肝囊肿通常是孤立的单纯性囊肿，被认为是由异常胆管或肝内胆管周围腺体引起的。这些单纯的囊肿在女孩中更常见，并且与正常的胆道系统不相通。许多在产前发现的囊肿缩小或在产后消退，很少在出生后生长并引起症状。在少数情况下，肝囊肿可以生长到填满整个腹膜腔。这一发现与腹水的区别在于它将肠道压迫到囊肿后面的腹膜后腔。有胎儿囊肿抽吸的病例报道，尽管这些大囊肿通常不需要治疗。
将囊肿区分为肝、脾、肠系膜、胰腺、胃或十二指肠重复囊肿可能很困难，除非囊肿周围有明显的器官实质。胎儿MRI有助于提高对这些病变诊断的特异性。Charlesworth回顾分析了15例肝囊肿，其中9例进行了连续超声检查。5例囊肿增大，3例无变化，1例囊肿缩小。
上两张图是一个孕36周发现的肝内单纯囊肿，出生后观察囊肿无变化。
上两张图（第二张是37周）是一例在30周发现的肝囊肿，在随后观察中囊肿一直无变化
上图是一例晚孕期发现肝内囊性占位，多次复查考虑为单纯肝囊肿。肝囊肿一般位于肝实质内，右叶多见，需要和胆总管囊肿鉴别，胆总管囊肿多靠近胆囊，且周边可见胆管回声，呈毛刺样或鼠尾样，肝囊肿壁多完整光滑。
脾脏囊肿通常是位于脾脏上极的单纯性浆液性上皮内衬囊肿。这些囊肿通常在孕晚期产前诊断，可能难以与肾上腺囊肿或胰腺囊肿区分开来。
上图是一个孕晚期发现胎儿脾囊肿，在随后的观察中囊肿无明显变化。本例是一个脾实质内的囊肿，很容易和肾上腺囊肿鉴别。一般脾囊肿少见，肾上腺囊肿多见，且多大于脾囊肿，位置更靠近脊柱。
胰腺囊肿起源于胰腺导管系统的发育异常，通常位于胰腺的体部或尾部。这些囊肿是上皮内衬，不是假性囊肿。这些疾病可能是贝克威思－威德曼症候群、胰腺和肾脏的多囊性疾病或 Hippel-Lindau疾病（林岛综合征，又称VHL病）的一部分，但在这些病例中通常是多发性的。
上图是一个出生后证实的胰腺多发囊肿，产前曾考虑胃憩室或肠重复囊肿（图像来源于文献DOI:10.5385/nm，Neonstal Medicine）
先天性胰腺囊肿在新生儿中很少见，产前诊断更加困难，很少有产前病例报道。如果发现胎儿腹部有一个没有明确起源的囊性占位，位置相对又靠近胰腺区域应该考虑先天性胰腺囊肿。