俄罗斯扩张过程中，不断抢夺布里亚特蒙古人(布里亚特从种族上是厄鲁特蒙古人近支)的土地，并要求他们归顺。从1631年开始，布里亚特蒙古人发动了反抗入侵的战争，经过了25年的拼死抵抗，最终被俄罗斯所征服(其中一部分布里亚特蒙古人进入了漠南地区坚持斗争，后生活于呼伦贝尔)。
漠南蒙古在林丹汗被皇太极击败以后就纳入了清朝的版图，而卫拉特蒙古在明朝末年走向了强大。1678年，卫拉特蒙古的准噶尔首领噶尔丹建立准噶尔汗国，称霸于天山之北。
在更早之前，卫拉特蒙古之一的和硕特部进入了青藏高原，建立了和硕特汗国，于1642年统一了整个青藏高原。处于漠北的喀尔喀蒙古由于长时间没有统一，成为了周边的清朝、准噶尔、和俄罗斯的争夺对象。在清朝势力进入喀尔喀蒙古之前，俄罗斯已经占据了贝加尔湖周围的布里亚特地。噶尔丹也在中俄尼布楚谈判期间占据了喀尔喀蒙古地区，迫使清朝对俄罗斯进行了让步。
1689年，由于葛尔丹率领大军长驱直入挑衅康熙皇帝，使得康熙决心击败葛尔丹。康熙皇帝和俄罗斯交涉，要求俄罗斯断绝支援葛尔丹。之后，康熙皇帝三次亲征葛尔丹，葛尔丹三次全败，喀尔喀蒙古也纳入了清朝的统治范围。葛尔丹去世后，策妄阿拉布坦继位，他在位期间进入了青藏高原，消灭了和硕特汗国。康熙得知后，命令清朝军队进入青藏高原，驱逐了准噶尔汗国军队，将西藏和青海纳入了版图。康熙击败准噶尔汗国的葛尔丹和策妄阿拉布坦之后，清朝的疆域面积已经达到了1000万平方公里。
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