在克麗奧佩特拉死後進入埃及的羅馬統治勢力並未取代希臘人，但確實導致法老被廢除──這連帶破壞了神廟的建造基礎，因為神廟仰賴法老的財政支持，而且在延續古老文化方面扮演重要角色。基督後二世紀，從俄克喜林庫斯（Oxyrhynchus）城市的象形文字雕刻者同業公會報告，我們看到文化失傳的現象：同業公會記載，他們只有五個人，而且沒有任何學徒能繼續傳承此職志。 儘管力量被削弱，神廟在羅馬統治時代又存活了幾百年。但羅馬帝國在四世紀時立基督教為國教，傾囊而出地鎮壓舊信仰。很多埃及人熱烈響應，攻擊異教徒哲學家，毀壞神廟壁畫中的神祇臉孔，好讓祂們再也無法施展神奇魔力。穆斯林征服時，狹長的埃及尼羅河谷裡，沒有任何證據顯示有非基督教社群的存在。就連古埃及語言也被基督教帶來的新單字一抹而去：指稱「靈魂」的希臘單字「賽姬（psyche）」，取代了法老時代的「卡」。