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2024年6月14日，国家自然科学基金委发布《2023年度报告》，报告显示：2023年国家自然科学基金委持续加大科研不断行为的查处力度，2023年度共收到各类涉及科研不端行为的投诉举报案件575件，先后召开两次监督委员会全体委员会议，对投诉举报问题线索的调查情况进行审议；经委务会审定，对199个案件中的331位责任人和6家依托单位做出处理。其中，给予48位责任人通报批评，45 位责任人内部通报批评；给予1家依托单位通报批评，3家依托单位警告，2家依托单位批评教育；永久取消2位责任人国家自然科学基金项目评审资格及申请和参与申请资格；取消162位责任人1~7年项目申请或评审资格；撤销获资助国家自然科学基金项目51项；撤销国家自然科学基金项目申请90项。
严肃惩戒典型“请托、打招呼”案件！发布《国家自然科学基金项目评审请托行为禁止清单》，对科研人员依托单位、评审专家、自然科学基金委工作人员等“四方主体”明确 24 项禁止行为。将抵制“打招呼”纳入科研诚信宣讲的核心内容，制作抵制“打招呼”宣传动画片，通过多种方式维护科学基金评审的公平、公正。加强相关规章制度解读，在《科技日报》头版刊发《国家自然科学基金项目科研不端行为调查处理办法》的修订解读，并在中央纪委国家监委驻科学技术部纪检监察组网站上进行了转载和宣传，广泛释放坚决严肃查处“打探、打招、请托、贿赂、利益交换等”不端行为的强烈信号。在评审会开幕式上重点强调防范评审专家被“打招呼”专项整治工作要求，在所有评审会议现场放置《国家自然科学基金项目评审请托行为禁止清单》易拉宝宣传材料，并制作成宣传视频在会议间歇期间循环播放。严肃惩戒“打招呼”案件。在中央纪委国家监委驻科学技术部纪检监察组指导下，将涉及“打招呼”的科研不端行为举报问题线索列为重点查办案件。已完成近百件“打招呼”举报案件的核查工作，对查实的“打招呼”行为重点查办案件，坚决以零容忍的态度对责任人做出严肃惩戒，有效发挥震慑效应。
扎实开展项目资金监督检查。研究制定《2023 年度国家自然科学基金资助项目资金监督检查实施方案&分别召开广东省、四川省和河北省国家自然科学基金项目资金监督检查进场会，随机抽取三省102家依托单位的 889 个项目开展资金监督检查，涉及金额共计7394550万元。已完成现场实地监督检查，并形成监督检查报告。针对 2022 年开展的贵州省国家自然科学基金项目经费监督检查，以“查得出、改得好”为目标，压实整改责任，追回违规使用资金约 150万元，对贵州省15家依托单位发出整改意见函，指明整改要求并限期完成整改工作，通过抓好整改推进工作，切实推动监督检查改成果转化为科学基金资助效能的提升。严肃查处项目资金相关举报问题线索。2023 年共收到与项目资金相关的投诉举报案件 50件，强化审限意识和效率意识，追回违规使用资金83.12万元，给予3家单位警告，给予2人内部通报批评、2人警告、2人批评教育，取消3人项目申请和参与申请资格1-5年。完成“经责审计”专项问线索的查处工作。针对审计署移交的“经责审计”发现的 8家依托单位的问题线索，与相关单位逐一核查认定，按程序追回8家涉事单位违规资金 80403 万元，给予其中5家依托单位警告，对8家依托单位下发整改意见函并责令整改，相关单位已按期完成整改。
2023年，国家自然科学基金财政预算3419603.33万元，其中，资助项目经费预算3367270.18万元。2023年完成资助项目资金拨款3322676.76万元，其中，资助项目直接费用拨款2804360.45万元，间接费用拨款518316.31万元。2023年，国家自然科学基金资助各类项目3781890.28万元，其中，资助项目直接费用3187901.38万元，核定1215个依托单位间接费用593988.90万元。