电影改编自《兹山鱼谱》的作者丁若铨的事迹。在朝鲜时代，丁若铨因崇尚西学，信奉“异端”天主教，被流放至黑山岛（又名兹山）。他在黑山岛结识了想靠读书翻身的渔民张昌大，张昌大对鱼类如数家珍，让丁若铨如果至宝，双方决定以各自的专业学识作为等价交换，丁若铨教张昌大儒学与写诗，张昌大则协助他完成《兹山鱼谱》。电影拍出了一段真挚动人的师徒之情与两种治世价值观的碰撞，结合电影中展现的当时朝鲜政府官僚腐败与税制不合理的现象，兼具情感面、哲理面和社会写实面。而师徒对宦海与江海的抉择，最终都被迫选了最不想要的结果，此一处境，诚如杜甫的《秋兴八首》之三：“刘向传经心事违。”
张昌大虽是黑山岛的渔夫，以捕鱼维生，却一心向学，因为渔夫属于贱民，再加上他自幼被生父抛弃，在成长过程中饱受闲言闲语，渐渐形成一种自卑的心态，想靠学习翻转自己的阶级，赢回属于他的尊严。朝鲜当时的风气仍是以儒学为主流，沿用中国的科举制度，拔擢人才是以饱读经书为门槛，形成“万般皆下品，唯有读书高”的社会现象。张昌大想要摆脱贱民的身份，进入到官僚系统中，实现书中的所构建出的美好社会，践行圣人们的治世哲学。他要做的是必须学会和理解所有的“朱子学”，并获得处于“两班”阶级的父亲承认，最终拿到参加科举考试的资格。
闻道有先后，术业有专攻。难以无师自通的张昌大，凭本身的资质无缘窥见“宗庙之美，百官之富”，直到丁若铨的到来，任督二脉才被打通，助他领悟经书，顺利考取功名，从贱民晋升为统治阶层。乍看之下，他迎来人生高峰，实践人生愿景，但真正的悲剧也油然而生，经书上的仁义道德终究只是空谈，充其量是用来应付科举考试，取得官位后即可束之高阁，在官场上无论是孔孟之道或程朱理学都派不上用场，体制早已腐败，如何与民争利，从百姓手上苛征更多的税赋才是为官之道。丁若铨难道不知道官场的污浊吗，只是张昌大如此热衷功名，以至于对官场还抱有不切实际的幻想，唯独让他亲自到官场走一遭，当头棒喝，方可觉悟，比起好言相劝，不如让现实为他上一课，亲身体验的感触才会更深。
张昌大的转变与觉悟都在预料之中，他是电影用来推进剧情的工具人，借由他的际遇的起起伏伏来激起观众共鸣，而丁若铨，他一直是务实派，在“辛酉迫害”的漩涡中，他刻意迎合政敌，全力保全性命，若当时以身殉道，也只不过落得亲痛仇快的地步，于事无补，唯有留住性命将来才有机会匡时济世，而他被遭流放到兹山后，选择与弟弟丁若镛不同的道路，在看到了日本向西洋学习使用火枪一事，西化后国力大跃进，冲击到丁若铨的思维，体悟到朱熹的性理学不见得能富国强兵，迫使他逐渐改变路线，跳脱空谈的人生哲理，把眼界放远到经史子集以外的世界。才有了贴近人民且具有实用性的《兹山鱼谱》，这在当时以儒学为主的朝鲜，是很令人难以想像的。
《兹山鱼谱》在当时顶多算是工具书，“类书”会归类在子部，地位根本无法与经部相提并论。但《兹山鱼谱》能帮助渔民了解鱼的习性，对捕鱼有所助益，渔获若能提升，相对的上交给国家的赋税会更多，不也是一种富国强兵之法。可见丁若铨已非昔日谈经论道，吟风弄月之人，他懂得《管子‧牧民篇》所写的：“仓廪实而知礼节，衣食足而知荣辱。”先喂饱人民，再开始教育人民，否则肚子都吃不饱了，光谈礼节跟荣辱，又有何用？反观弟弟丁若镛的《牧民心书》，虽也是务实路线，意在革除地方官僚的弊病，改善行政制度，但终究仍是以统治阶层治国的角度出发，适用于官吏，但对于庶民来说毫无用处，讽刺的是，信奉《牧民心书》的张昌大，竟在官场窒碍难行，理论终究是理论，无法实行也只是打高空罢了，这件事肯定也在丁若铨料想之中。
丁若铨更进步之处，在于他能把朱子理学和天主教义兼容并蓄，择其善者而从之，其不善者而改之，他认为教廷不准信徒祭拜祖先，与朝鲜民风违背，拒绝服从此事，可见他非一味盲从，而是从中西两个体系中，撷取实用性的知识，试图帮助朝鲜进步，不像弟弟丁若镛仍是抱持守旧的士大夫思维，遗憾的是，他的爱徒张昌大选择了丁若镛的道路，他们师徒在君主的议题上产生天差地远的分歧，产生价值观的碰撞，张昌大仍是封建制度的维护者，尊崇王佐之道，与师父背道而驰，而丁若铨已蜕变至民本思想，类似《孟子‧尽心章句下》：“民为贵，社稷次之，君为轻”的概念，他心中的乌托邦是“人人平等”，在当时保守的封建体制下，这是何等的进步！可惜乌托邦终究是乌托邦，是一生难以到达的彼岸，就像朝鲜的首都汉阳，是丁若铨再也回不去的地方，“小舟从此逝，江海寄余生”是他在兹山的写照。
《兹山鱼谱》抛出了一个很有意思的问题，无法学以致用的学问，真的有学习的必要吗？那么：
学习的意义是什么。
当丁若铨问身为贱民而不能科考的张昌大：“你为什么读书呢？”他回答：“因为这样才能活得像人。”起初张昌大仅凭对学习的渴望而学习，但随着知识渐长，他开始有了与他人较劲、考取功名的野心，同时，这份野心也把学习变成一件痛苦的事。
学问的意义是什么。
因推崇西学、信奉天主教，丁若铨以“邪学罪人”的罪名被贬，导致张昌大对其带有偏见，认为一个背弃程朱理学、不尊从国家传统的人根本不值得尊重。直到丁若铨拿着一个飘洋过海的地球仪告诉他：“信奉天主的西方人，同时也相信地球是圆的，而我学习性理学，同时也能学习数学、几何学，它们之间并不冲突，”这也正是朝鲜实学派的主张，认为只要能“学以致用”的学问就是好学问，正因如此，丁若镛认为鱼类知识也值得被记录下来。
国家存在的意义是什么。
丁若镛自始至终向往的国度，是一个无须君君、臣臣、父父、子子，人人平等的民治社会，剧中他激愤道：“我用性理学接受了西学，国家却连这样一个我都无法接受，那么性理学究竟是为谁存在的呢？”这段话直指性理学等特定思想、信仰早已沦为国家规训人民的工具，而存在质疑、抱有歧见的人们则遭到驱逐。
生而为人的意义是什么。
认真念书、考取功名、为国奉献，这难道就是最有意义的人生吗？
丁若镛在给张昌大信里写到：“像一个白鹤般清高地活着固然很好，但如同黑山一样身在淤泥间仍坚毅、诚恳地默默生活，不也很有意义吗？”究竟怎么个活法才是有意义的人生，这个问题本该由每个人亲自去赋予它意义，而非由别人决定。
看了一场感人电影、享用完一顿美味的晚餐、度过一个美好惬意的假期，这些时刻不都很有意义吗？这也许是丁若铨在晚年的流放生涯中，最真切的体悟。
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