中亚的历史到14 世纪初的时候，开始进人一个最困难的时期。因为这时波斯的著名历史家志费尼（《世界征服者史》Juwayni，‘Ala u ‘d-Din‘Ata-Malik，1226—1283)和拉施特丁（《史集》Rashid-al-Din Hamadani，1247年－1318年)都已先后去世。史料的空白使我们对元朝后期，即海都及其儿子察八儿（孛儿只斤·海都，1234年—1301年，窝阔台汗孙。统辖叶密立，即今新疆额敏县东南一带原属窝阔台和贵由的封地，海都于1269年建窝阔台汗国）逝去以后中亚的情况所知甚少。
巴尔托里德（《中亚简史》Barthold，V.V.）说：“要研究察合台汗国是因难的。这是由于自志费尼死去到沙哈鲁（Shah Rukh，1377年—1447年），1409年—1447年在位，帖木儿第四子）之间的整个时期中，几乎完全没有流传下来当代人和目击者对那时的事件的任何记述。”正由于这个缘故，这个时期察合台汗国的历史既混乱又不清楚。叙述这段历史就好像是铸造一个失去的链环，显然是很困难的。
在 14世纪的后半期，原察合合汗国的境域无论在经济上和政治上都已完全分裂成为两个不同的实体。汗国分裂的社会原因，在于自13世纪中期以海都为首的蒙古游牧贵族叛乱以来，中亚窝阔台系和察合台系的诸宗王，坚持草原游牧生活，拒绝信仰伊斯兰教和定居农耕。但仍有一部分蒙古部落进人河中地区，被当地农耕居民同化。
13世纪后半期以来的蒙古人，同那些进人河中定居并逐渐被当地突厥人同化的蒙古同族人，逐渐处于敌对状态，并互相鄙视。他们自称为真正的蒙古人（波斯文Moghul，即莫卧儿人，或蒙兀尔人），而把进人河中地区后被突厥化的蒙古人称之为“喀劳纳斯”（意为“杂种”、“混血种”）。 而进入河中地区后被突厥化的蒙古部，则自称为 “察合台人”。他们把东面草原地区那些游牧的蒙兀儿人称为 “察台（Jatah）”（意为“土匪”、“强盗”、“抢劫者”）。
“蒙兀儿人”和“察合台人”以及“喀劳纳斯”和“察台人”这两种称呼的对立，同后来钦察草原的“乌兹别克人”和“哈萨克人”称呼的对立性质相同。这种对立是导致察合台汗国分裂为东、西两部分的社会基础。
察合台汗国分裂的政治原因，则主要是成吉思汗后裔汗权的没落。由于汗国内部的专权争位以及诸蒙古宗王间的混战，使成吉思汗后裔开始没落。其权力最后完全落到了非成吉思汗一族的突厥化蒙古部落首领的手中。具体说，在河中地区是巴鲁刺思部，在新疆天山以南各地则是杜格拉特部称雄。
《拉失德史》把察合台汗国分裂后的东部汗国称为 “蒙兀儿斯坦”，并注明即贴木儿历史家的所谓 “察台”。其范围大致应该是：南面包括了今新疆焉耆以西的整个南疆，向西直到费尔干纳盆地。北面到了额尔齐斯河与额敏河，包括了巴尔喀什湖及其以东以南的广大地区在内。在《拉失德史》书中，巴尔喀什湖名叫“库克恰•騰格兹”，是“蒙兀儿斯坦”同“月即别斯坦”（原乌兹别克，今哈萨克斯坦）的界湖。蒙兀儿斯坦的南部是 “曼噶赖·苏雅（Mangalai Suyah 阳光之地）”（其东境为苦先/库车和特尔布古尔/轮台，西接费尔干纳，北抵伊塞克湖，南邻车尔成/且末和撒里畏兀儿/今裕固族。驻节地是阿克苏），属于杜格拉特部（Duqlat，即朵豁剌惕）。
关于蒙兀儿斯坦的历史，唯有《拉失德史》作过叙述。作者米儿咱•海答儿说：“很久以来，蒙兀儿诸汗就从文明世界的各城镇中被逐出，并不得不迁于荒漠之中居住。所以，他们并没有为自己写下任何历史，而以口头传说为祖先事迹的根据。现在，1544 年，蒙兀儿人中间连一个了解这些传说的人都没有了，所以我敢于不揣冒味，想把这一艰巨的工作担当起来，是因为考虑到如果我不大胆来写这历史，世界历史的篇幅中，将会看不到蒙兀儿诸汗的史实了。”
可是，作者是一个狂热的逊尼派穆斯林。他对于不信仰伊斯兰教的民族和人物不屑一提。因此，《拉失德史》写的蒙兀儿史，就从秃黑鲁帖木儿汗开始。因为秃黑鲁帖木儿汗是察合台兀鲁思（Ulus。蒙古语“人民-封地”/“人民-国家”之意）东支中第一个信仰伊斯兰教的汗，在此之前的汗他只是一笔带过。
禿黑鲁贴木儿（成吉思汗第七代孙 ，1329-1362，东察合台汗国第一任可汗。杜格拉特部埃米尔播鲁只把他从额尔齐斯河接回阿克苏，于1347年在阿力麻里拥立为可汗）与西部河中地区被巴鲁刺思部异密（Mir米尔/总督）挟立的察合台汗不同，是很有权威的。他同所有的察合台后王一样认为，河中是察合台家族的世袭领地。因此，在巩固了蒙兀儿斯坦的统治后，他在1360年趁河中地区混乱的机会，出兵去征服和统一那个地区。
在中亚河中地区，也同在其他蒙古征服的地区一样，只有成吉思汗的后裔才有资格即位称汗，即使他们毫无实权。与此相反，一个突厥部落的首领，即使他是一个实际的君主，势凌公侯，操纵国柄，也不能称汗，只能称为异密，或大异密（Amir埃米尔/统领、首相）。当时，中亚异密林立，如割据军阀，严重削弱了汗的权威。
河中地区的哈赞汗(Qazan Khan，察合台宗王牙撒吾儿/yassawur之子。牙撒吾儿曾投奔波斯汗，其中大多数人来自布哈拉和撒马尔罕，波斯汗在1316年把他们安置在察合台领地：巴里黑、巴达克山、喀布尔和坎大哈等地)即位以后曾致力于恢复察合台后王的权威。其驻地也是在卡尔施附近。哈赞汗在该城以西两日路程的地方建筑宫殿，称为增吉尔• 萨菜。他试图压制诸突厥异密，最终导致冲突和战争。
当时中亚突厥异密的首领是巴鲁刺思部的迦慈罕（Amir Qazaghan of Qaraunas）。迦慈罕的采邑在阿姆河北岸的撒里 •萨莱（Shaartuz）。这个地方是他的驻冬之地。他的驻夏之地则在库拉布河上游克孜尔苏河流域的蒙克城 (库尔干秋别）附近。迦慈罕举兵反叛哈赞汗，双方发生战争。起初，哈赞汗在铁门以北呾密与卡尔施之间的地区打败了迦慈军，射中他的眼睛，但未继续追击，留在卡尔施过冬。后迦慈罕再次返攻，哈赞汗于1346 年大败阵亡。从此，河中的政权转到了迦慈罕的手中。这个时候，正值秃黑鲁帖木儿在蒙兀儿斯坦即位。
正如分裂后的东部地区由杜格拉特部专权一样，西部河中地区则是巴鲁刺思部的首领专权，并擅自废立。如迦慈罕为了装点门面，把一个名叫答失蛮察(达尼斯乃次）的窝阔台后裔也扶立为河中的汗(1346—1347 年)。
由于迦慈罕的势力和统治权在河中，对于原察合台汗国的东部地区（即中国新疆)鞭长莫及。所以他就侵略相邻的赫拉特与花剌子模地区。有一次，迦慈罕俘虏了赫拉特的灭里，将其带回撒里 • 萨菜。其手下要求将赫拉特的灭里处死，并瓜分他的个人财产。可迦慈罕却秘密地将灭里释放回赫拉特，引起手下的不满。 1357 年时，迦慈罕在阿姆河以南狩猎行乐，突遭到部落首领火都鲁贴木儿的袭击致死。迦慈罕死后，其子米儿咱·阿布达拉赫即位。
阿布达拉赫是一个无能之辈和好色之徒。他垂涎于巴颜合里汗之妃，便于1358 年在撒马儿罕将这位汗杀掉，霸占其妻，另立帖木儿沙为汗，这引起了河中的异密们的不满。这时，巴鲁剌思部的异密哈吉(帖木儿大帝的叔父）同速勒都思部的异密巴颜联合起来，在1358年把阿布达拉赫驱逐。阿布达拉赫逃往今阿富汗北部兴都库什山中的安德拉布（Andarab ），死于其地。再后来，迦慈罕之孙密尔 •忽辛就在阿富汗自立为王，占据了包括喀布尔、巴里黑、昆都士及巴达克山的广大地区。
河中诸异密各据一地，混战不休，这就导致了察合台汗国东部的禿黑鲁帖木儿汗前来收拾局面，乱上加乱。