放火、坚壁清野的勾当，连一场像样的攻坚战都组织不起来。
北疆局面迟迟不能打开，在乌鲁木齐巩宁城下苦苦鏖战的妥明，落下了他的另一手棋子，派信徒到他的东疆老根据地哈密，通知哈密回民起事，配合库车叛匪对巴里坤的围攻，牵制清军可能从巴里坤、哈密两个方向对乌鲁木齐的救援。
1864年10月2日深夜，哈密回民在北台起事，燃放大火，向周边回民发出暴乱信号。哈密回民在马兆强、顾老五、拜老三、李元魁等人带领下，头裹白布，手执砍刀和长矛，向哈密满城发动进攻。驻防哈密的五百绿营兵在副将王德溥率领下，一面组织防御，一面紧急给汉民发放武器，号召当地汉族民众参加战斗。王德溥同时向哈密郡王伯锡尔求援，请求哈密王征召维吾尔族猎人携带枪支前来参战。
10月3日，暴乱回匪暂停对清军大营的围攻，匪首马兆强带领暴乱回匪，将暴乱人员的家眷和财产转移到哈密城西五里外的西兰杆（“兰杆”在维语中是“驿站”的意思）和回王坟安置妥当，重新整顿叛匪，将叛匪编成两支队伍，分别围攻清军屯兵的蔡巴什湖、东新庄等地。清军顽强抵抗，打退回匪发起的一次又一次进攻。
10月7日，清朝绿营管屯都司所在地塔勒纳沁（今哈密市伊州区沁城乡）下属的吐葫芦（今哈密市伊吾县吐葫芦乡）四百多回民暴乱，在匪首马天才的率领下，将吐葫芦周围屯田的汉族七十余户全部烧杀，并围攻塔勒纳沁。管屯都司甘福禧手下无兵，紧急招募当地民团三百余人，组织抵抗。
乌鲁木齐沦陷前半年，清朝中央政府已经批准前任乌鲁木齐提督业布冲额退休，业布冲额没等到新任提督到来，在迪化暴乱中被索焕章杀害。哈密暴乱时，新任乌鲁木齐提督文祺从科布多碾转到哈密，停止前行，承担起哈密防卫指挥事务。文祺命令把总赵英杰、札兰章京巴海二人，率领哈密回王伯锡尔派出的五百名维吾尔兵，赶赴塔勒纳沁救援，与甘福禧率领的民团里迎外合，打败围攻塔勒纳沁的回匪。
这一年的冬天，终于来了。寒冷的北风从东天山南边的大戈壁呼啸而至，将游荡在巴里坤城外的两万多库车叛匪彻底吹垮。这帮来自南疆的匪徒仍然穿着夏天的单衣，他们来不及向远在吐鲁番的伊斯哈克请示汇报，而库车的热西丁也对这些人半年以来的行踪毫无所知。在寒风吹送下，阿依丁率领库车叛匪匆匆南逃，把已经举起屠刀的哈密回匪甩在身后，顾不上，也管不了了。
甘福禧和赵英杰，都是后来哈密保卫战、巴里坤保卫战中百折不饶的勇士。哈密回匪围攻塔勒纳沁失败后，向东逃窜。甘福禧率团勇穷追猛打，在东天山板房沟将马天才父子以及回匪残部包围，活捉五十余人，全部就地正法。
赵英杰和巴海前往塔勒纳沁救援后，乌鲁木齐提督文祺派人到回城，给哈密郡王伯锡尔送信，请求伯锡尔再派一支维军，配合清军，东西夹击，对围攻东新庄的马兆强回匪发起攻击。几天后，绿营兵副将王德溥率二百人从哈密汉城东门冲出来，向马兆强盘踞的西栏杆营盘发起冲锋。哈密王伯锡尔派王府护军伊格斯率维军截断回匪退路，马兆强带领残部向西溃逃，被伊格斯率领的维军截杀，匪首马兆强被维军乱刀砍死。
哈密第一次回匪暴乱失败。这是一次暂短的胜利，但也是一次荡气回肠、干净利落的胜利，在文祺的有力指挥下，在王德溥、甘福禧、赵英杰等人的英勇战斗下，在哈密郡王伯锡尔的有力配合下，汉维人民同仇敌恺，取得了新疆同治暴乱以来第一个地方保卫战的胜利，为后来的巴里坤保卫战、哈密争夺战鼓舞了士气，打下了基础。
尤其可贵的是，哈密回王伯锡尔坚定站在维护祖国大一统的立场上，组织维吾尔军民抗击暴匪，他们也是新疆同治暴乱以来，唯一和满汉军民并肩作战的少数民族武装力量。
10、北疆烽火
乌鲁木齐巩宁城沦陷后，在天山以北、库尔喀喇乌苏以东地区，除古城子、巴里坤还在顽强抵抗，北疆其余各城全部被回匪攻克。
1864年9月19日，回匪攻破绥来（今玛纳斯）县城，县令段桂龄自杀殉难，全县汉民尽遭屠戮。9月22日，阜康县城被回匪攻陷，县令裕厚出逃，汉族商民惨遭遇屠杀，几无幸存。10月10日，回匪军攻破昌吉县城，县令恩锦逃往南山菊花台，城内商铺被纵火焚烧，满汉商民死难者无以数计。10月24日，呼图壁、济木萨两城沦陷，济木萨县丞陶玥北逃古尔班通古特沙漠。
从库车开始，到乌鲁木齐，到后来的伊犁、喀什、和田等地，新疆各地一但出现暴乱，县府衙门便提前备好炸药，抵抗到最后时刻，满汉官民集中到一起，引爆火药集体自杀，成为不约而同的一种规则。只有阜康、昌吉、济木萨三地例外，县令（丞）没有自杀，而是选择逃亡，在天山北麓，在沙漠南缘，组织民团展开反击，一直坚持到左宗棠进疆。整个新疆同治回乱十数年，没有一个新疆军人和新疆官吏逃往内地，这样的英勇气节，在中华民族历史上绝无仅有，可歌可泣！
负责古城子防卫的孚远领队大臣保恒，积劳成疾，下肢几乎瘫痪，每天坚持拄着拐杖登上城墙察看匪情。军机处知道情况后，急调库尔喀喇乌苏领队大臣惠庆去接古城子接替保恒。
巩宁城沦陷后，军机处再次对北疆进行人事调整：从哈密五百绿营军中抽调二百人，由新任乌鲁木齐提督文祺率领，前往古城子（孚远）救援。新任哈密办事大臣札克当阿统领哈密军务；以往从来不在政府任职的哈密郡王伯锡尔打破传统，出任帮办大臣，配合札克当阿负责哈密防务。在巴里坤负责防卫的古城子（孚远）协领色普诗新就地留任，担任巴里坤领队大臣。在巴里坤协同防卫的绿营军千总何琯就地擢升，升任巴里坤总兵。伊昌阿自杀后遗留的镇迪道空缺，由科布多碾转到巴里坤的文麟接任。
乌鲁木齐是当时的镇迪道首府，此时已经沦陷，文麟接任的所谓的镇迪道是个空衔，他只能滞留在古城子一带为残余清军募捐粮草，做一些后勤工作。新任乌鲁木齐提督文祺至死也没有踏进乌鲁木齐一步，这位在哈密暴乱中表现卓越的领导人，在率军救援古城子的路上病倒，于十二月中旬在巴里坤去世。
这时候，北疆就近地区几乎再没有可选拨的官员。军机处无奈之下，将人在巴里坤的色普诗新再升一级，代理乌鲁木齐提督。
到1864年12月，回匪暴乱已经半年，当地汉民多数躲进满城，和守城官兵同生共死，乡村几无人烟。进入冬季，古城子外围的回匪马升所部已经无人可杀，无粮可抢，他们再也经不起饥饿的消耗了。
1864年12月7日，马升回匪占领古城子往北五十里的北道桥，堵住古城子通往科布多道路，截断可能来自科布多的援军。妥明从乌鲁木齐派遣回匪增援马升，两万余回匪围着古城子满城昼夜不停的攻打，古城子保卫战进入最惨烈的攻防时刻。新旧两任孚远办事大臣惠庆和保恒，都守在城头上，率领六百名八旗兵拼死坚守。在城墙上指挥作战的惠庆被火枪击中，左肩受伤，他撕扯开衣服简单包扎，继续投入战斗。
回匪轮番攻城无效，开始挖掘地道，试图对城墙进行爆破，被城墙上的清军发现，用火炮轰炸。在坑道里作业的回匪始终不能接近城墙，两次爆破均告失败。
关键时刻，那些逃往天山和沙漠的县令们回来了，奇台知县恒颐、阜康知县裕厚、昌吉知县恩锦、济木萨县丞陶玥等人，带领从各地搜罗来的团练乡勇加入战斗，人数总计，居然有三千人之多，古城子危机得以稍缓。
12月12日，又一支三千人的骑兵从大漠深处冲杀过来。科布多参赞大臣广凤在当年秋天曾经派出一支土尔扈特蒙古骑兵赴古城子救援，因为粮草供给不上，打退回匪对古城子的秋季攻势后，蒙古兵撤回草原地带。古城子被回匪再度围攻时，伊犁那面已经四面着火，科布多正规军往塔尔巴哈台方向调动，广凤再也凑不齐一支三千人的正规军了，只能紧急征召土尔扈特牧民，编制成军，赶赴古城子救援。
此时的保恒，病情更加严重，已经不能下地走动。惠庆受伤后，保恒让兵丁把自己架到椅子上，抬着椅子察看匪情，指挥战斗。保恒命令蒙古兵和各路乡勇，于12月17日发起总攻，城内冲锋，城外合围，争取一举打败围城回匪。
12月17日凌晨，城墙上的八旗军首先开炮，蒙古兵从外围对回匪发起冲锋。蒙古参将倭贺挥舞长刀冲在最前面，被回匪火枪击中，落马而亡。跟在后面的守备佛尔衮布也被回匪射中，当场阵亡。临时招募来的蒙古牧民从来没有见过这样的阵势，倾刻间乱了阵脚，四散而逃。地方县令们拼凑来的团练和乡勇，也是第一次经历真正的战争场面，看见蒙古兵逃散，立刻抱头鼠窜，各自逃跑。
幸而城内守军没有突围出城，外围增援人马溃散以后，城池还在，坚守如初。但没有了增援的古城子，从此成为一座孤城，内无粮草，外无援兵，沦陷已经没有悬念，只剩下时间问题。
11、夜幕中的伊犁
到这个时候，新疆暴乱仍然看不见伊犁将军的影子。
新疆近代史一直在抹杀甘肃对新疆的行政管辖历史，几乎所有历史著作，都把“伊犁将军府”解释为中央政府在新疆设立的最高权力机构，这是对历史真相的歪曲。“伊犁将军府”是一个军事组织，并不行施地方行政管理职权。
“甘肃行省”和“伊犁将军府”对新疆的管辖权限，很容易区分和辨别：
一，所有完成“厅、县、州、道、府”等行政建制的地区，是甘肃省辖区。行政建置必须有对应的上级行政机构，“伊犁将军府”是军府不是行省，行政从属关系怎么对应？就像今天的一个省和一个战区，怎么对应？这是基本常识。很多人对“直隶”两个字有误会，以为“直隶”必属中央。“直隶”只是越过了上一级行政机构，如直隶县，不归州知管辖，直接由府台管辖；如直隶州，不归府台管辖，直接由省一级的布政使管辖。具体到当时的新疆，绥来、昌吉、阜康、孚远（奇台）等县，隶属“直隶迪化州”管辖；而“直隶迪化州”则越过当时的镇西府（驻巴里坤），直属甘肃布政使管辖。再如库尔喀喇乌苏厅，由设在乌鲁木齐的镇迪道管辖，而镇迪道则是甘肃按察使的派出机构。
二，伊犁将军只统领在新疆驻防的“八旗军”，并不统领在新疆换防的“绿营军”，“绿营军”节制权归陕甘总督。同治前后的乌鲁木齐都统，有处理八旗事务的权力，一肩两挑，协调伊犁将军和陕甘总督之间的军务关系。自乌鲁木齐都统以下，新疆各地的提督、总兵等，全部受陕甘总督节制。伊犁将军的官衔品级多数情况下低于陕甘总督，如左宗棠进疆时，身份为陕甘总督，当时的两任伊犁将军均接受左宗棠调遣。
乾隆二十九年 （1764年），首任伊犁将军明瑞奏请朝廷，要求在伊犁设“理事同知”。明瑞在奏折中说，“现在伊犁挈眷官兵跟役，与商、民杂处，必有词讼交涉事件。请于兵丁全到之后，设立理事同知一员”。当年，清政府准许甘肃布政司向伊犁派驻“理事同知”，驻惠远城，称“伊犁直隶厅”，专管“旗下事务”。可见，即使在伊犁将军府驻地，伊犁将军也不负责地方事务，行政、民政等事务由甘肃管辖。
了解“甘肃行省”和“伊犁将军府”的关系，才能更好理解新疆同治暴乱和陕甘回乱的关系。简言之，新疆同治暴乱前期，妥明领导下的回匪暴乱仍然是陕甘回乱的一部分。北疆的伊犁和塔尔巴哈台、南疆的喀喇沙尔（焉耆）以南，这些仍然由部落首领管理的伯克制、扎萨克制地区，才是那时候的新疆，是伊犁将军统辖的责任区域。
乌鲁木齐暴乱后，南疆的坏消息一个接一个传到伊犁。1864年7月28日，伊犁将军常清接到英吉沙尔领队大臣托克托布的急报，叶尔羌（莎车）暴乱。托克托布在急报中说，他领军前往叶尔羌救援，路上遇到从叶尔羌逃出来的候补章京沙赛音，称叶尔羌暴乱由当地回民发动，参赞大臣奎栋生死不明。
7月31日，喀什方面向伊犁急报，西四城（喀什、英吉沙尔、叶尔羌、和田）不断有难民出逃，民间传言，英吉沙尔回民守备蓝春发、喀什噶尔回民把总王德春已经接到妥明从乌鲁木齐发出的号令，与当地回民勾接，准备暴乱。
在当时的通讯条件下，南疆急报送达伊犁通常需要十天左右，按这个时间推算，南疆西四城可能已经落入暴乱回匪手中。伊犁将军常清向军机处汇报，南疆西四城回城已经丢失，汉城仍然在各地守军的控制下。
真实情况和常清的判断并不一致，喀什噶尔参赞大臣奎英获得王得春串联回民预谋叛乱的消息，将王得春抓捕正法。但奎英显然低估了妥明安插在喀什的秘密力量，没有进行深挖和清算，伽师地主金相印（绰号金老三）、阿訇马元（绰号马秃子）逃脱法网，成为后来喀什暴乱的核心成员和骨干分子。
军机处接到伊犁军报，知道南疆局势已经失控。鉴于常清在库车暴乱、乌鲁木齐暴乱中，两次救援不力，军机处下令责罚，革去常清伊犁将军职务，留在伊犁军营戴罪效力。急调正在中俄边境负责勘查分界的塔尔巴哈台参赞大臣明绪，火线提拨，出任伊犁将军。
这时候的新疆，已经遍地烽火，通往内地的道路全部隔绝，朝廷提拨谁，就是让谁牺牲。明绪义无反顾，踏上了一条回不去的英雄路。
明绪，满州镶黄旗人，通过捐纳笔贴式入仕，也就是说，他入仕为官是合法花钱买来的。明绪家境富足，不但捐钱买官，而且捐钱升官，从道光到咸丰，明绪四次纳捐，从六品刑部员外郎到三品甘肃布政使、署理陕西按察使，明绪一路擢升，成为省级大员。
明绪依靠买官上位，但他在每个地方都政绩卓然。1864年，《中俄勘分西北界约记》签订，时任塔尔巴哈台参赞大臣的明绪，受命与乌里雅苏台将军明谊（蒙古正黄旗，与明绪无亲属关系）共同主持中俄边界勘查分界，两位受命大臣认真准备资料，据理力争，基本上没有再给俄国人继续讹诈我国领土的机会。
明绪和俄国人交涉边界勘查的时候，乌鲁木齐暴乱的消息已经传到塔城，妥明信徒杨兴等人预谋起事，在塔城回民中秘密进行宣传动员。明绪得到消息，迅速出手，逮捕关押暴乱主谋，张贴安民告示，称乌鲁木齐暴乱是回民当中的少数不良分子所为，朝廷平叛大军很快到达，请塔城回民不信谣不传谣。正在萌芽中的塔城回民暴乱被暂时掐灭。
1864年9月，明绪带领伊犁参赞大臣荣全，率五百名察哈尔蒙古骑兵，进入伊犁。此时的惠远城下，危机四伏。深秋的伊犁河水，暗流汹涌。