上文说到，弘恭、石显和外戚勾结，陷害忠良，收回萧望之的前将军、光禄勋印绶，至于周堪、刘更生都免官，成为平民。
不过，汉元帝对萧望之的感情还是很深，汉元帝初元二年（前47年），夏季，四月汉元帝下诏，封萧望之为关内侯，并任命为给事中，让她每月初一、十五去朝见天子即可。
萧望之重新被启用，挡了弘恭、石显以及史家、许家等外戚的路，于是一场针对萧望之以及他身边之人的阴谋，又开始了，而这次的陷害，直接导致了萧望之的自杀。
刘更生下狱
汉元帝汉元帝封萧望之为关内侯，并任命为给事中之后，又征召了周堪、刘更生，想任命他们为谏大夫，但弘恭、石显从中阻挠，后来只能改任二人为中郎。
汉元帝一直很器重萧望之，想倚重他任命他为丞相，但弘恭、石显及许、史家族的子弟、侍中、诸曹，都十分嫉恨萧望之。刘更生此时出了个昏招，想要打压弘恭、石显，让他的亲戚上书议论灾变，说“地震灾难的发生恐怕是针对弘恭等人的，而不是针对萧望之、周堪、刘更生三个人的。臣愚昧地以为，应该斥退弘恭、石显，以彰显对压制善良的惩罚，重用萧望之等人，以便打开通贤者之路。如果能这样，天下太平的大门被打开，灾异的源泉就被堵塞了”。
奏章被呈上之后，弘恭、石显怀疑是刘更生所为，要求皇上派人去追究其中的奸诈，结果供词人果然承认是受刘更生的指使，于是将刘更生逮捕入狱，免官降为平民。
刘更生此举实在是猪队友了。
萧伋上书申辩
没多久，萧望之的又一项把柄为群小抓住了。萧望之的儿子散骑、中郎萧伋，上书诉讼父亲以前被送进廷尉的事情，奏章上交到有关部门，有关部门上奏说：“萧望之之前所犯的错误是明明白白的，不存在诬告陷害，他却教唆儿子上书，引用《诗经》中有关无罪的诗篇，市区了大臣的体统，犯不敬罪，请求逮捕他。”
弘恭、石显等人知道萧望之平时高尚有气节，不肯受这屈辱，便建议说：“萧望之在前案中侥幸没被牵连进去，又得到赐爵封邑，却不悔改认罪，反而心怀怨恨，教唆儿子上书，把过失归罪于皇上。自认为是陛下的师傅，无论如何也不会治罪，如不委屈一下萧望之，将他关进监狱，从而阻止他不满之心，陛下就无法再施厚恩给他了。”
汉元帝说：“萧太傅一向性情刚烈，怎么愿意去坐牢呢？”
石显等人说：“人的性命最重要。萧望之所犯的错误，不过是语言方面的小罪过，必定不会有什么可值得担忧的。”汉元帝便批准了石显等人的奏请。
萧望之自杀
冬十二月，显等封诏以付谒者，敕令召望之手付。因令太常急发执金吾车骑驰围其第。使者至，召望之。望之以问门下生鲁国朱云[1]。云者，好节士，劝望之自裁。于是望之仰天叹曰：“吾尝备位将相，年逾六十矣，老入牢狱，苟求生活，不亦鄙乎！[2]”字谓云曰：“游，趣和药来，无久留我死！”竟饮鸩自杀[3]。天子闻之，惊，拊手曰[4]：“曩固疑其不就牢狱，果然杀吾贤傅！”是时太官方上昼食，上乃却食，为之涕泣，哀动左右[5]。于是召显等责问，以议不详，皆免冠谢，良久然后已。上追念望之不忘，每岁时遣使者祠祭望之冢，终帝之世。
汉元帝初元二年（前47年），冬季，十二月，石显等人封好诏书后上交谒者，让他交给萧望之并让萧望之亲手拆封。同时下令让太常紧急调动执金吾的战车、骑兵包围了萧望之的府第。使者到了萧望之的住所，把诏书当面交给他。
萧望之问他的一个学生鲁国人朱云，该如何处理。朱云是个崇尚气节的人，劝萧望之自杀，以全名节。
于是萧望之仰天长叹说：“我曾经位居将军、丞相，现在已年过六旬，老了之后却要被关进监狱，如果我苟且偷生，不是太卑贱了吗？”便呼唤朱云的字说：“游，你赶快把药和好拿来，让我快些死去！”然后竟然饮鸩自杀身亡。
汉元帝听到消息后，震惊不已，拍手痛惜说：“以前我就怀疑他不会去坐牢，你们果然将我的贤明的师傅杀了！”
这时，太官正呈上午餐，皇上不肯进食，他悲痛落泪感动了身边的人。于是召来石显等人责问，石显等人认为自己判断有误，便都摘下帽子，叩头认罪，过了很长时间，事情才算了结。汉元帝十分追思怀念萧望之，每年都派使臣到萧望之的坟墓前祭祀，直到他去世为止。
史臣司马光评论说：甚矣，孝元之为君，易欺而难寤也！夫恭、显之谮愬望之，其邪说诡计，诚有所不能辨也。至于始疑望之不肯就狱，恭、显以为必无忧，已而果自杀，则恭、显之欺亦明矣。在中智之君，孰不感动奋发以底邪臣之罚？孝元则不然，虽涕泣不食以伤望之，而终不能诛恭、显，才得其免冠谢而已。如此则奸臣安所惩乎！是使恭、显得肆其邪心而无复忌惮者也。