经济体制改革初期，邓公对于上海格外重视，几乎每个季度都要听国务院的同志汇报上海的发展情况，并就其中存在的一些问题作出纠正指示。除此之外，邓公每年年底都要去上海住一段时间，一方面是为了疗养，另一方面则是为了直面感受沪地日新月异的变化。
彼时上海的主政官正是朱镕基，他每次都亲自接待邓公，并照例向邓公述职。在谈及上海发展问题时，朱镕基直言上海的前景并不乐观，因为党中央给的政策不够，市委、市政府不敢放开手脚大干一场，如果沪地也能得到与深圳同等的资源，那发展的势头一定不会比深圳差。
邓公反问他为什么不问中央要政策，他耿直的表示不敢，因为怕被国务院的领导点名批评。邓公闻言后哈哈大笑，拍了拍朱镕基的肩膀，告诉他有什么想法就大胆报上去，国务院那边自己会打招呼。1990年，邓公由上海返回北京，第一件事就是到中南海找国务院的领导谈话。邓公说自己虽然已经退下来了，本不该再管政务，但如今情况紧急，自己也顾不上原则，必须要“插手”了。
邓公表示，上海必须要发展起来，必须要当华东的经济中心，现在朱镕基那边有困难，国务院要适时进行帮助，不能袖手旁观。李鹏总理当天下午便给上海市委打去电话，询问朱镕基需要什么政策，并让他写一份书面的申请交上来。
1周之后，邓公再次来到国务院，对李鹏总理强调说，上海是中国的一张“底牌”，一定要打出去，惊艳全世界，另外，蒲东是个好地方，要开发出来。李鹏总理不敢怠慢，马上召开会议商讨如何规划蒲东的发展，并将相关意见知会给上海市政府。1991年，邓公再度来到上海视察，他在朱镕基的陪同下，登上了锦江大酒店的顶层，一边俯瞰整个黄浦江，一边感叹说，上海发展的晚了，不然的话早就“飞”起来了。
朱镕基说到做到，在接受了国务院的扶持之后，带领上海爬上了发展的“新台阶”，沪地的经济增速几乎翻了一倍。邓公得知此事后很是高兴，他忍不住夸赞朱镕基头脑灵活，能干大事。1992年中旬，邓公在巡查某国企的时候，当着诸多国家高干的面再度称赞了朱镕基，称他应该到中央来工作，更好的为人民服务。
江总书记很重视邓公的意见，马上提议将朱镕基调到国务院工作，并增选为政治局常委。但党内有些老同志却对此有不同的意见，他们认为朱镕基尚且年轻，还应该在基层历练一段时间，贸然调到中央来恐怕会“水土不服”。邓公马上对此观点进行批驳，他认为，朱镕基是一位富有创造力、党性和原则俱佳的好同志，理应委以重任。
有了邓公的支持，朱镕基顺利担任进入政治局，并在国务院担任要职。他本人也不负邓公所望，认真做好每一项工作，取得了骄人的成绩，获得了党内的一致认可。邓公对他的表现很满意，并继续在背后默默支持他，推荐他担任国务院的一把手。1998年，经由党中央批准，他正式履新国务院新一任领导人，任期内，他继续深化改革，提高经济活力，让中国进一步与世界对接。
除此之外，他还大力反腐，先后指令中纪委打掉了好几个为祸一方的犯罪团伙，抓捕了数百名贪赃枉法的党员干部，一举肃清了政坛的不正之风。同时主持修建了著名的三峡工程，落实了西电东输计划，平衡了区域发展，稳定了地方形势，让老百姓过上了安宁的生活。2003年，他的任期结束，正式离开国务院，开启离休生活，晚年他以普通人的身份自居，一直洁身自好平静度日，很少再参加公开活动。
上海在上个世纪80、90年代的发展势头总体上是落后于深圳、广州等地的，因为上海一开始并非是经济特区，没有吃到改革的第一波红利，输在了起跑线上。邓公对此心急如焚，一直在想办法补救。好在朱镕基总理能力出众，在先天劣势的情况下，后来居上，将上海打造成了中国的金融重镇，让沪地乘着金融的东风迅速发展起来，一跃成为中国的“魔都”。他后来也凭借此功绩入主国务院，成为中国最高行政官，为中华民族的复兴作出了重大贡献。